比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型，在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://soberev...

截止到2021年4月13日，使用了Multiwfn波函数分析程序（//www.umsyar.com/multiwfn）发表的文章已超过7000篇，用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了约十篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 Using Multiwfn to perform aNCI analysis to graphically study protein-ligand interactions in dynamic process 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Mar-4  Last update: 2022-Fe...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（//www.umsyar.com/572）曾介绍了笔者做的...

我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment My comment on a cyclo[18]carbon research article in the journal J. Mol. Model. that contains a lot of errors 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-1 1 前言 18碳环（cyclo[18]carbon）具有...

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces 文/Sobereva@北京科音  2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的 实际上上面这种图就...

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27  Last update: 2022-Mar-8 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析，也即Reduced density gradient (RDG)分析，是如今使用极为普遍的图形化考察化学...

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 Using Multiwfn to very conveniently create input file of CP2K 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22  Last update: 2023-Nov-7 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是速度超级快，功能又非...

CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法 Installation method of CP2K first principle program in Linux  文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16  Last update: 2024-Sep-5 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好、功能强大的第一性...

计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 A lazy script to calculate 1.2*CM5 atomic charges suitable for OPLS-AA force field simulation 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-28 根据J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的测试，基于OPLS-AA力场的模拟很适...

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心） Using Multiwfn to calculate d-band center of transition metals 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jan-14  Last update: 2022-Jun-2 1 前言 Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度（DOS）曲线的功...

使用Gaussian做镧系金属配合物的 计算 Using Gaussian to perform quantum chemistry calculations for lanthanide metal complexes 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-13 0 前言 过渡金属配合物体系的 计算比主族体系的计算通常更复杂，因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑，SCF收敛整体更难（d轨...

2020年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jan-1 这里对我从2020年7月1日开始截止到2020年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见//www.umsyar.com右方的“动画评论”分类。 碧蓝幻想 第二季 EX2 长度：23m45s 这个EX2属于恶搞内容，分为两部分。第一部分是葛兰一行人去某...

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 Calculating absorption spectrum of a molecule in crystal environment based on background charges 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-23 1 前言 用Gaussian、ORCA等主流 程序计算分子在真空中、在溶剂环境中的激发态和吸收光谱是非常简单的事，参...

揭示各种新奇的碳环体系的振动特征 Revealing the vibrational characteristics of various novel carbon ring systems 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-21 1 前言 在2019年Science, 365, 1299中报道凝聚相下首次观测到18碳环（cyclo[18]carbon）后，几何和电子结构特征新颖奇特的碳单环类体系...