Multiwfn可以计算的分子描述符一览
List of molecular descriptors that Multiwfn can calculate
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Jun-22 Last update: 2024-Apr-17
0 前言
做QSAR（定量结构活性关系）和QSPR（定量结构属性关系）需要提供分子的描述符（molecula...
使用Multiwfn计算分子中的原子极化率
Calculating atomic polarizabilities in molecules using Multiwfn
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Jun-4 Last update: 2024-Apr-25
1 前言
原子在孤立状态下的极化率是可以实验测量的，也很容易理论计算，在...
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
Using IRI method to graphically study chemical bonds and weak interactions in chemical systems
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-May-31 Last update: 2024-Mar-29
1 前言
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要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
Make good use of cluster models and do not blindly use ONIOM to study protein-small molecule interaction problems
文/Sobereva@北京科音 2021-May-22
初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题...
PS：此文介绍的工具主要是给一个外国合作者写的，所以文章写成了英文。
对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具
A tool for performing SAPT analysis via PSI4 for each point on the IRC trajectory calculated by Gaussian
Sobereva@北京科音 2021-May-10
1 Preface
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利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
Several methods to straighten molecular structures using Gaussian or ORCA program
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-May-4 Last update: 2021-Jun-15
1 前言
有人问怎么把...
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy
文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30
1 uESE溶剂模型简介
SMD是如今非常常用的溶剂模型，在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://soberev...
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
Using Multiwfn to perform aNCI analysis to graphically study protein-ligand interactions in dynamic process
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Mar-4 Last update: 2022-Fe...
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory
文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-3
1 前言
在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（//www.umsyar.com/572）曾介绍了笔者做的...
我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment
My comment on a cyclo[18]carbon research article in the journal J. Mol. Model. that contains a lot of errors
文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-1
1 前言
18碳环（cyclo[18]carbon）具有...
使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图
Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces
文/Sobereva@北京科音 2021-Feb-28
1 前言
不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的
实际上上面这种图就...