sobNEB:产生CP2K的NEB的插点的方便的工具
sobNEB: A convenient tool of generating interpolation points for NEB task of CP2K
文/Sobereva@北京科音 2023-Feb-28
1 介绍
CP2K有很好用的NEB功能可以得到反应路径,靠CI-NEB还可以同时得到过渡态结构,用法在北京科音CP2K第一性原理计算培训班(h...
巨幅减小Gaussian的TDDFT计算产生的fch文件的尺寸的方法
A method to greatly reduce the size of the fch file generated by TDDFT calculation of Gaussian
文/Sobereva@北京科音 2023-Feb-7
1 G16 C.01开始TDDFT的fch文件尺寸巨大的问题
Gaussian 16从C.0...
使用Multiwfn展现过剩电子(excess electron)并计算它的回转半径
Using Multiwfn to exhibit excess electrons and calculate their radius of gyration
文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-30
1 过剩电子的展现
化学领域里的过剩电子(excess electron)通常是指定有电子比较集中地...
sobeig:计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序
sobeig: a convenient utility for calculating matrix eigenvalues and eigenvector
文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-28
自己写程序求解矩阵的本征值和本征矢极其简单。但有时候需要对给定的矩阵随手求一下本征值和本征矢,一般的计算器程序又没有这个功能,往往又懒得写或来不及现写个...
使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序:MfakeG
MfakeG: A tool that enables vibration modes calculated by CP2K to be viewed with GaussView
文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-22
GaussView在观看振动模式方面非常好用,可以方便地显示振动矢量,播放和保存振动动画,还可以沿特定的...
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
Introduction to the mol2 format for recording chemical structures
文/Sobereva@北京科音 2022-Dec-31
1 mol2文件简介
mol2文件是计算化学领域非常常用的记录分子结构的格式,被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的...
在VMD中使用GaussView的元素着色的方法
Using GaussView element coloring scheme in VMD
文/Sobereva@北京科音 2022-Sep-16
GaussView的元素配色总体上来说不错,而且对所有元素都定义了唯一的颜色,在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色,如下所示
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详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
On the using CP2K to generate wavefunction files in molden format for Multiwfn
文/Sobereva@北京科音
First release: 2022-Aug-31 Last update: 2024-Jun-4
0 前言
强大的波函数分析程序Mult...
使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱
Simulating UV-Vis absorption spectrum in specific directions using Multiwfn
文/Sobereva@北京科音
First release: 2022-Jul-8 Last update: 2024-May-14
0 前言
通过
或第一性原理计算,得到理论...
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
Using Multiwfn to perform topology analysis for electrostatic potential and van der Waals to exactly obtain positions and values of their minima
文/Sobereva@北京科音 2022-Jul-4
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