使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径
Using Multiwfn to calculate cavity in molecule and
crystal
文/Sobereva@北京科音 2022-Jun-30
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化学研究中经常涉及到孔洞尺寸的问题,这和分子吸附、化学物质分离、分子识别等很多问题有关。Multiwfn有展现化学体系孔洞并计算其体积的功能,见《使用Multiwfn图形化展...
使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化
Using concvar program to solve the change of concentration of substances with time in complex chemical reactions
文/Sobereva@北京科音 (非正式版)
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最近有人在计算化学公社论坛问“请问常温下像是如下述两条路径的反应,哪个更...
谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势”
On the calculation of "electrostatic potential of atoms" in chemical systems
文/Sobereva@北京科音 2022-May-29
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在网上经常有人问我怎么计算原子的静电势。“原子的静电势”是一个非常含糊不明的词。静电势是一个三维函数,空间中不同的点有不同的数值,显然静电势不是对...
注:对18碳环另一种重要衍生物C18-Br6的理论研究工作介绍见《不寻常的环[18]碳前驱体C18Br6的电子结构和芳香性》(//www.umsyar.com/664)。
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性
Deeply revealing the electronic structure and optical properties of C18-(CO)n, an important derivat...
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
Extremely fast plotting molecular surface electrostatic potential map of very large systems based on atomic charges
文/Sobereva@北京科音 2022-Apr-13
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笔者之前写过很多和分子表面静电势分析相关的文章,汇总见ht...
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
Use CP2K combined with Multiwfn to plot density difference maps, plane averaged density difference curves and charge displacement curves
文/Sobereva@北京科音
First release: 2022-Mar-10&n...
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
A lazy script for ORCA combined with Multiwfn to calculate RESP, RESP2 and 1.2*CM5 atomic charges
文/Sobereva@北京科音
First release: 2022-Mar-15 Last update: 2022-Aug-6
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使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
Performing IGMH analysis by Multiwfn to show interactions in chemical systems very clearly and intuitively
文/Sobereva@北京科音
First releas: 2022-Mar-7 Last update: 2024-Oct-29
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使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态
Using CP2K combined with Multiwfn to simulate UV-Vis spectra and analyze electronic excited states for periodic systems
文/Sobereva@北京科音
First release: 2022-Feb-28 Last update:...
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
Using Sobtop to create GROMACS topology file for ferrocene super conveniently
文/Sobereva@北京科音 2022-Feb-17
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Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://soberev...
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
On the reasons why ligand detaches during molecular dynamics simulation of protein-ligand complex
文/Sobereva@北京科音 2022-Jan-13
有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得...