正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO Correctly understanding energy gap, HOMO and LUMO of molecules 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-26  Last update: 2020-May-2 0 前言 笔者在QQ群里、论坛里答疑时经常看到有计算化学初学者、理论计算外行对gap、HO...

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例 A simple example of using L-BFGS-B local minimization algorithm in Fortran 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-3 本文简要介绍一下L-BFGS-B局部极小化算法的常识,并通过实例介绍怎么在Fortran中使用这个方法解决实际问题。 1 相关知识 牛顿法是最...

使用Multiwfn计算各种与信息论相关的量(information-theoretic quantities)

Using Multiwfn to study information-theoretic quantities 将信息论与密度泛函中的一些概念相结合,在讨论化学问题中已有不少应用,特别是近年来北卡罗来纳大学&湖南师大的刘述斌教授在这方面做了大量工作,通过信息论定义的量(information-theoretic quantities)研究了诸多化学问题,获得了丰硕的成果,陆续发表了几十篇应用性或纯理论文章。之前我写过的介绍文章《用Hirshfeld电荷和信息...

使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键

2024-Jul-12补充:Multiwfn已经支持了将BOD和NAdO用于CP2K计算的周期性体系的波函数上面,专门的介绍和例子见《使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征》(//www.umsyar.com/719) 使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键 Using bond order density (BOD) and natural adaptive orbital ...

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例 A simple example of using the local minimization algorithm NEWUOA without derivatives in Fortran 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-1 1 NEWUOA简介 数学上对多维函数做局部极小化的算法非常多,诸如simplex、BFGS、最陡下降法...

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 On the determination and setting of the connection relationship in VMD visualization program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Feb-25   Last update: 2023-Dec-29 化学体系可视化程序VMD的用户越来...

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

懒得在这里再发一遍了,本文直接在计算化学公社论坛看: http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型,搜索治疗武汉肺炎的特效药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象,最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。 后注:鉴于有人在病毒名称上特别敏感,笔者在此进行如下专门澄清,以后不要再试图给笔者发邮件在肺炎的用...

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 Idea of RESP2 atomic charge and its calculation in Multiwfn 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Feb-1  Last update: 2022-Aug-6 1 前言 RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法,在《RESP拟...
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