赝势的函数形式以及在
程序中定义的方式
The function form of pseudopotential and how it is defined in quantum chemistry programs
文/Sobereva @北京科音 2013-May-29
1 前言
赝势在
计算中使用得极为普遍,有时需要用的赝势在
程序中没有内置,就得通过自定义的方式添加,例如Stuttgart赝势对于...
后记:针对aNCI方法用于蛋白质-配体相互作用的分析,笔者后来专门写了一篇文章《使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用》(//www.umsyar.com/591)。本文的读者千万别忘了看此文!
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
Using Multiwfn to study weak interaction in molecular dynamics
文/Sobereva @北...
PED分析软件VEDA4简介
A brief introduction to PED analysis program VEDA4
文/Sobereva @北京科音 2013-Apr-15
PED分析工具有很多。笔者曾经介绍过GAR2PED,见《Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介》(//www.umsyar.com/75),但是程序使用起来...
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
How to write code to calculate electron density using wfn files
文/Sobereva @北京科音 2013-Apr-11
在《杂谈Multiwfn从1.0到3.0版的开发经历》(//www.umsyar.com/180)一文中曾经提到过,寡人三年多以前开发Multiwfn最初的动机是为了写个帖子介绍怎么通过...
杂谈Multiwfn从1.0到3.0版的开发经历
Talking about the development experience of Multiwfn from version 1.0 to version 3.0
文/Sobereva @北京科音 2013-Mar-29
在Multiwfn 3.0发布后,在疲惫、激动之余,回想起从Multiwfn 1.0到3.0版这三年多...
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
Using Multiwfn to perform basin analysis for electron density, ELF, electrostatic potential, density difference and other functions
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Mar-27 Last u...
调节平面分子间距的方法
The method to adjust the distance between planar molecules
文/Sobereva@北京科音 2013-Feb-3
计算化学研究中有时需要调节两个平面分子间距离,比如研究不同间距下的相互作用能。如果两个平面分子的坐标正好对着,或者分子平面平行于某个笛卡尔平面,那么改变间距很容易。前者就用gview的设定键长大小的工具就能调,后者就自行对笛卡尔坐标统一加减一定的数...
后记:此文用VMD的做法已经没有意义了,用Multiwfn来实现方便得多!仔细看《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》(//www.umsyar.com/610)中的介绍,特别是2.3节的例子。
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
Method to make specific chemical bond parallel to a Cartesian coordinate axis
文/Sobereva@北京科...
补充:在此文撰文之后Multiwfn又支持了ICSS方法图形化分析芳香性,极具实用价值,见《通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面研究芳香性》(//www.umsyar.com/216)。
补充:后来Multiwfn支持了对周期性体系考察芳香性,详见《使用Multiwfn考察周期性体系的芳香性》(//www.umsyar.com/722)。
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
The methods for measuring...