Multiwfn forum

Dear Prof. Lu,

I calculated the ESP by reading 1.fchk file of Gaussian via ESPpt.vmd, ESPiso.vmd, and ESPext.vmd routines in MultiWFN but the map is in single colour and all B factors in the Surfaceanalysis.pdb file are positive.

##################
REMARK   Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
HETATM    1  C   MOL A   1      -4.995  -0.702   1.818  1.00 64.59          C
HETATM    2  C   MOL A   1      -4.954  -0.119  -0.145  1.00 66.55          C
HETATM    3  C   MOL A   1      -4.943   1.171  -1.606  1.00 65.56          C
HETATM    4  C   MOL A   1      -4.370   3.483   1.896  1.00 90.91          C
HETATM    5  C   MOL A   1      -3.453  -1.004   5.509  1.00 73.85          C
HETATM    6  C   MOL A   1      -3.173   4.220  -3.725  1.00 76.83          C
HETATM    7  C   MOL A   1      -2.859  -2.921   3.533  1.00 73.72          C
HETATM    8  C   MOL A   1      -2.662   1.621  -4.339  1.00 77.09          C
HETATM    9  C   MOL A   1      -2.184   0.512   5.727  1.00 72.18          C
HETATM   10  C   MOL A   1      -1.858   0.190   2.412  1.00 67.20          C
HETATM   11  C   MOL A   1      -1.812   2.159  -1.115  1.00 69.06          C
HETATM   12  C   MOL A   1      -0.430  -2.889  -2.034  1.00 48.57          C
HETATM   13  C   MOL A   1       0.445   1.946   1.923  1.00 72.20          C
HETATM   14  C   MOL A   1       1.001   2.017  -2.111  1.00 70.33          C
HETATM   15  C   MOL A   1       1.204   1.859   5.826  1.00 77.88          C
HETATM   16  C   MOL A   1       1.448   3.427   4.917  1.00 79.99          C
HETATM   17  C   MOL A   1       1.629  -3.290  -0.464  1.00 49.22          C
HETATM   18  C   MOL A   1       1.764   0.330   4.609  1.00 79.73          C
HETATM   19  C   MOL A   1       1.684   5.181   2.383  1.00 83.67          C
HETATM   20  C   MOL A   1       1.839   5.379   0.138  1.00 92.78          C
HETATM   21  C   MOL A   1       2.158   5.259  -2.063  1.00 83.23          C
HETATM   22  C   MOL A   1       2.792   3.626  -4.648  1.00 78.13          C
HETATM   23  C   MOL A   1       3.092   0.538  -4.402  1.00 77.11          C
HETATM   24  C   MOL A   1       3.696   2.173   2.330  1.00 69.55          C
HETATM   25  C   MOL A   1       4.115   1.755   0.378  1.00 70.43          C
HETATM   26  C   MOL A   1       4.228   2.323  -1.586  1.00 68.66          C
HETATM    1  O   MOL A   1      -6.724  -3.149  -1.899  1.00 21.96          O
HETATM    2  O   MOL A   1      -5.662   0.214   2.180  1.00 57.66          O
HETATM    3  O   MOL A   1      -5.622   1.654   5.921  1.00 59.35          O
HETATM    4  O   MOL A   1      -5.633   1.916  -0.962  1.00 58.44          O
HETATM    5  O   MOL A   1      -5.543   6.017  -1.844  1.00 60.39          O
HETATM    6  O   MOL A   1      -5.140  -1.881   2.703  1.00 54.52          O
HETATM    7  O   MOL A   1      -5.102   1.437  -3.040  1.00 56.01          O
HETATM    8  O   MOL A   1      -1.862   1.141   2.725  1.00 63.47          O
HETATM    9  O   MOL A   1      -1.851   2.914  -0.340  1.00 65.00          O
HETATM   10  O   MOL A   1      -1.336  -5.830   0.171  1.00 20.41          O
HETATM   11  O   MOL A   1      -1.349  -1.099   3.164  1.00 59.42          O
HETATM   12  O   MOL A   1      -1.348   2.393  -2.314  1.00 62.72          O
HETATM   13  O   MOL A   1      -1.257  -3.039  -4.963  1.00 25.03          O
HETATM   14  O   MOL A   1       0.050   1.303   3.049  1.00 65.30          O
HETATM   15  O   MOL A   1       0.402  -2.696  -0.165  1.00 39.73          O
HETATM   16  O   MOL A   1       0.976   1.380  -3.483  1.00 62.21          O
HETATM   17  O   MOL A   1       2.317  -4.426   2.936  1.00 23.54          O
HETATM   18  O   MOL A   1       3.118  -4.192  -3.021  1.00 24.16          O
HETATM   19  O   MOL A   1       3.832   2.165   3.812  1.00 58.69          O
HETATM   20  O   MOL A   1       4.227  -2.764   0.636  1.00 46.56          O
HETATM   21  O   MOL A   1       4.751   2.471  -3.035  1.00 57.62          O
HETATM   22  O   MOL A   1       7.276  -0.857   0.830  1.00 22.79          O
END
#############################

FYI, I optimized the structure in B3LYP/LANL2DZ/6-31G* and by the optimized structure again I obtained the .fchk file with all electron basis set DZP-DKH.

Could you make a clarification.

Thanks
Reza

Dear Prof. Tian Lu,

I have seen a special RDG isosurface map in some published papers and they mentioned they have drawn by multiwfn program. I have seen different option but I couldn't find that in multiwfn. Could you please help me by commenting in this case.
I attached the image. The left side plot is very easy for me but I would like to have the right hand side plot complementary to the left one (LAPLACIAN).

With kind regards

Reza

Dear Sobereva,

When the interaction between two molecules shows different intermolecular bond paths, the graph will be complicated in VMD. I know how to remove unwanted critical points but I would like to know how I can remove unwanted bond paths and just show the important one.

Regards,

RK

Dear Prof. Lu,

Based on your manual version 3.8. I generated output file of the NCI interactions and copied the output.txt and REDscatter.gnu script in the bin folder of gnuplot and tried to generate RDGscatter.ps file but the command "gnuplot RDGscatter.gnu" doesn't generate "RDGscatter.ps" file. I have installed irfanviwe and gnuplot properly. This is the Error message in DOS file:

Please help me to resolve this error. When I try to run this via command line of gnuplot, again it shows invalid command.

With kind regards,
Reza