注1：本文的方法适合展现分子内部的孔洞。如果你是希望展现周期性动力学模拟或者晶胞当中的自由区域（未被原子占据的区域）并计算其体积，应当使用此文的方法：《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（//www.umsyar.com/539）和《使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域》（//www.umsyar.com/617）。 注2：Multiwfn还有计算分子孔洞直径的功能，见《使用Multiwf...

后记1：笔者后来又写了一篇文章介绍怎么对周期性体系做IGM分析，见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》（//www.umsyar.com/588）。 后记2：2022年我提出了叫做IGMH的改进版IGM方法，图像效果显著好于IGM，还可以完全避免IGM图中误导性的着色出现，而且物理意义明显比IGM更强。请读者们务必阅读IGMH的全面介绍文章《使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相...

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 A simple way to build molecules surrounded by explicit solvent layers 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶剂模型分两大类，显式溶剂模型、隐式溶剂模型。在 研究中，一般为了省事、方便以及为了考虑溶剂平均效应而用隐式溶剂模型...

2017年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jan-10 这是第7次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起不断发布，之前的见 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》（//www.umsyar.com/385） 《2016年优秀动画音乐推荐》（//www.umsyar.com/360） 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》（//www.umsyar.com/318） 《2015年上半年优秀...

在Gaussian中做限制性优化的方法 The way to perform restricted optimization in Gaussian 文/Sobereva @北京科音   2018-Jan-9 0 前言 量化计算时一般做的几何优化叫做全优化(full optimization)，与之相对的叫做限制性优化，即优化时冻结某些变量来实现特殊目的。经常有人在网上问Gaussi...

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例 The way of generating natural orbitals based on fch file in Multiwfn and analysis instances about excited state wavefunctions and spin natural orbitals 文/Sobereva @北京科音 First re...

基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法 The way of plotting color-filled isosurface maps based on cube files generated by Multiwfn 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-6 ...

2017年度完结动画总评 文/Sobereva  2018-Jan-5 此文对笔者完整看过的2017年度完结的89部全长版TV动画和17部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2018年1月完结”部分是新写的，4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性，在此文又做了微调。前几年的总评见： 2016年度完...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 Methods and FAQs for calculating IRC in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jan-4  Last update: 2020-Sep-14      0 前言 IRC是 研究化学反应的重要概念，它是质权坐标下连接势能面相...

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法 Method to draw RDG scatter map with coloring effect for weak interaction analysis 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-17  Last update: 2022-Aug-11    2010年提出的用于分析弱相互作用...

电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算 Calculation of percentage of inter-fragment charge transfer in electronic transition 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-15   Last update: 2022-Mar-15 1 前言 电子激发过程往往伴随着电子分布范围的明显转移，在一些文...

硬盘速度与内存容量对 计算速度影响的测试 Test of the impact of hard disk speed and memory capacity on quantum chemistry calculation speed 文/Sobereva @北京科音   2017-Dec-5 1 前言 本文的目的是通过几种主流 程序的实测数据，说明 计算用的机子有没有必要用大...

使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量 Using Multiwfn+VMD to plot transition dipole moment vector contributed by specific fragment 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-2  Last update: 2020-Dec-25 1 前言 ...

在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法 The way of analyzing wavefunction higher than CCSD level in Multiwfn 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Nov-28  Last update: 2021-May-19       1 前言 Gaussian程序能产生...

收到给宽叔的《薄暮》动画募捐的礼品 文/Sobereva 2017-Oct-23 之前听闻宽叔自己要制作《薄暮》剧场版动画，展开集资。一度情况比较严峻，离截止日不远了集资才达到目标金额一半多。于是宽叔开始对天朝开放募捐渠道，但是只支持paypal。想到自己paypal还有笔闲钱，amazon也不支持paypal支付而没什么用处，提现又有点麻烦，就决定捐给这部动画一部分，总共捐了38000多日元。今日刚刚收到了捐款的礼物。 我是蛮支持宽叔...