注：本文的做法如今已经完全过时，如今强烈建议用Sobtop（//www.umsyar.com/soft/Sobtop）建立纳米球/管/板的拓扑文件，比x2top灵活得多，参考网页里的例子。另外，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有模拟纳米管、纳米板的完整讲解和详细的例子。
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
A simple ex...
利用约化密度梯度(RDG)考察AIM临界点的位置
Using reduced density gradient (RDG) to examine location of AIM critical points
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Dec-14 Last update: 2022-Aug-17
约化密度梯度(RDG)定义如下
RDG把电...
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
Several tools for generating GROMACS topology files of organic molecules
文/Sobereva@北京科音
First release：2014-Dec-9 Last update: 2024-Nov-5
本文把各种可以产生GROMACS拓扑文件的工具进行汇总。具体细节和实际使用例子笔者在北京科音分子动力学与GROMACS培...
乱谈激发态的计算方法
On the calculation methods of excited states
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Dec-7 Last update: 2021-Jun-4
这个文章就是随意胡乱谈一下各种计算激发态的方法，对于用得最多的TDDFT多费点笔墨。限于时间精力，严谨详细的探讨留待日后。如果对电子激发计算完全是门外汉，很建议读一下这篇入...
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
Using CASSCF to calculate diradicals and calculation of diradical characteristics
文/Sobereva@北京科音 2014-11-24
1 前言
双自由基就是指一个体系里有两个未成对儿电子，它们的自旋相反，因此是单重态的体系。
普通的单重态体系是闭壳层的，所有电子都是配对儿的。最理想的...
MOPAC的安装方法
Installation method of MOPAC
文/Sobereva@北京科音
First release: 2014-Nov-21 Last update: 2022-Jul-20
0 前言
MOPAC的安装极为简单，自带的说明已经写得很清楚，但还是经常见到有初学者问，这里就再说说。不熟悉MOPAC的话先看看《大体系弱相互作用计算的解决之道》（http://sobereva.co...
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ
Using Multiwfn to calculate NICS_ZZ of tilted and
twisted rings
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Nov-19 Last update: 2023-Aug-11
1 前言
NICS、NICS(1)_ZZ的定义在《衡量芳香性的方法以及在Mu...
VMD里使用环境光遮蔽改进渲染效果
Using ambient occlusion to improve rendering effect in VMD
文/Sobereva 2014-Nov-17
在较新版本的VMD里，可以使用ambient occlusion（AO,环境光遮蔽）来改进自带的Tachyon渲染器的渲染效果。这可以使体系在光线照射下呈现的阴暗区域柔和、自然地表现出来，丝毫不逊色于用povray渲染，甚至看着更...
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
Several useful scripts and commands of using Gaussian
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Nov-5 Last update: 2022-Jun-6
本文提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令，对于实际研究很有用处，也希望读者能举一反三。另外也非常建议读者看看《...
用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性
Studying electrophilicity and nucleophilicity using Hirshfeld charge and information gain
Sobereva@北京科音 2014-Nov-1
对于化学体系，Shannon熵定义为-∫ρ(r)lnρ(r) dr，其中ρ是体系的电子密度。
划分分子成为原子...