Potential energy distribution (PED)计算软件GAR2PED使用简介 Introduction to the use of potential energy distribution (PED) calculation software GAR2PED 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-DEC-8  Updated: 2013-Apr-15 PED简介： 每种特征基团都有其特有的...

注：一般没必要用NBO算键级。Multiwfn（可在//www.umsyar.com/multiwfn免费下载）支持非常全面的键级计算方法。怎么用Multiwfn算各种键级看Multiwfn手册4.9节的例子，各种键级原理介绍见Multiwfn手册3.11节，对于Gaussian用户只要提供fch文件即可，敲两下键盘键级就输出出来了。更多和键级有关的博文看《谈谈原子间是否成键的判断问题》（//www.umsyar.com/414）、《通过键级曲线和ELF/LOL/RD...

浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法 A brief introduction to PCA and the g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot scheme to plot free energy surface map 文/Sobereva @北京科音  2010-Nov-11 其实这个问题两年前就写过帖子讨论过，但由于近来又有人问，也觉得...

C78音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva 2010-Nov-7 C78音乐推荐的非东方Project部分以及杂谈见//www.umsyar.com/71。 东方project部分，最优秀曲目下载地址：http://pan.baidu.com/s/1eQAODwe 音乐清单及简评： [Cross Current]Stream文件夹：这是一张极其出色的专辑，全部曲目入选推荐列表！这是我唯一入手实物的C78的物品。旋律以舒缓为主，也有偏激烈的曲...

C78音乐推荐-非东方project部分 文/Sobereva  2010-Nov-7 C78的音乐多得出奇，断断续续听了2个月，才终于把228张专辑听完（大概3000首），并仔细将优秀作品筛选出来，感到颇为辛苦。这217个作品应该还不是C78发售的全部作品数（我只找到这么多），而且可能因为我一时恍惚、麻痹而忽视了几首还算可以的作品（听的过程中实在是有些审美疲劳、消化不良了），但我还是敢说，C78中98%以上的优秀或者良好的作品都囊括在此文中，听了压缩包中的这些...

注：如果你用molproView的目的就是看结构，看轨道什么的，远不如导出.molden文件用Multiwfn看，省事得多。详见《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》（//www.umsyar.com/379）和《使用Multiwfn观看分子轨道》（//www.umsyar.com/269） 安装和使用molproView Installation and use of molproView 文/So...

密度泛函计算中的格点积分方法 Grid-based integration method in density functional calculations 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Sep-3  Last Update: 2011-Aug-23 本文主要介绍密度泛函计算方法中的一个重要部分--格点积分方法，并给出具体的Fortran代码，同时讨论与之相关的问题。 1...

后记：后来又写了《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》（//www.umsyar.com/291），是对本文内容的极其重要的补充，务必在看完本文后阅读！另外也推荐之后阅读《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》（//www.umsyar.com/399）、《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》（//www.umsyar.com/186）、《使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体...

小测Tesla C2050在Amber 11上的性能 Simple test of GPU acceleration performance of Tesla C2050 on Amber 11 文/Sobereva @北京科音  2010-Aug-13 nVidia正在做tesla免费试用活动，国内由AMAX负责，提供5个小时的测试时间，通过SSH远程登陆，机子是XEON 5520*2, 16GB, Tesla C...

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法 The .31 to .40 file format of the NBO program and the method of converting them to a .wfn file 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jul-12   Last update: 2011-Aug-4 我曾经写过《高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及...

显示粒子运动轨迹的VMD脚本 VMD script to display particle motion trajectories 文/Sobereva@北京科音   2010-Jun-29 经常需要通过将运动轨迹连线来描绘粒子的运动路径，此脚本可以实现这个目的 proc showtrj {fps1 fps2 space selection} { set selnow [atomselect top $selection frame $fps1] ...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子 文/Sobereva @北京科音    Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章，就不列出了，免得列表冗杂且缺乏重点。一些小国家影响力小的刊物也不列了，比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名称是标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是印刷版ISSN号。 主要刊物： J CHEM PHYS(JCP) 0021-96...

注：在撰写本文后笔者还撰写了大量与ELF有关的文章，连同其它各种ELF相关资料，可以在这里访问：“ELF综述和重要文献小合集”（http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html） 电子定域性的图形分析 Visual study of electron localization 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jun-13  Last updat...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 VMD script to represent the activity of protein skeleton in terms of structure superposition 文/Sobereva@北京科音   2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深，通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架（CA原子），就容易看出不同位置的活动性，并与B因子/RMSF相互对照。 首先...

笔者注：读者不要说诸如“此文我看了，还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话，然后问我怎么解决，笔者极度反感这种说法。绝对没有哪个方法能100%保证解决SCF不收敛。本文绝对没有一条馊主意，所有Gaussian支持的真正有可能能解决SCF不收敛的做法在本文都已经全面列举了，没有任何遗漏，没有可补充的。倘若本文的做法都做了尝试还没解决，那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法，或者以不正当的方式（没有真正了解原理的基础上）瞎试几个就说没解决问题，这根本什么也...