VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法 Two methods for VMD to display the spatial density distribution of particles in trajectories 文/Sobereva 写于约2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一种方法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率，这种方法适合描述少数几个粒子的密度分布，效果比较柔和。 ...

使VMD播放轨迹时同步显示帧号 Making VMD display frame number synchronously when playing trajectory 文/Sobereva@北京科音   写于约2008年   把这段内容存为showframe.tcl，保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol n...

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图 Using g_densmap to obtain a two-dimensional density distribution map near a molecule 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上，-aver设定一个轴，默认是z，也可以是x和y，投影到的就是垂直于这个轴的面，如z就是xy...

声明：此文最初发布于Sobereva的百度博客，后在网上被一堆博客胡乱转载，却不注明真正来源。此文真正原文在此！鄙视胡乱转载但是不注明出处的人！ 解析gromacs的restraint、constraint和freeze Explanation of restraint, constraint and freeze of GROMACS 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式：r...

mpich2多节点并行运算的设置 Settings of mpich2 for multi-node parallel calculation 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在单节点上使用mpich2，编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了，下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法，关于amber的并行设置，都在之前的帖子里。这里用root，fedora7。建立多节点并行运算，是计算化学工作者必备的能力，这...

Fedora 8安装sybyl 8.0 Installation of Sybyl 8.0 in Fedora 8 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本 1 下载：http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html（已失效），下载CD1和DVD1，crack在D...

关于mailing list About mailing list 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时，经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List，邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件)，都会保存下来，供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。 很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务，如果邮件列表是公开的，一般都...

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件 Batch execution of Gaussian under Windows and introduction to DOS batch files 文/Sobereva @北京科音  写于约2008年 这是个老生常谈的问题，但通过DOS批处理文件，可以实现很多方便的功能，想在这里多说一下。 先从最简单的解决方法说，网上老是有人问，我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法 1...

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响 The important influence of 1-4 non-bonded interactions on fitting dihedral potentials  文/Sobereva @北京科音 First release: 2008-Nov-23   Last update: 2023-Sep-17     PS: 2...

gromacs决定力场参数的方式 The way of determination of forcefield parameter of GROMACS 文/sobereva @北京科音    2009-Apr-5 Q: 43a1力场中，有的键长、键角、二面角都是空白的，只有原子的信息，这种情况是不是constraint啊？ 比如这样：    51    91   &nbs...

Amber10安装方法 Installation method of Amber 10 文/Sobereva @北京科音    2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机：Q6600，2G，XP-SP2。虚拟机：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，双核，512MB，10GB，默认分区，bash，root，intel-MKL-10.0.4....

Amber力场二面角参数的解释 Interpretation of dihedral parameters of Amber force field 文/Sobereva @北京科音    写于约2008年   在xleap中edit parm99时，进入参数修改界面，每个参数都有介绍。在二面角参数设置中，PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2，也称...