通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度

注:笔者后来又写了《使用Multiwfn计算轨道的体积》(//www.umsyar.com/734),和本文内容有一些相关性,推荐看完本文后阅读。 通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度 Using orbital delocalization index (ODI) to measure spatial delocalization extent of orbitals 文/Sobereva@北京科音 ...

一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章

后记:后来笔者在此文的研究的基础上做了大量扩展和深化,发表了一系列论文,并且还做了很多其它的与18碳环及其类似物有关的研究,汇总见//www.umsyar.com/carbon_ring.html。非常欢迎阅读和引用其中的文章! 一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章 The most comprehensive and systematic theoretical article on the novel and uni...

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法 The way of directly labelling bond orders calculated by Multiwfn on molecular structure map 文/Sobereva@北京科音  2019-Dec-4 有人在Multiwfn中文论坛上问怎么把Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上,以便于直观观看。将Multiwfn...

计算分子内氢键键能的几种方法

计算分子内氢键键能的几种方法 Several methods for calculating energy of intramolecular hydrogen bonds 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Nov-23  Last update: 2022-May-26 0 前言 计算分子间弱相互作用,包括计算最常被研究的氢键的键能,已经有非常成熟、准确的方法,比如最常用的就是...

Grimme的xtb程序的编译方法

Grimme的xtb程序的编译方法 Compilation method of Grimme's xtb program 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-21 之前笔者在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(//www.umsyar.com/421)中已经对xtb程序的基本情况进行了介绍,也说明了安装方法。通常直接用预编译版的xtb就够了,但有...

2019年10月完结动画简评

2019年10月完结动画简评 文/Sobereva  2019-Nov-13 本文是笔者完整观看过的2019年10月完结的21部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么...

使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性

2020-Sep-14后记:本文中关于多中心键级计算耗时的说法已经完全过时了。因为从2020-Sep-12更新的Multiwfn开始,程序中实现了笔者提出的一种超快的多中心键级计算算法,而精度没有丝毫损失,对于哪怕含有几十个原子的环也可以非常快速地计算多中心键级,这使得多中心键级的应用范畴有了革命性的扩展。相比之下,AV1245的实际价值就已经不大了。 使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性 Using Multiwfn ...

谈谈如何衡量分子的极性

谈谈如何衡量分子的极性 The way of measuring molecular polarity 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-16  Last update: 2020-Sep-29 0 前言 经常有人问怎么衡量分子的极性,是不是算个偶极矩就可以。实际上,极性是一个非常含糊的概念。从本质上来说,极性来自于净电荷分布的不均匀性,不均匀性越大则极性越...

将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法

注:读者务必使用目前Multiwfn官网上的最新版本,早期版本Multiwfn有某些bug 将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法 The method of using the converged wavefunction of Gaussian or other program as the initial guess wavefunction of ORCA 文/Sobereva@北京科音 ...

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异 Regarding why the RESP charge calculated by Multiwfn is different from that of Antechamber 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP电荷的原理、细节以及计算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(ht...

谈谈18碳环的几何结构和电子结构

后记:笔者后来在18碳环方面开展了大量研究工作,并陆续发表了许多论文,汇总见//www.umsyar.com/carbon_ring.html。本文的读者请务必一看,非常欢迎阅读和引用其中的文章! 本文下面的所有数据和图像都已体现在笔者发表的文章Carbon, 165, 468-475 (2020) DOI: 10.1016/j.carbon.2020.04.099的正文或者补充材料里。因此如果需要引用下文的任何内容,都请引用Carbon这篇论文。 ...

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)

注:笔者后来又写了《使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用》(//www.umsyar.com/676),其中介绍的重要的LEAE函数与ALIE有关键性的互补,非常推荐阅读! 使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示) Using Multiwfn and VMD to plot map of molecular surface colore...

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 On the correctly understanding the requirements for image resolution when submitting a paper 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时,时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题,一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。...
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