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谈谈体数据2：体数据格式转换工具vodaconv的使用及原理 On the volumeric data 2: Use and principle of volumeric data format conversion tool vodaconv 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-14  Last update: 2012-Feb-22 前言：在《谈谈体数据1：介绍体数据》（http://so...

谈谈体数据1：介绍体数据 On the volumetric data 1: Introduction to volumetric data 文/Sobereva  2012-Feb-12 前言：《谈谈体数据》是一系列帖子，写这些帖子的目的，就是让读者了解什么是体数据，尤其是想让计算化学工作者开阔视野，领会到经常分析的诸如轨道波函数等值面图与计算机图形学领域、医疗成像领域及其它计算科学界涉及的普遍意义的体数据之间的本质联系，能够进而利用比起...

GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序 GauMD2xyz: A program that converts Gaussian ab-initio dynamics trajectories to xyz trajectories 文/Sobereva@北京科音   2020-Apr-5 最新版本：1.2 下载地址：//www.umsyar.com/soft/GauMD2xyz_1.2....

Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用 Introduction to Gaussian cube files, reading and writing methods and simple applications 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-8  Last update: 2022-Feb-18 1 前言 格点文件一般是...

买了个绘图板，涂了张乔布斯 文/Sobereva  2012-Feb-2 由于一直有念头把Multiwfn和其它各 种 软件拟人化，出个本子，经过很长时间的盘算，下定决心买了个基友Rainbow3绘图板。699元，算是中档板子，参数指标挺高，外观也漂亮。 看到以前很多绘画视频，慢慢涂就涂出蒙娜丽莎，觉得很奇妙，很厉害。于是，拿到板子后，我想照猫画虎试试看，看看能不能也画出个像样的人像。我虽然年少时 画画很好，但是已经有近十年没有...

PS: 寡人的ComicDive6展会杂谈和收获见：//www.umsyar.com/122 ComicDive6展会cosplay照片 文/Sobereva(3)  2012-Jan-26 寡人在CD6照的照片是历次展会最多的，约500张，所以这回发出来的图片也很多，请耐心缓冲。 跳舞ing 少先队长这服装令我想起了Crysis游戏 痛遥控车，四处行驶很引人注目 ...

ComicDive6展会杂谈和收获 文/Sobereva(3) 2012-Jan-24 由于近来颇忙，CD6的收获和照片又很多，拖了一个月才有空写ComicDive6的记录。 CD6于2011年12月18日在北京农业展览馆新馆举行。论漫展规模，CD6无疑是帝都最大的，据说摊位数接近500（尽管还只是Comiket的零头）。这老牌展会也的确人气高，排队的人众多，而前一周的次元震荡则是去了就能直接进? 图：排队的人群 ...

使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系 Make VMD set the atomic connection relationship according to the CONECT field in the pdb file 文/Sobereva@北京科音   2012-Jan-25 虽然pdb文件当中定义了CONECT字段用于明确定义原子间连接关系，然而VMD并不会利用之，无论有没有CONECT字段，VMD...

ComicPresent3 beta展会杂谈、照片和全部Live视频 文/Sobereva(3)  2012-Jan-16 CP3 beta于2012年1月14日在四惠东地铁站旁边的腾远康体健身中心举行。按官方宣传，这次打着beta版的小展会，主要目的是想做一些新尝试看看效果，然后用到半年后的下一次大型的CP展会上。这次展会另一个名字是ComicPapapa。 图：腾远康体健身中心 图：序厅，队伍排了好几个弯（本以为这种规模...

谈谈弥散函数和“月份”基组 On the diffuse function and the "month" basis set  文/Sobereva @北京科音  First release: 2012-Jan-13    Last update: 2023-Sep-9 如果你对基组了解甚少，强烈建议阅读本文前先阅读《谈谈 中基组的选择》（//www.umsyar.com/33...

2011年度完结动画总评 文/Sobereva 2012-Jan-10   每一批新番完结之时我都有写简评的习惯，此文将我一年内分四次写的2011年的动画简评汇总，涵盖了共47部我完整看过的2011年期间完结的动画。其它2011年的作品凡是有熟肉的我都至少看过一两集，感觉质量不佳或者不合口味的就没有继续追。85~90分之间是可看可不看的作品，90~91分是不错作品，91~92.5分是优秀作品，92.5~94.5分是绝对不容错过的作品，...

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 Making VMD load the velocity information in the trr trajectory generated by Gromacs 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标，还可以...

C80及M3-28音乐推荐 文/Sobereva  2012-Jan-2 这次的C80音乐推荐来自于172张我听过的C80发售的同人音乐专辑，依旧是分为东方和非东方部分，且都分为“最优秀”和“不错”两类，总共四类强烈建议都听一遍。挑选标准和以前一样，不管风格流派，不管新人还是大牌，抛开一切与音乐本身无关的东西，只挑好听的推荐。本文的列表可以说至少囊括了C80同人音乐中最好的95%的曲目。整体来说C80音乐的素质和以往几届差不多。 先给出下载地址，都是从无损或者...

AMBER程序支持的力场一览 Overview of force fields supported by AMBER program 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场，GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。顺带一提，后期Amber力场都是采用RESP电荷，计算RESP电...