计算化学网文highlights
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）设立的“北京科音”微信公众号每个月月末汇总推送一次当月发布在计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）、思想家公社blog（//www.umsyar.com）等地方的较有价值的计算化学文章和帖子。为了便于非订阅用户查看，在本页面也同步发布。内容既有Sobereva写的，也有别人写的。
以下为2024年7月的内容
• 使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征
//www.umsyar.com/719
• 使用Multiwfn结合CP2K对周期性体系做电荷分解分析（CDA）
//www.umsyar.com/716
• 使用Multiwfn结合CP2K做周期性体系的atom-in-molecules (AIM)拓扑分析
//www.umsyar.com/717
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2023年影响因子（2024年公布）
//www.umsyar.com/721
• ReaxFF的模拟健壮性、性能调优与一点经验
http://bbs.keinsci.com/thread-46944-1-1.html
• CentOS 6.9 老爷机离线安装 CP2K 2024.1
http://bbs.keinsci.com/thread-46961-1-1.html
• 原创 Gaussian 输出文件数据提取图形界面 LogProcessorGUI
http://bbs.keinsci.com/thread-47054-1-1.html
• 关于购买EPYC 7K62 双路服务器的记录
http://bbs.keinsci.com/thread-47134-1-1.html
• 基于python把sobtop输出的itp文件中的charge改为cp2k输出的REPEAT电荷的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-47168-1-1.html
• 做MOF烷烯炔气体吸附，计算小白在学习哪个软件上很困惑，想求一点指点（五楼回复）
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=47187&pid=302050&fromuid=1
• 全程在桌面环境下安装NVIDIA显卡驱动，仅需要复制粘贴命令即可
http://bbs.keinsci.com/thread-47221-1-1.html
• 简化科研工具链：在 Ubuntu 系统中为GView6 创建桌面快捷方式
http://bbs.keinsci.com/thread-47239-1-1.html
• 双卡消费级主机的配置
http://bbs.keinsci.com/thread-47218-1-1.html
• Rocky Linux9.1 下的nVidia驱动安装及CUDAtoolkit安装教程
http://bbs.keinsci.com/thread-47398-1-1.html
• 自写自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R package: SCFMonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-47448-1-1.html
以下为2024年6月的内容
• 一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
//www.umsyar.com/714
• 使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷
//www.umsyar.com/712
• 谈谈怎么考察、计算、分析化学体系的电子密度
//www.umsyar.com/715
• 使用了Multiwfn发表的第14001~16000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/713
• 使用Multiwfn计算双描述符势预测反应位点
//www.umsyar.com/708
• sobtop已正式支持GAFF2力场
http://bbs.keinsci.com/thread-46184-1-1.html
• 利用gmx读取LAMMPS模拟的轨迹并进行后处理分析
http://bbs.keinsci.com/thread-46011-1-1.html
• 在 Apple Silicon 芯片上原生编译 Multiwfn 3.8(dev) 的方法及踩坑记录
http://bbs.keinsci.com/thread-46059-1-1.html
• 2019年C&EN社论分享：DFT是否会成为一键科研？
http://bbs.keinsci.com/thread-46095-1-1.html
• DIY NAS小记 - 实验室团队版
http://bbs.keinsci.com/thread-46228-1-1.html
• sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN
http://bbs.keinsci.com/thread-46231-1-1.html
• AMD Ryzen 7950X AMD RX 7900XT 在 Debian 12 下安装 GROMACS 2024.2
http://bbs.keinsci.com/thread-46291-1-1.html
• vasp6.4.3openACC+openMPI的GPU编译步骤
http://bbs.keinsci.com/thread-46518-1-1.html
• 在linux mint21.3上安装含kokkos以及deepmd的lammps & 4090的reaxff测试
http://bbs.keinsci.com/thread-46630-1-1.html
• charmm36-jul2022 力场中可选择的蛋白C端/N端及核酸5'/3'-ter 列表 (英文)
http://bbs.keinsci.com/thread-46682-1-1.html
以下为2024年5月的内容
• 使用Multiwfn结合CP2K计算晶体中原子的氧化态
//www.umsyar.com/711
• 使用Multiwfn计算原子的C6色散系数
//www.umsyar.com/709
• 2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
//www.umsyar.com/706
• 受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟基本流程--根据第14届培训内容整理
http://bbs.keinsci.com/thread-45791-1-1.html
• Spin-flip方法中RODFT难收敛解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-45194-1-1.html
• A100还是4090? VASP的GPU性能测试及调优策略
http://bbs.keinsci.com/thread-45195-1-1.html
• 警告：ORCA 5.0.x加电场优化结构/跑MD的结果是错误的（但能量、波函数是正确的）
http://bbs.keinsci.com/thread-45163-1-1.html
• VMD脚本用于分析CP2K AIMD轨迹文件中分子种类和数量
http://bbs.keinsci.com/thread-45208-1-1.html
• GROMACS-PLUMED做metadynamics性能调优分享
http://bbs.keinsci.com/thread-45535-1-1.html
• 用Multiwfn批量将结构优化结果生成cp2k输入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-45566-1-1.html
• 批量自动提取cp2k能量计算结果中的Total Energy
http://bbs.keinsci.com/thread-45585-1-1.html
• 计算packmol输入文件有效空间体积的小工具
http://bbs.keinsci.com/thread-45793-1-1.html
• 使用几何深度学习进行3D药物分子设计的方法和应用
http://bbs.keinsci.com/thread-45707-1-1.html
• 利用VMD批量实现键级的自动标注
http://bbs.keinsci.com/thread-45944-1-1.html
以下为2024年4月的内容
• 使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
//www.umsyar.com/705
• GROMOS 11 离线源码编译
http://bbs.keinsci.com/thread-44452-1-1.html
• cp2k利用纯泛函进行能带计算的简单方法
http://bbs.keinsci.com/thread-44474-1-1.html
• Rocky linux 9.3利用intel oneAPI 2024.1编译vasp6.4.2
http://bbs.keinsci.com/thread-44594-1-1.html
• 利用MOKIT从ORCA向其他量化程序传轨道
http://bbs.keinsci.com/thread-45086-1-1.html
以下为2024年3月的内容
使用SYSMOIC程序绘制磁感生电流图和计算键电流强度
//www.umsyar.com/702
• 深入理解分子轨道对磁感生电流的贡献
//www.umsyar.com/703
• 使用Multiwfn观看轨道概率密度
//www.umsyar.com/704
• consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-43932-1-1.html
• Gromacs可用的Amber14SB_ROC_lipid17力场包
http://bbs.keinsci.com/thread-43558-1-1.html
• GROMACS可用的246种lipids的itp文件（AMBER力场）
http://bbs.keinsci.com/thread-43852-1-1.html
• 三个CP2K小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-43600-1-1.html
• 记在超算上用spack安装cp2k 2024.1的过程
http://bbs.keinsci.com/thread-43811-1-1.html
• Interface力场超小气体分子的参数(O2/H2/N2)
http://bbs.keinsci.com/thread-43842-1-1.html
• 一键绘制自由能台阶图的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-44213-1-1.html
以下为2024年2月的内容
• 使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
//www.umsyar.com/701
• 谈谈有小虚频时热力学量的计算
//www.umsyar.com/699
• 直观解释分子间相互作用如何影响不对称催化：Nature Chemistry上一个很好的IGMH分析范例
//www.umsyar.com/700
• Shermo 2.6发布，已支持读取xtb输出的文件计算热力学量
http://bbs.keinsci.com/thread-43125-1-1.html
• 使用 Mathematica 实现HOMO与LUMO轨道的3D同步可视化及自动排版保存
http://bbs.keinsci.com/thread-43066-1-1.html
• Rocky Linux 9.3系统安装及Gromacs, Gaussian, xtb, ORCA, SVM等程序安装
http://bbs.keinsci.com/thread-43105-1-1.html
• 利用Tailscale+RustDesk实现内网穿透以及远程访问
http://bbs.keinsci.com/thread-43175-1-1.html
• openmm-g96-reporter：让 OpenMM 保存 GROMACS 兼容的 g96 格式轨迹的 reporter
http://bbs.keinsci.com/thread-43408-1-1.html
以下为2024年1月的内容
• 谈谈如何计算环张力能：以CPP和碳单环体系为例
//www.umsyar.com/698
• 18碳环等电子体B6N6C6独特的芳香性：揭示碳原子桥联硼-氮对电子离域的关键影响
//www.umsyar.com/696
• 使用Multiwfn基于Hirshfeld-I划分计算特定类型电子在各个原子上的分布量
//www.umsyar.com/697
• 利用软势修正低精度大型蛋白模型的原子重叠问题一例
http://bbs.keinsci.com/thread-42434-1-1.html
• 利用frp实现内网穿透的远程桌面配置记录
http://bbs.keinsci.com/thread-42564-1-1.html
• xyzfakeG：将多帧xyz文件转换为伪造高斯输出文件
http://bbs.keinsci.com/thread-42587-1-1.html
• KirariNto：通过比较NTO重叠来实现激发态跟踪的程序
http://bbs.keinsci.com/thread-42612-1-1.html
• slurm一键批量提交Gaussian任务至超算集群
http://bbs.keinsci.com/thread-42827-1-1.html
以下为2023年12月的内容
• 使用Dalton通过CC3方法极高精度计算激发态
//www.umsyar.com/693
• 几种基于核酸序列构建三维结构的工具
//www.umsyar.com/692
• 程序Dalton的编译方法和运行方式简介（大幅更新了本文，使本文对应了目前最新版Dalton、操作系统、编译器的情况）
//www.umsyar.com/463
• varecof计算VRC-VTST反应速率软件安装教程
http://bbs.keinsci.com/thread-41785-1-1.html
• 脚本分享：sobtop联合Gromacs对天然产物进行分子动力学构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-41881-1-1.html
• MOPAC v22.1.0 编译安装教程
http://bbs.keinsci.com/thread-41935-1-1.html
• Quantum ESPRESSO 7.2 GNU编译器和INTEL编译器无网络安装
http://bbs.keinsci.com/thread-41938-1-1.html
• 9654单路运行和测试
http://bbs.keinsci.com/thread-42351-1-1.html
• 在centos 7上方便简单地编译cp2k 2023.2版本的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-42370-1-1.html
• Lammps模拟中，一种改变data文件中元素顺序的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-42326-1-1.html
以下为2023年11月的内容
• CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
//www.umsyar.com/690
• 使用了Multiwfn发表的第13001~14000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/691
• chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算
http://bbs.keinsci.com/thread-41199-1-1.html
• 在Multiwfn生成inp文件基础上进行基组快速设置的脚本(使用TZVP及以上基组时使用)
http://bbs.keinsci.com/thread-41371-1-1.html
• 使用包管理器spack安装cp2k的方法分享
http://bbs.keinsci.com/thread-40815-1-1.html
• OCC—AOCl 4.0 安装VASP 6.4.2
http://bbs.keinsci.com/thread-40792-1-1.html
• 反应分子动力学（ReaxFF）模拟分析软件RMD_Digging
http://bbs.keinsci.com/thread-40775-1-1.html
• 分享一个手动自动化提交多个GMX任务的bash脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-40989-1-1.html
• venus2gro: VENUS96 轨迹 → 多帧 gro 文件
http://bbs.keinsci.com/thread-41145-1-1.html
• ADCP多肽对接时使用AGFR出现报错以及解决方案
http://bbs.keinsci.com/thread-41159-1-1.html
• EnergyDiagramDraw：一个开箱即用的能量图绘制程序
http://bbs.keinsci.com/thread-41229-1-1.html
• Ubuntu22.04下Tinker8.10编译
http://bbs.keinsci.com/thread-41245-1-1.html
以下为2023年10月的内容
• 几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
//www.umsyar.com/687
• Multiwfn在Linux下安装的中文说明
//www.umsyar.com/688
• AMD EPYC 9754 & 9654基准测试： 和第一性原理计算程序
http://bbs.keinsci.com/thread-40077-1-1.html
• Ai9 13900K G16测试
http://bbs.keinsci.com/thread-40125-1-1.html
• Gaussian-Amesp 联用方案 gamesp.py
http://bbs.keinsci.com/thread-40239-1-1.html
• 为某网友的AMD GPU平台编译和调优LAMMPS和GROMACS
http://bbs.keinsci.com/thread-40313-1-1.html
• 计算化学新人正式参与计算工作后的想法和感悟
http://bbs.keinsci.com/thread-40365-1-1.html
• 在LAMMPS中使用CHGNet
http://bbs.keinsci.com/thread-40402-1-1.html
• Quantum ESPRESSO在Linux下用intel编译
http://bbs.keinsci.com/thread-40395-1-1.html
• 关于VASP出现关键词"ZHEGV"相关报错的报错原因及解决方式汇总
http://bbs.keinsci.com/thread-40406-1-1.html
• wsl2下纯萌新实现gpu和kokkos包的lammps安装攻略
http://bbs.keinsci.com/thread-40447-1-1.html
• Desmond模拟后统计MM/GBSA结合自由能的残基贡献
http://bbs.keinsci.com/thread-40499-1-1.html
• DIY NAS小记 | Mini高性能集群部署（第一集）
http://bbs.keinsci.com/thread-40486-1-1.html
• 分析ONIOM的一些python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-40542-1-1.html
以下为2023年9月的内容
• 使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
//www.umsyar.com/685
• 调用Multiwfn做批量化学结构文件,波函数文件转化,输入文件格式化
http://bbs.keinsci.com/thread-39972-1-1.html
• 解决ssh连接服务器运行molden时X11转发失败的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-39409-1-1.html
• 计算模拟轨迹中水的方位四面体序参数Orientational Tetrahedral Order的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-39454-1-1.html
• 利用JNA以及JNAerator快速生成libcint的Java接口
http://bbs.keinsci.com/thread-39580-1-1.html
• 根据Hessian计算简谐振动频率
http://bbs.keinsci.com/thread-39620-1-1.html
• MS进行氢键统计的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-39839-1-1.html
以下为2023年8月的内容
• 使用Multiwfn极为方便地绘制(超)极化率密度和三维空间对(超)极化率的贡献
//www.umsyar.com/683
• 使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性
//www.umsyar.com/681
• 使用Multiwfn巨方便地绘制二维NICS平面图考察芳香性
//www.umsyar.com/682
• 辨析计算化学中的任务类型和理论方法
//www.umsyar.com/680
• 谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
//www.umsyar.com/678
• 氢封端碳链H-(C≡C)n-H (n = 3-9, 15)的电子光谱的尺寸依赖性：性质分析及对碳炔的预测
//www.umsyar.com/679
• 理论设计新颖的基于18碳环构成的双马达超分子体系
//www.umsyar.com/684
• 通过传真获取CFOUR授权的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-38913-1-1.html
• 南叔装机小记——第四篇（上集）：首次全某东装集群
http://bbs.keinsci.com/thread-38946-1-1.html
• 南叔装机小记——第四篇（下集）：手搓slurm小集群
http://bbs.keinsci.com/thread-39120-1-1.html
• 富勒烯-金属复合物—星际未证认红外发射谱的潜在载体
http://bbs.keinsci.com/thread-38899-1-1.html
• 星际富勒烯红外谱数据库构建与预测
http://bbs.keinsci.com/thread-39118-1-1.html
• LAMMPS中密度不均一体系域分解问题，和性能调优的一点经验
http://bbs.keinsci.com/thread-39016-1-1.html
• NEB_Monitor:一个监控CP2K NEB任务优化进程的简单脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-39063-1-1.html
• Amber22和AmberTools23的编译
http://bbs.keinsci.com/thread-39265-1-1.html
• 主流分子动力学程序在AMD、NVIDIA和Intel的消费级GPU上的性能基准测试
http://bbs.keinsci.com/thread-39266-1-1.html
• 主流分子动力学程序在消费级AMD GPU上的兼容性说明及疑难解答
http://bbs.keinsci.com/thread-39267-1-1.html
以下为2023年7月的内容
• 使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
//www.umsyar.com/676
• 8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的 、波函数分析与分子动力学研究
//www.umsyar.com/674
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2022年影响因子（2023年公布）
//www.umsyar.com/675
• 使用了Multiwfn发表的第12001~13000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/677
• Shermo 2.4发布，支持了将谐振近似与自由转子间的插值也用于计算低频模式对内能的贡献
http://bbs.keinsci.com/thread-38492-1-1.html
• EasyShermo: 萌新的全自动用 Shermo 做批处理的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-38871-1-1.html
• 在线版Shermo诞生：https://atomistica-online-shermo.anvil.app
http://bbs.keinsci.com/thread-38617-1-1.html
• 可以做自动molecule alignment的python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-38609-1-1.html
• 用于Lammps reax/c/species输出物种信息的数据清理脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-38781-1-1.html
• 利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例
http://bbs.keinsci.com/thread-38799-1-1.html
• Auto-FEP for Gromacs(Shell 脚本)
http://bbs.keinsci.com/thread-38858-1-1.html
• Windows下原生Gromacs 2022.6 GPU 版
http://bbs.keinsci.com/thread-38865-1-1.html
以下为2023年6月的内容
• 使用Multiwfn结合CP2K的波函数模拟周期性体系的隧道扫描显微镜（STM）图像
//www.umsyar.com/671
• 基于Gaussian的NMR=CSGT任务得到各个轨道对NICS贡献的方法
//www.umsyar.com/670
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
//www.umsyar.com/672
• Windows版本VMD 1.9.3读取Multiwfn chg文件的插件库
http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html
• MS版本切换脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-37693-1-1.html
• Gaussian + QUICK 联用脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-37794-1-1.html
• 离线机器的Ubuntu22.04中编译cp2k2023.1
http://bbs.keinsci.com/thread-37849-1-1.html
• 研究自旋禁阻反应的新方法——多态自旋混合（MSSM）模型
http://bbs.keinsci.com/thread-37884-1-1.html
• “Na2He”是氦的化合物吗？对一篇Nat. Chem.论文以及某百科的质疑
http://bbs.keinsci.com/thread-37910-1-1.html
以下为2023年5月的内容
• 解决CP2K中SCF不收敛的方法
//www.umsyar.com/665
• 一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
//www.umsyar.com/667
• PlotEne.py：优雅地绘制能量折线图
http://bbs.keinsci.com/thread-37329-1-1.html
• GROMACS2023 Windows原生系统下编译超详细解析
http://bbs.keinsci.com/thread-37179-1-1.html
• 使用aocc+aocl从头编译使用openmpi的vasp6
http://bbs.keinsci.com/thread-37137-1-1.html
• 分享：安装plumed+cp2k+gromacs时遇到的一些坑
http://bbs.keinsci.com/thread-37138-1-1.html
• ABACUS-3.2的安装方法
http://bbs.keinsci.com/thread-37412-1-1.html
• Centos stream 9 安装Gromacs 2023.1（GPU加速版）教程
http://bbs.keinsci.com/thread-37417-1-1.html
• Fedora/Debian Linux 安装 GIMIC 2.0 时踩过的坑以及解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-37403-1-1.html
以下为2023年4月的内容
• 使用了Multiwfn发表的第11001~12000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/663
• 不寻常的环[18]碳前驱体C18Br6的电子结构和芳香性
//www.umsyar.com/664
• 基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper
http://bbs.keinsci.com/thread-36431-1-1.html
• TRAPPE_small力场包（GROMACS）
http://bbs.keinsci.com/thread-36352-1-1.html
• Centos一键安装slurm
http://bbs.keinsci.com/thread-36256-1-1.html
• GROMACS中伞型采样算法应用详解
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html
• WSL2下Kokkos版加速的Lammps的cmake编译
http://bbs.keinsci.com/thread-36559-1-1.html
• shell编程-awk语法小结
http://bbs.keinsci.com/thread-36574-1-1.html
• VASP在EPYC 7543和Platinum 8358上的测试对比和编译优化
http://bbs.keinsci.com/thread-36834-1-1.html
以下为2023年3月的内容
• 通过 计算和Multiwfn程序预测化学物质的颜色
//www.umsyar.com/662
• 使用Multiwfn计算分子的球形度（sphericity）
//www.umsyar.com/661
• （做了大幅更新）
//www.umsyar.com/444
• Linux下利用cron实现对Multiwfn的自动定时更新
http://bbs.keinsci.com/thread-36083-1-1.html
• 2023年3月MD benchmark测试首篇——4090悄悄变快了
http://bbs.keinsci.com/thread-35960-1-1.html
• 2023年3月MD benchmark测试中篇——W790平台首发测试（量化乱入）
http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html
• 2023年3月MD benchmark测试最终章——关于“跑经典MD的计算机到底选什么配置”的终极讨论
http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html
• travis + vmd 绘制空间分布函数(Spatial Distribution Function, SDF)流程攻略
http://bbs.keinsci.com/thread-35889-1-1.html
• cp2k_AIMD_GFN1-xTB并行效率简单测试（up to 48 cores）
http://bbs.keinsci.com/thread-35518-1-1.html
• M2 Pro 运行量化软件并行效率测试
http://bbs.keinsci.com/thread-35584-1-1.html
• 一维薛定谔方程的Numerov方法的python实现
http://bbs.keinsci.com/thread-35604-1-1.html
• 读赝势文件给cp2k molden file添加Nval section
http://bbs.keinsci.com/thread-35694-1-1.html
• 如何在gmx中使用列表势
http://bbs.keinsci.com/thread-35740-1-1.html
• 给cp2k输出的pdb轨迹加残基名的awk脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-35859-1-1.html
以下为2023年2月的内容
• sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具
//www.umsyar.com/660
• 巨幅减小Gaussian的TDDFT计算产生的fch文件的尺寸的方法
//www.umsyar.com/659
• 简单的动力学计算器
http://bbs.keinsci.com/thread-35159-1-1.html
• 调整ligpargen生成的itp文件中原子顺序的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-34926-1-1.html
• 小小白入门Linux及安装量化程序经历分享
http://bbs.keinsci.com/thread-35040-1-1.html
• Slurm在centos7单机上的安装经验
http://bbs.keinsci.com/thread-35109-1-1.html
• 小程序：批量读取OUTCAR中能量数据
http://bbs.keinsci.com/thread-35132-1-1.html
• 巧妙利用make命令批量并行运行任务的小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-35398-1-1.html
以下为2023年1月的内容
• 使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
//www.umsyar.com/658
• 使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序：MfakeG
//www.umsyar.com/656
• epyc 9554 初测 gaussian 16
http://bbs.keinsci.com/thread-34590-1-1.html
• vasp5.4.4+vaspsol+VTST+environment-modules安装记录
http://bbs.keinsci.com/thread-34606-1-1.html
• windows下原生gromacs 2022.4 gpu 版
http://bbs.keinsci.com/thread-34634-1-1.html
• 与Multiwfn联用生成批量freq计算输入文件的python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-34657-1-1.html
• cp2k-2023.1的docker-singularity安装方法
http://bbs.keinsci.com/thread-34676-1-1.html
• Supercell.py：从原胞.cif建模超胞.pdb
http://bbs.keinsci.com/thread-34687-1-1.html
• MMPBSA.py.MPI执行过程中出现could not import mpi4py package解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-34699-1-1.html
• 将GPU从1060升级到3070后gromacs计算速度的提升对比和分享
http://bbs.keinsci.com/thread-34698-1-1.html
• gaff力场gmx itp文件转到moltemplate lt文件的小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-34730-1-1.html
• sobeig：计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序
//www.umsyar.com/657
以下为2022年12月的内容
• 谈谈记录化学体系结构的mol2文件
//www.umsyar.com/655
• 使用了Multiwfn发表的第10001~11000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/654
• Linux下利用PyTorch对回归与分类任务进行深度学习的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-34291-1-1.html
• Hartree-Fock for He Atom
http://bbs.keinsci.com/thread-34132-1-1.html
• KTTK：用于给Gaussian组装片段组合波函数的Python程序
http://bbs.keinsci.com/thread-34158-1-1.html
• ORCA Input Library_20221216
http://bbs.keinsci.com/thread-34298-1-1.html
• 推荐一套适用于VASP的GPU配置
http://bbs.keinsci.com/thread-34411-1-1.html
• 让 openMolcas 输出真正的 Hessian 矩阵
http://bbs.keinsci.com/thread-34456-1-1.html
• ORCA5.0.3利用G16解析Hessian进行ESD计算
http://bbs.keinsci.com/thread-34471-1-1.html
以下为2022年11月的内容
• 一篇存在大量计算问题的Angew期刊上的文章的comment
http://bbs.keinsci.com/thread-33803-1-1.html
• Ubuntu 20.04 安装 Orca 5.03
http://bbs.keinsci.com/thread-33380-1-1.html
• 2022双十一MD工作站配置推荐
http://bbs.keinsci.com/thread-33373-1-1.html
• 给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记
http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html
• 搭建在线 平台 CalcUS
http://bbs.keinsci.com/thread-33486-1-1.html
• 关于G16中G4方法bug的一个解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-33631-1-1.html
• 在WSL下的Ubuntu 22.04中安装VASP 6.3.2与CP2K v2022.2
http://bbs.keinsci.com/thread-33640-1-1.html
• 基于singularity的可以移植的gromacs-cp2k联用版本
http://bbs.keinsci.com/thread-33642-1-1.html
• 使用浏览器玩转并行计算集群 | HPC via Web
http://bbs.keinsci.com/thread-33708-1-1.html
• Gaussian-MOKIT-Molpro 联用方案 gmm.py
http://bbs.keinsci.com/thread-33837-1-1.html
• Windows下的gromacs2021.6的GPU版本与gromacs2022的CPU版本
http://bbs.keinsci.com/thread-33986-1-1.html
以下为2022年10月的内容
• 淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈
//www.umsyar.com/653
• 介绍两个优雅地调用Multiwfn的方法（Linux）
http://bbs.keinsci.com/thread-33161-1-1.html
• 性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
• 简单神经网络教程
http://bbs.keinsci.com/thread-32606-1-1.html
• 神经网络和结构优化的一点经验
http://bbs.keinsci.com/thread-33107-1-1.html
• Ubuntu20.04 安装单机slurm教程
http://bbs.keinsci.com/thread-32750-1-1.html
• 氢原子轨道/杂化轨道Viewer，本科教学专用
http://bbs.keinsci.com/thread-32813-1-1.html
• Ubuntu20.04 安装 GAMESS
http://bbs.keinsci.com/thread-32901-1-1.html
• 在wsl子系统ubuntu18下安装vasp
http://bbs.keinsci.com/thread-32888-1-1.html
• 自动生成用于计算方法测评的GJF文件的Python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-33289-1-1.html
以下为2022年9月的内容
• 在VMD中使用GaussView的元素着色的方法
//www.umsyar.com/652
• 批量输出ESP分析信息的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-31996-1-1.html
• 使用python一键绘制 (DCCM) Dynamical Cross-Correlation Matrix
http://bbs.keinsci.com/thread-31853-1-1.html
• AMD77532+Fedora34 编译Castep_19.11
http://bbs.keinsci.com/thread-31860-1-1.html
• 较好双路服务器的硬件采购与组装细节分享
http://bbs.keinsci.com/thread-31876-1-1.html
• 分享 NetworkView插件结合Cytoscape画蛋白质内部相互作用的二维网络图
http://bbs.keinsci.com/thread-31880-1-1.html
• molcas (含NEVPT2）intel编译器安装踏坑记
http://bbs.keinsci.com/thread-31999-1-1.html
• 吐槽一下学校神坑的供应商+普通双路服务器组装分享
http://bbs.keinsci.com/thread-31824-1-1.html
以下为2022年8月的内容
• 详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
//www.umsyar.com/651
• 使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-31439-1-1.html
• 基于python生成蛋白质-配体簇模型刚性扫描的gaussian输入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-31476-1-1.html
• cp2k离线api文档制作(结合Dash或Zeal使用)
http://bbs.keinsci.com/thread-31511-1-1.html
• 一步一步撸ParaGauss
http://bbs.keinsci.com/thread-31526-1-1.html
• 分享在未安装gaussian情况下打开gview不弹出'gaussian is not install'窗口
http://bbs.keinsci.com/thread-31534-1-1.html
• CPfakeG
http://bbs.keinsci.com/thread-31536-1-1.html
• GFN-XTB、四种3c方法的谐振频率和ZPE校正因子
http://bbs.keinsci.com/thread-31546-1-1.html
• 软件推荐：线程平衡软件Process Lasso
http://bbs.keinsci.com/thread-31593-1-1.html
• 上古fortran代码中，用data给数组赋值的坑
http://bbs.keinsci.com/thread-31721-1-1.html
以下为2022年7月的内容
• 使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱
//www.umsyar.com/648
• 使用了Multiwfn发表的第9001~10000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/649
• 使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
//www.umsyar.com/645
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布）
//www.umsyar.com/646
• 关于def2-TZVPPD基组搭配不同的辅助基组的简单测评
http://bbs.keinsci.com/thread-31252-1-1.html
• 服务器寄放数据中心简介与注意事项
http://bbs.keinsci.com/thread-30747-1-1.html
• 在Windows下使用gau_orca接口的简单方法
http://bbs.keinsci.com/thread-30728-1-1.html
• Linux下利用SHAP对机器学习模型进行合理解释
http://bbs.keinsci.com/thread-30780-1-1.html
• VMD绘制前线轨道图与Gaussian绘制前线轨道图哪个更好看？
http://bbs.keinsci.com/thread-30796-1-1.html
• Jahn-Teller效应读书笔记
http://bbs.keinsci.com/thread-30839-1-1.html
• 一个用DLPNO-CCSD(T)优化18碳环的结构的思路
http://bbs.keinsci.com/thread-30942-1-1.html
• CP2K-singularity镜像分享
http://bbs.keinsci.com/thread-30907-1-1.html
• 基于背景电荷计算晶体环境下分子的快捷脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-30992-1-1.html
• 自己的小型服务器远程登录与文件传输
http://bbs.keinsci.com/thread-31056-1-1.html
以下为2022年6月的内容
• 使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径
//www.umsyar.com/643
• 分享最近给某超算平台GPU节点做的Benchmark
http://bbs.keinsci.com/thread-30061-1-1.html
• Sobtop批量生成使用RESP电荷的GAFF/AMBER拓扑文件
http://bbs.keinsci.com/thread-30149-1-1.html
• 基于命令行的蛋白结构建模和蛋白设计程序(Unidesign)
http://bbs.keinsci.com/thread-30152-1-1.html
• 生成任意序列的封端短肽pdb的脚本CappedPeptideBuilder.py
http://bbs.keinsci.com/thread-30278-1-1.html
• 使用NEWUOA局部极小化算法对基组的指数进行优化
http://bbs.keinsci.com/thread-30273-1-1.html
• Linux下Scikit-learn机器学习实例脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-30547-1-1.html
• ubuntu22.04安装openpbs的小心得
http://bbs.keinsci.com/thread-30694-1-1.html
以下为2022年5月的内容
• 谈谈怎么计算“原子的静电势”
//www.umsyar.com/641
• ORCA并行效率小测试
http://bbs.keinsci.com/thread-29384-1-1.html
• 基于 docker 为 wsl 安装 centos7
http://bbs.keinsci.com/thread-29302-1-1.html
• 梯度的基组外推以及在结构优化中的实现
http://bbs.keinsci.com/thread-29330-1-1.html
• Multiwfn 3.8(dev) on macOS
http://bbs.keinsci.com/thread-29399-1-1.html
• 在MacOS上使用心心念念的Multiwfn最新版
http://bbs.keinsci.com/thread-29550-1-1.html
• 分享Stuttgart赝势官网上的所有SDD赝势和配套基组
http://bbs.keinsci.com/thread-29476-1-1.html
• 简易安装standalone版XMVB
http://bbs.keinsci.com/thread-29567-1-1.html
• 使用MolAICal和PF-ADMET进行药物ADMET的预测
http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html
• 基于官方docker的CP2K v10.0安装演示
http://bbs.keinsci.com/thread-29719-1-1.html
• 谈谈RDF
http://bbs.keinsci.com/thread-29715-1-1.html
• 自写python脚本实现热力学校正量的计算
http://bbs.keinsci.com/thread-29847-1-1.html
• 利用ABCluster和Multiwfn自动生成有机分子拓扑文件用于全局优化
http://bbs.keinsci.com/thread-29458-1-1.html
• 经验交流：GPU加速的量化程序QUICK
http://bbs.keinsci.com/thread-29851-1-1.html
以下为2022年4月的内容
• 深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性
//www.umsyar.com/640
• 基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
//www.umsyar.com/639
• 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-28708-1-1.html
• QE的一个小辅助工具包QEtoolkit
http://bbs.keinsci.com/thread-28755-1-1.html
• CP2K结构优化监控小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-28800-1-1.html
• Conda环境下编译CP2K
http://bbs.keinsci.com/thread-29123-1-1.html
• 使用CMD批处理对IRI/RDG/AIM的输出文件进行批量计算
http://bbs.keinsci.com/thread-29104-1-1.html
• ORCA的FIC-MRCC使用体验
http://bbs.keinsci.com/thread-29165-1-1.html
• 双杂化泛函IOp小助手
http://bbs.keinsci.com/thread-29232-1-1.html
• Docker方案, CP2K 全自动安装
http://bbs.keinsci.com/thread-29233-1-1.html
• cp2k全家桶 一键安装 不挑系统
http://bbs.keinsci.com/thread-29216-1-1.html
• 0基础slurm安装
http://bbs.keinsci.com/thread-29223-1-1.html
• 使用mrcc进行CC2/ADC(2)/双杂化TD-DFT级别的激发态计算
http://bbs.keinsci.com/thread-29156-1-1.html
• 总价不到4700的廉价32核64线程128G内存半新服务器，比组里的还快
http://bbs.keinsci.com/thread-29284-1-1.html
以下为2022年3月的内容
• 使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
//www.umsyar.com/621
• 使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
//www.umsyar.com/638
• ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
//www.umsyar.com/637
• 在VMD中绘制CP2K计算产生的振动矢量的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-28305-1-1.html
• 快速将RESP电荷从.chg文件迁移至.mol2文件
http://bbs.keinsci.com/thread-28083-1-1.html
• CP2K几何优化的监控/诊断小脚本-cp2kmonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-28109-1-1.html
• 结合gentor利用schrodinger python api进行快速二维二面角扫描
http://bbs.keinsci.com/thread-28120-1-1.html
• 8375c装机记录
http://bbs.keinsci.com/thread-28125-1-1.html
• Blender + Python:用少量有效数据绘制势能面示意图的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-28162-1-1.html
• 如何在 M1 chip 的 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6
http://bbs.keinsci.com/thread-28196-1-1.html
• 恒电势JDFTx在Centos7虚拟机上的安装经验
http://bbs.keinsci.com/thread-28480-1-1.html
• 使用adcc和pyscf计算ADC级别的单三线态能级(for MR-TADF)
http://bbs.keinsci.com/thread-28370-1-1.html
• g16在8375C和7T83的表现小测评
http://bbs.keinsci.com/thread-28607-1-1.html
• 计算化学键强度的利器 LModeA-nano 正式版发布
http://bbs.keinsci.com/thread-28658-1-1.html
以下为2022年2月的内容
• 使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态
//www.umsyar.com/634
• 使用了Multiwfn发表的第8001~9000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/636
• 使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
//www.umsyar.com/635
• 加速SCF收敛可以尝试的一些手段
http://bbs.keinsci.com/thread-27630-1-1.html
• CentOS7系统编译CP2K 9.1分享（GCC+Intel MKL+Intel MPI）
http://bbs.keinsci.com/thread-27675-1-1.html
• QE中批量固定原子的小脚本QEfix.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-27688-1-1.html
• 利用VMD进行轨迹分析的TCL脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27667-1-1.html
• 费米软度的计算方法
http://bbs.keinsci.com/thread-27795-1-1.html
• xeon 8375C ES双路使用感受
http://bbs.keinsci.com/thread-27842-1-1.html
以下为2022年1月的内容
• 谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
//www.umsyar.com/632
• 理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
//www.umsyar.com/630
• 分享多帧bmp转gif动画和bmp转png的Python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27212-1-1.html
• Gaussian TDDFT激发态绝热/热透态能量追踪脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27273-1-1.html
• 基于XYZ坐标的简易在线分子结构查看工具
http://bbs.keinsci.com/thread-27301-1-1.html
• orca-oniom-accelerator：加速QM/XTB计算的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27352-1-1.html
• 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（基于schrodinger的Jaguar模块和Multiwfn程序）
http://bbs.keinsci.com/thread-27361-1-1.html
• KST48：更强大的MECP程序
http://bbs.keinsci.com/thread-27360-1-1.html
• WSL2下gpu版lammps编译详细版
http://bbs.keinsci.com/thread-27603-1-1.html
• 一个拟合双原子分子光谱常数的小工具
http://bbs.keinsci.com/thread-27619-1-1.html
以下为2021年12月的内容
• 使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征
//www.umsyar.com/628
• 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
//www.umsyar.com/627
• 谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系
//www.umsyar.com/626
• （进行了大幅更新）
//www.umsyar.com/444
• 调用Multiwfn交互式resp电荷产生小工具：fitRESP.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-26701-1-1.html
• 一键计算Boltzmann分布的脚本Boltzmann.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-26760-1-1.html
• QE GPU版本使用
http://bbs.keinsci.com/thread-26775-1-1.html
• CP2K-8.2 的全intel编译器编译
http://bbs.keinsci.com/thread-26891-1-1.html
• 通过VcXsrv+xfce4实现在Windows窗口下操作Ubuntu-WSL2中的VMD
http://bbs.keinsci.com/thread-26976-1-1.html
• 软件BAGEL的安装
http://bbs.keinsci.com/thread-27002-1-1.html
• Gaussian、BAGEL联用做CASPT2几何优化的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27086-1-1.html
• 南叔装机小记：11400+3060的穷人MD配置，两台
http://bbs.keinsci.com/thread-27030-1-1.html
• 分享一个移除旧版Intel OneAPI的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-27100-1-1.html
• WSL2试图使用wslg打开软件时显示错误 Can't open display: :0的解决方法，以VMD为例
http://bbs.keinsci.com/thread-27112-1-1.html
以下为2021年11月的内容
• 重要的新的图形化研究弱相互作用方法IGMH的介绍文章已经在ChemRxiv上发布！
http://bbs.keinsci.com/thread-26613-1-1.html
• 在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
//www.umsyar.com/624
• 令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法
//www.umsyar.com/625
• Basis Set Exchange辅助工具Abse
http://bbs.keinsci.com/thread-26263-1-1.html
• 使用MolAICal和Pafnucy模型对药物亲和力进行预测
http://bbs.keinsci.com/thread-26132-1-1.html
• 2021双十一MD工作站配置推荐
http://bbs.keinsci.com/thread-26283-1-1.html
• 12900KF 跑G16 Test0397测试
http://bbs.keinsci.com/thread-26463-1-1.html
• 基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数
http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html
• 监控CP2K dimer方法优化TS能量变化的一个小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-26555-1-1.html
• Quantum Espresso课件、练习文件
http://bbs.keinsci.com/thread-26495-1-1.html
• 【作业贴】南叔装机小记：双路2686v4配老版本g09测试
http://bbs.keinsci.com/thread-26642-1-1.html
以下为2021年10月的内容
• 谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义
//www.umsyar.com/622
• revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
//www.umsyar.com/623
• 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
//www.umsyar.com/620
• Rosetta中的常见问题汇总（持续更新）
http://bbs.keinsci.com/thread-25708-1-1.html
• 在本地运行RoseTTAFold和AlphaFold2
http://bbs.keinsci.com/thread-25710-1-1.html
• 使用VMware在Centos工作站安装cp2k尝试，避免更换工作站系统
http://bbs.keinsci.com/thread-25609-1-1.html
• GROMACS-GPU版在wsl2中Ubuntu18.04中的安装方法
http://bbs.keinsci.com/thread-25516-1-1.html
• 使用MolAICal 进行分子对接
http://bbs.keinsci.com/thread-25776-1-1.html
• 使用MolAICal和OnionNet模型进行药物亲和力的预测
http://bbs.keinsci.com/thread-25833-1-1.html
• docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k
http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html
• 关于CP2k-8.2使用OT方法时SCF卡住的解决方法
http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html
以下为2021年9月的内容
• 使用了Multiwfn发表的第7001~8000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/619
• 使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性（planarity）
//www.umsyar.com/618
• Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
//www.umsyar.com/614
• 18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
//www.umsyar.com/615
• 使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
//www.umsyar.com/617
• 电子空间范围
//www.umsyar.com/616
• 简单的shell脚本监控当前文件夹下高斯输出文件的状态
http://bbs.keinsci.com/thread-25169-1-1.html
• 计算分子间电荷转移积分的懒人脚本transint.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-25239-1-1.html
• CP2k中BSSE的使用
http://bbs.keinsci.com/thread-25250-1-1.html
• AMD_5950x上编译vasp5.4.4在不同环境下的效率对比
http://bbs.keinsci.com/thread-25445-1-1.html
文献推荐：
• 横测各种泛函算开壳层过渡金属反应能的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-25433-1-1.html
• 一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章（JCIM,2021）
http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html
以下为2021年8月的内容
• 使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
//www.umsyar.com/609
• 全面揭示各种尺寸的碳单环体系的独特的光学性质
//www.umsyar.com/608
• 详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
//www.umsyar.com/612
• 使用Multiwfn计算odd electron density考察激发态单电子分布
//www.umsyar.com/583
• Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
//www.umsyar.com/610
• 显著改进SMD溶剂模型描述Br和I元素精度的溶剂模型SMD18的介绍
//www.umsyar.com/613
• QE 6.8安装记录
http://bbs.keinsci.com/thread-24486-1-1.html
• 编译带dftd4的vasp.6.2.1
http://bbs.keinsci.com/thread-24545-1-1.html
• ASE中使用DFTD4
http://bbs.keinsci.com/thread-24658-1-1.html
• 双原子分子光谱常数拟合程序vibrot（纯净版）
http://bbs.keinsci.com/thread-24661-1-1.html
以下为2021年7月的内容
• 通过电子定域化函数(ELF)、价层电子密度分析讨论亲核进攻的方向
//www.umsyar.com/606
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布）
//www.umsyar.com/603
• 谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
//www.umsyar.com/604
• 谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题
//www.umsyar.com/607
• 使用gentor和xyz2QC做二面角扫描的超懒脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-23931-1-1.html
• 让ORCA 4的输入文件能在ORCA 5中使用的批量转换脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-23932-1-1.html
• 一下子把所有out文件中的紫外光谱信息都画出来的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-23940-1-1.html
• 构建及优化[小大]分子力场参数脚本ztop.py
http://bbs.keinsci.com/thread-22171-1-1.html
• 用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文件
http://bbs.keinsci.com/thread-24122-1-1.html
• 使用ztop拟合二面角参数
http://bbs.keinsci.com/thread-24290-1-1.html
以下为2021年6月的内容
• 使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
//www.umsyar.com/598
• Multiwfn可以计算的分子描述符一览
//www.umsyar.com/601
• 巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧
//www.umsyar.com/602
• 使用Multiwfn计算分子中的原子极化率
//www.umsyar.com/600
• 2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
//www.umsyar.com/599
• 使用CP2K进行过渡态计算经验[dimer篇]
http://bbs.keinsci.com/thread-23516-1-1.html
• Gaussian可识别的GAFF和GAFF2力场文件
http://bbs.keinsci.com/thread-23574-1-1.html
• 一个低成本实现动态IP映射到固定域名(DDNS)的稳定python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-23592-1-1.html
• 量子统计力学与动力学4：基于轨线的量子动力学1-半经典初值表示
http://bbs.keinsci.com/thread-23618-1-1.html
• 一个与编译器机制有关的bug：NaN，fast-math
http://bbs.keinsci.com/thread-23645-1-1.html
以下为2021年5月的内容
• 对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具
//www.umsyar.com/595
• 利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
//www.umsyar.com/594
• 要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
//www.umsyar.com/597
• Gaussian二维扫描输出文件的后处理脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-22884-1-1.html
• 使用UniMoVib+PyVibMS显示其他量化程序振动分析结果
http://bbs.keinsci.com/thread-22975-1-1.html
• Growing String Method (GSM) - pyGSM 安裝、簡介與範例
http://bbs.keinsci.com/thread-22989-1-1.html
• 基于gnu编译器和cmake编译原生Windows版xtb
http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html
• 简单聊聊如何用C语言给VMD的Tcl shell编写函数
http://bbs.keinsci.com/thread-23019-1-1.html
• 在CentOS 8下安装QtGrace的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-23036-1-1.html
• Lammps在intel编译器下编译安装
http://bbs.keinsci.com/thread-23051-1-1.html
• 给Multiwfn添加了一个输出所有内坐标的功能
http://bbs.keinsci.com/thread-23029-1-1.html
• CPMD的编译安装
http://bbs.keinsci.com/thread-23074-1-1.html
• 量子统计力学与动力学3：量子力学的相空间表象
http://bbs.keinsci.com/thread-23110-1-1.html
• 原生Windows平台vmd1.9.3 x64版本
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html
• 在centos 7.6下编译amber18 & AmberTools18 openmpi 1.8.8并行版全纪录
http://bbs.keinsci.com/thread-23143-1-1.html
• 使用UniMoVib进行GSVA广义子系统振动分析
http://bbs.keinsci.com/thread-23222-1-1.html
• 使用ElaStic和Quantum Espresso计算弹性常数与模量
http://bbs.keinsci.com/thread-23319-1-1.html
• 调用Multiwfn计算分子间电荷转移积分的程序[测试版]
http://bbs.keinsci.com/thread-23418-1-1.html
以下为2021年4月的内容
• 使用了Multiwfn发表的第6001~7000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/592
• 比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
//www.umsyar.com/593
• vasp结构优化力和能量收敛可视化脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-22334-1-1.html
• Gaussian对G4输出的bug的一种解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-22425-1-1.html
• pbsacct: 统计PBS排队系统中各用户使用情况
http://bbs.keinsci.com/thread-22590-1-1.html
• SBKJC的赝势及标配基组定义（源于GAMESS）
http://bbs.keinsci.com/thread-22649-1-1.html
• 批量得到多环的NICS
http://bbs.keinsci.com/thread-22624-1-1.html
• 使用自旋极化单重态波函数作为NEB的初猜
http://bbs.keinsci.com/thread-22704-1-1.html
• 记录一个集群的搭建过程
http://bbs.keinsci.com/thread-22808-1-1.html
• 使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式
http://bbs.keinsci.com/thread-22835-1-1.html
以下为2021年3月的内容
• 使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
//www.umsyar.com/591
• 计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
//www.umsyar.com/590
• 我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment
//www.umsyar.com/584
• 谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制（第7节新加入了对周期性多孔体系MOF的范德华势的绘制例子）
//www.umsyar.com/551
• 使用Shermo程序计算各种热力学数据的基本操作演示（视频）
https://www.bilibili.com/video/BV1EN411X7b3/
• Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样
http://bbs.keinsci.com/thread-21783-1-1.html
• 量子统计力学与动力学2：虚时间路径积分分子动力学
http://bbs.keinsci.com/thread-21859-1-1.html
• windows下materials studio批处理计算
http://bbs.keinsci.com/thread-21884-1-1.html
• Fortran书中关于复数的坑
http://bbs.keinsci.com/thread-21882-1-1.html
• 离线版REMD温度生成工具
http://bbs.keinsci.com/thread-21948-1-1.html
• 关于计算材料学的就业问题
http://bbs.keinsci.com/thread-22041-1-1.html
• 一个自动输出HOMO-LUMO分子轨道以及附近轨道的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-22067-1-1.html
• CentOS下GPU加速版QE的编译安装
http://bbs.keinsci.com/thread-22198-1-1.html
• linux安装lammps(intel_mpi)配合deepmd
http://bbs.keinsci.com/thread-22195-1-1.html
•《统计力学：理论化学用书》勘误表
http://bbs.keinsci.com/thread-22228-1-1.html
下为2021年2月的内容
• 使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图
//www.umsyar.com/589
• 使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
//www.umsyar.com/588
• 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
//www.umsyar.com/587
• CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
//www.umsyar.com/586
• 分享关于xTB效率和内存占用的小测试
http://bbs.keinsci.com/thread-21517-1-1.html
• 量子统计力学与动力学1：路径积分简介
http://bbs.keinsci.com/thread-21533-1-1.html
• 使用QE计算ELF和DORI
http://bbs.keinsci.com/thread-21546-1-1.html
• 某机构讲Gaussian的直播，不能直视
http://bbs.keinsci.com/thread-21551-1-1.html
下为2021年1月的内容
• 计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
//www.umsyar.com/585
• 用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心）
//www.umsyar.com/582
• 使用Gaussian做镧系金属配合物的 计算
//www.umsyar.com/581
• 高斯临时文件清理脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21176-1-1.html
• ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-21335-1-1.html
• 监督高斯结构优化进度的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21118-1-1.html
• Ubuntu系统及MD软件安装流程
http://bbs.keinsci.com/thread-21288-1-1.html
• ORCA中重收缩def2系列Gaussian格式的基组文件(H-Kr)
http://bbs.keinsci.com/thread-21352-1-1.html
• 固体和表面的非共价相互作用分析
http://bbs.keinsci.com/thread-21376-1-1.html
• slurm系统方便查看用户作业名字、路径、账号的一个wrapper
http://bbs.keinsci.com/thread-21401-1-1.html
文献推荐：
• 一篇通过X光衍射较准确地测定氢原子位置的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-21157-1-1.html
下为2020年12月的内容
• 揭示各种新奇的碳环体系的振动特征
//www.umsyar.com/578
• 基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
//www.umsyar.com/579
• 使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
//www.umsyar.com/576
• 简谈 计算中DFT泛函的选择（内容做了大幅修改和扩充）
//www.umsyar.com/272
• Task Timer for Gaussian16/ORCA jobs
http://bbs.keinsci.com/thread-20667-1-1.html
• 硬件知识小科普-聊聊skylake和他的小伙伴们
http://bbs.keinsci.com/thread-20886-1-1.html
• CentOS下安装PBS+maui教程
http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html
• 提取orca计算文件中SOC数据的python脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21005-1-1.html
• 写了一个class I 力场的data文件转itp文件的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21007-1-1.html
• obgmx离线程序及其安装使用简介
http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html
• Molpro可视化方案：mpout2gauout.sh脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21052-1-1.html
• 关于分子有假虚频时的热力学校正问题
http://bbs.keinsci.com/thread-20731-1-1.html
下为2020年11月的内容
• 谈谈不同 程序计算结果的差异问题
//www.umsyar.com/573
• A Python script for Multiwfn updates
http://bbs.keinsci.com/thread-20115-1-1.html
• 自动生成Gaussian输入文件的工具GJFenerator
http://bbs.keinsci.com/thread-20135-1-1.html
• （QE-Gaussian）文件类型转换脚本：pwin2gjf、pwout2gjf、gjf2pwin
http://bbs.keinsci.com/thread-20166-1-1.html
• 发表开源程序的不错期刊：Journal of Open Source Software (JOSS)
http://bbs.keinsci.com/thread-20156-1-1.html
• 那些工作站、服务器购买的事儿
http://bbs.keinsci.com/thread-20241-1-1.html
• SHM: Shermo Manager
http://bbs.keinsci.com/thread-20243-1-1.html
• xtb-python独立版编译指南及在ASE中调用实例
http://bbs.keinsci.com/thread-20435-1-1.html
• 可视化的最低能量路径绘制程序MEPplot测试版本发布
http://bbs.keinsci.com/thread-20528-1-1.html
• JCIM发了一篇反对现在算法研究不公开代码的风气的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-20290-1-1.html
• 一篇从能量角度衡量几何优化误差的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-20418-1-1.html
下为2020年10月的内容
• 全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
//www.umsyar.com/572
• 使用Multiwfn绘制NMR谱
//www.umsyar.com/565
• 使用了Multiwfn发表的第5001~6000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/574
• 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
• Multiwfn快乐更新小助手
http://bbs.keinsci.com/thread-20052-1-1.html
• mum: Multiwfn update manager
http://bbs.keinsci.com/thread-20070-1-1.html
• Updater for both Linux and Windows version of Multiwfn
http://bbs.keinsci.com/thread-20109-1-1.html
• 运算速度测试脚本xbench 1.0 以及一些g09/g16的测试
http://bbs.keinsci.com/thread-19215-1-1.html
• NUMA策略对Gaussian运算速度影响的小研究
http://bbs.keinsci.com/thread-19773-1-1.html
• 修改PySOC使其支持g16的方法（及脚本）
http://bbs.keinsci.com/thread-19813-1-1.html
• Rocks Cluster 7.0 Manzanita (CentOS 7.4)前端节点安装——神坑及处理全纪录
http://bbs.keinsci.com/thread-19823-1-1.html
• 编译Gromacs-Colvars进行自由能计算
http://bbs.keinsci.com/thread-19967-1-1.html
• 分享从OUTCAR查看原子受力的小脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-19985-1-1.html
• GROMACS产生的xpm快速绘制美观的图
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html
下为2020年9月的内容
• 一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
//www.umsyar.com/570
• 谈谈Gaussian产生downhill路径的功能
//www.umsyar.com/571
• 实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于 计算需要注意的问题
//www.umsyar.com/569
• 在VMD中显示Gaussian计算的原子受力
//www.umsyar.com/568
• 在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
//www.umsyar.com/567
• 使用Multiwfn绘制NMR谱
//www.umsyar.com/565
• G16 在 AMD 3990X 和 Intel 8175M 上的表现对比小测试
http://bbs.keinsci.com/thread-19256-1-1.html
• Windows版本vmd1.9.4 cuda x64测试版
http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html
• 批量提取柔性扫描的能量及结构
http://bbs.keinsci.com/thread-19493-1-1.html
• 外行人别轻易找 代算
http://bbs.keinsci.com/thread-19519-1-1.html
• centos 7/8 升级kernel，以及升级之后重装Nvidia驱动和cuda 11
http://bbs.keinsci.com/thread-19559-1-1.html
• 我用的集群以及经验分享
http://bbs.keinsci.com/thread-19636-1-1.html
文献推荐
• 证明B3LYP-D3(BJ)非常适合优化弱相互作用体系的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-19495-1-1.html
下为2020年8月的内容
• Multiwfn 3.7正式版隆重发布！
//www.umsyar.com/566
• 调用Multiwfn批量产生cube的脚本MCubeGen 1.0
http://bbs.keinsci.com/thread-18745-1-1.html
• 给sob老师的gau_orca添加额外的功能
http://bbs.keinsci.com/thread-18782-1-1.html
• 使用G16的external调用G16（无限套娃）
http://bbs.keinsci.com/thread-18901-1-1.html
• 使Gaussian在几何优化时包含Grimme's gCP
http://bbs.keinsci.com/thread-18940-1-1.html
• 完整版的Szabo Modern Quantum Chemistry习题解答
http://bbs.keinsci.com/thread-18981-1-1.html
• Gaussian-ORCA-xTB联用进行ONIOM计算
http://bbs.keinsci.com/thread-19003-1-1.html
• Gaussian做二聚体的刚性扫描辅助程序
http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html
• 使用MolAICal的深度学习模型和经典算法程序进行GCGR的从头药物设计
http://bbs.keinsci.com/thread-18873-1-1.html
• 使用MolAICal计算纳米管和蛋白质半径的教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18872-1-1.html
• 使用MolAICal计算分子合成可行性预测、类药五原则和PAINS的教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18904-1-1.html
• 使用PyInstaller打包深度学习模型“AIGenMols”的例子
http://bbs.keinsci.com/thread-18898-1-1.html
• 使用MolAICal进行药物的QSAR计算
http://bbs.keinsci.com/thread-18896-1-1.html
• 使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数
http://bbs.keinsci.com/thread-18916-1-1.html
• 使用MolAICal进行配体相似性比较或搜索的操作教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18917-1-1.html
• 计算小分子诱导蛋白构象变化的Potential of Mean Force（PMF）
http://bbs.keinsci.com/thread-18914-1-1.html
下为2020年7月的内容
• XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法
//www.umsyar.com/564
• Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法
//www.umsyar.com/562
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子（2020年公布）
//www.umsyar.com/560
• Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升！
//www.umsyar.com/563
• PES——基于MATLAB的势能面可视化程序
http://bbs.keinsci.com/thread-18290-1-1.html
• 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 1.1
http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html
• VMD加载xtb优化或动力学轨迹时读入/保留pdb信息的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-18519-1-1.html
• lammps建模方法，即生成data文件
http://bbs.keinsci.com/thread-18520-1-1.html
• 用Multiwfn分析跨桥/跨空间电荷转移(TB/TSCT)的思路和脚本:tstb
http://bbs.keinsci.com/thread-18597-1-1.html
• 分享课程论文：量子计算机上的
http://bbs.keinsci.com/thread-18661-1-1.html
下为2020年6月的内容
• 使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩
//www.umsyar.com/558
• 谈谈 研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
//www.umsyar.com/557
• 谈谈 研究中什么样的benchmark才有意义
//www.umsyar.com/554
• 通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
//www.umsyar.com/553
• 使用MULE在势能面/自由能面上寻找最低反应路径
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html
• 离线版本的Gaussian IOps Reference
http://bbs.keinsci.com/thread-17394-1-1.html
• 请教一下Multiwfn对药物分子设计有哪些帮助
http://bbs.keinsci.com/thread-18008-1-1.html
• xtb的windows版（Cygwin下编译的）
http://bbs.keinsci.com/thread-18116-1-1.html
下为2020年5月的内容
• 使用Shermo结合 程序方便地计算分子的各种热力学数据
//www.umsyar.com/552
• 谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
//www.umsyar.com/551
• 北京科音近日发表了范德华势分析的专题论文
http://bbs.keinsci.com/thread-17274-1-1.html
• 在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法
//www.umsyar.com/550
• NWChem的编译方法（新加入了7.0版的编译方法介绍）
//www.umsyar.com/270
• 提取xyz文件中片段坐标的py脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-17306-1-1.html
• 绘制范德华势论文中动力学模拟过程中原子位置叠加图的做法介绍
http://bbs.keinsci.com/thread-17446-1-1.html
• 廉价双路服务器XEON E5-2678 v3购买及装机经历分享
http://bbs.keinsci.com/thread-17478-1-1.html
• QE计算自旋极化和DFT+U体系时scf收敛经验
http://bbs.keinsci.com/thread-17526-1-1.html
• 统一解答关于2066/3647平台正式版/es/qs cpu稳定性的疑问
http://bbs.keinsci.com/thread-17558-1-1.html
• 关于Quantum ESPRESSO 6.5的GPU加速
http://bbs.keinsci.com/thread-17661-1-1.html
文献推荐：
• GFN-FF力场文章出来了
http://bbs.keinsci.com/thread-17302-1-1.html
• 北京科音在Carbon期刊上发表了两篇 研究18碳环体系的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-17456-1-1.html
下为2020年4月的内容
• 使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像
//www.umsyar.com/549
• 使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量
//www.umsyar.com/547
• 使用了Multiwfn发表的第4001~5000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/546
• VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
//www.umsyar.com/545
• GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
//www.umsyar.com/126
• 用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT（SODFT）计算
http://bbs.keinsci.com/thread-17030-1-1.html
• 3647平台高性价比型号近期价格参考
http://bbs.keinsci.com/thread-16861-1-1.html
• Windows和Android版的OpenMolcas
http://bbs.keinsci.com/thread-17085-1-1.html
• 在ASE中使用xtb的py脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-17104-1-1.html
• 拟合基频和ZPE校正因子、读取不同校正因子热力学数据的小程序
http://bbs.keinsci.com/thread-17219-1-1.html
• 提取gaussian输出坐标制作新输入文件的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-17232-1-1.html
下为2020年3月的内容
• 正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
//www.umsyar.com/543
• 机器学习实例介绍
http://bbs.keinsci.com/thread-16600-1-1.html
• 使用 程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
//www.umsyar.com/540
• 使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
//www.umsyar.com/535
• 使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
//www.umsyar.com/539
• 在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
//www.umsyar.com/542
• 使用Multiwfn计算各种与信息论相关的量（information-theoretic quantities）
//www.umsyar.com/537
• 基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合
//www.umsyar.com/541
• 无需导数的局部极小化算法NEWUOA在FORTRAN中的使用简例
//www.umsyar.com/536
• L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例
//www.umsyar.com/538
• 对ORCA用户大幅节约Multiwfn做分子表面静电势分析耗时的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-16499-1-1.html
• Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率测试
http://bbs.keinsci.com/thread-16567-1-1.html
• 将Gaussian格式自定义基组转化成ORCA格式的程序
http://bbs.keinsci.com/thread-16605-1-1.html
• LAMMPS_AMD/NVIDIA_GPU版本编译初探
http://bbs.keinsci.com/thread-16612-1-1.html
• 提取Gaussian柔性扫描每一步结构的小程序
http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html
文献推荐：
• JCIM上一篇通过分子表面静电势预测胺类的pKb的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-16482-1-1.html
下为2020年2月的内容
• 通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
//www.umsyar.com/533
• 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
• RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
//www.umsyar.com/531
• 谈谈VMD可视化程序的成键方式判断和设置问题
//www.umsyar.com/534
• 分块自定义着色/隐藏 (填色) 等值面 (RDG/ELF) 区块的工具
http://bbs.keinsci.com/thread-16243-1-1.html
• 批量转换 软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html
• 并行计算溶剂可及表面积(SASA)的VMD脚本sasa-dmp.tcl
http://bbs.keinsci.com/thread-16295-1-1.html
• 使用WSL(Windows subsystem for linux)在win10系统下用Linux版“搞死”做计算
http://bbs.keinsci.com/thread-16293-1-1.html
• Gaussian 16在虚拟机和WSL中的相对效率
http://bbs.keinsci.com/thread-16405-1-1.html
• Gaussian调用CFour、MRCC的接口
http://bbs.keinsci.com/thread-16375-1-1.html
• vasp.6.1.0 更新介绍/安装/测试
http://bbs.keinsci.com/thread-16191-1-1.html
• 聊聊如何让让VMD的提示更人性化（气人），顺带提几句VMD的源码编译
http://bbs.keinsci.com/thread-16395-1-1.html
• 大幅重写了下文，使用法更为灵活，并且加入了对原子数不同的两个体系做叠合并计算RMSD的说明
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
//www.umsyar.com/290
下为2020年1月的内容：
• 使用Multiwfn便利地查看所有激发态中的主要轨道跃迁贡献
//www.umsyar.com/529
• 一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
//www.umsyar.com/530
• 将当前目录下所有gbw转化为同名fch文件的bash脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-16133-1-1.html
• 视频演示：使用Multiwfn和VMD绘制原子盆（AIM盆）
https://www.bilibili.com/video/av85202089
• 视频演示：使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420
• 批量转化二维分子结构到量化输入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-16125-1-1.html
• 无需超级用户授权, 以普通用户源码编译安装 gcc
http://bbs.keinsci.com/thread-16090-1-1.html
下为2019年12月的内容：
• 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
//www.umsyar.com/526
• 通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度
//www.umsyar.com/525
• 一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
//www.umsyar.com/524
• 将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法
//www.umsyar.com/523
• 用PyMOL渲染HSV混色模式的RDG填色等值面图
http://bbs.keinsci.com/thread-15756-1-1.html
下为2019年11月的内容：
• 分享molclus配套PBS作业提交脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html
• 计算分子内氢键键能的几种方法
//www.umsyar.com/522
• Multiwfn的SOS功能现已可以对动态超极化率beta(w1,w2)的频率做二维扫描
http://bbs.keinsci.com/thread-15455-1-1.html
• 批量输出分子的HOMO-LUMO信息到txt并汇总
http://bbs.keinsci.com/thread-15436-1-1.html
• XCrySDen-1.6.2安装
http://bbs.keinsci.com/thread-15387-1-1.html
• 基于xtb的amberQM/MM模拟
http://bbs.keinsci.com/thread-15304-1-1.html
• 如何把cartesian下的gradient&hessian转换成基于internal coordinates的？
http://bbs.keinsci.com/thread-15231-1-1.html
• CentOS升级导致的xmgrace故障及解决方法
http://bbs.keinsci.com/thread-15287-1-1.html
• 成键轨道/反键轨道/非键轨道的判断问题求助
http://bbs.keinsci.com/thread-15320-1-1.html
• Cfour做结构优化的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-15374-1-1.html
• VMware 15 + CentOS 7.7/8.0在主机和客户机之间拷贝文件失败的解决办法
http://bbs.keinsci.com/thread-15409-1-1.html
• 将Gaussian的ONIOM产生的fch文件给Multiwfn做波函数分析要注意的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-15419-1-1.html
• 市面上部分至强可扩展处理器规格/性能/价格参考
http://bbs.keinsci.com/thread-15427-1-1.html
• wB97XD算NICS报错No C6 coefficient available for IA= 0的解决方法
http://bbs.keinsci.com/thread-15540-1-1.html
• 文献推荐/讨论
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html
下为2019年10月的内容：
• 使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性
//www.umsyar.com/519
• 谈谈如何衡量分子的极性
//www.umsyar.com/518
• 将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法
//www.umsyar.com/517
• 视频演示：使用Multiwfn方便快速地批量绘制轨道图形
https://www.bilibili.com/video/av69765564/
• 视频演示：使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024
• 求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html
• 计算模拟轨迹中蛋白质各残基RMSF的VMD脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-14827-1-1.html
• 关于扭曲弯曲共轭骨架的建模
http://bbs.keinsci.com/thread-12186-1-1.html
• Gaussian里用Stuttgart赝势计算118号元素一例
http://bbs.keinsci.com/thread-14934-1-2.html
• AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html
• 文献推荐/讨论
一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1
http://bbs.keinsci.com/thread-14889-1-1.html
下为2019年9月的内容：
• 绘制透明背景的Multiwfn的Logo的过程演示
https://www.bilibili.com/video/av68434652/
• 谈谈18碳环的几何结构和电子结构
//www.umsyar.com/515
• 使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图（含视频演示）
//www.umsyar.com/514
• 透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
//www.umsyar.com/513
• 使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析
//www.umsyar.com/512
• 利用photoshop计算晶体表面孔洞面积
//www.umsyar.com/510
• 谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求
//www.umsyar.com/511
• 最简单的VASP5.4.1安装步骤（Ubuntu系统）
http://bbs.keinsci.com/thread-14470-1-1.html
• 用Avogadro软件生成CP2K输入文件的具体步骤
http://bbs.keinsci.com/thread-14547-1-1.html
• GROMACS2020预览版出了
http://bbs.keinsci.com/thread-14762-1-1.html
• 关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异
//www.umsyar.com/516
下为2019年8月的内容：
• 给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素）
//www.umsyar.com/509
• 让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法
//www.umsyar.com/507
• 谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
//www.umsyar.com/506
• 谈谈我对计算化学代算的看法
//www.umsyar.com/505
• VMD里原子选择语句的语法和例子
//www.umsyar.com/504
• 使用Multiwfn计算分子的动力学直径
//www.umsyar.com/503
• 使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献
//www.umsyar.com/502
• 使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长/键级随键序号的变化
//www.umsyar.com/501
• 使用了Multiwfn发表的第3001~4000篇文章打包下载
//www.umsyar.com/500
• 使用Multiwfn计算与超瑞利散射(HRS)实验相关的量
//www.umsyar.com/499
• 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算（新给此文增加了第四节，是具体计算例子）
//www.umsyar.com/327
• GROMACS并行效率测试及调试思路和脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html
• 分解合并Molclus任务的小脚本splitMC
http://bbs.keinsci.com/thread-14361-1-1.html
• Gaussian有个坑爹的选项UnConAO
http://bbs.keinsci.com/thread-14099-1-1.html
• 求助，高中生能理解的计算化学应用实例
http://bbs.keinsci.com/thread-14105-1-1.html
• VMD+POV-RAY实现背景透明输出
http://bbs.keinsci.com/thread-14115-1-1.html
• 在OSX10.14.5下编译安装G16
http://bbs.keinsci.com/thread-14154-1-1.html
• ORCA 4.2.0 Released！（14L有Sob的评论）
http://bbs.keinsci.com/thread-14174-1-1.html
• Foldit standalone: 强大的交互式蛋白设计窗口
http://bbs.keinsci.com/thread-14175-1-1.html
• ORCA QMMM 测试
http://bbs.keinsci.com/thread-14249-1-1.html
• 小型集群中给所有用户安装公用G09过程
http://bbs.keinsci.com/thread-14301-1-1.html
• 用python实现SMILES字符串的输出
http://bbs.keinsci.com/thread-14339-1-1.html
• 一些ONIOM(QM:MM)算蛋白质-配体复合物的例子
http://bbs.keinsci.com/thread-14366-1-1.html
文献推荐/讨论
• Density functional theory error discovered
http://bbs.keinsci.com/thread-14122-1-1.html
• Reject Nature
http://bbs.keinsci.com/thread-14100-1-1.html
下为2019年7月的内容：
• 视频演示：基于ORCA 程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
• OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
//www.umsyar.com/498
• Gaussian 16 C.01已发布
http://bbs.keinsci.com/thread-14038-1-1.html
• VMD快速地绘制多个大分子静电势的又一流程
http://bbs.keinsci.com/thread-13908-1-1.html
• Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html
• 用Multiwfn和Surfer联用，画一张好看的Contour图
http://bbs.keinsci.com/thread-13838-1-1.html
• 推荐一个网站，输入波长就能找到红外振动对应的基团
http://bbs.keinsci.com/thread-13726-1-1.html
文献推荐
• GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html
• 确定包合物的内嵌片段电荷的模型
http://bbs.keinsci.com/thread-13705-1-1.html
下为2019年6月的内容：
• “Multiwfn与波函数分析简介”幻灯片2019版
http://bbs.keinsci.com/thread-13731-1-1.html
• 详谈Multiwfn产生ORCA 程序的输入文件的功能（建议所有ORCA用户一读！）
//www.umsyar.com/490
• 考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用（含24分钟演示视频）
//www.umsyar.com/491
• 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子（2019年6月公布）
//www.umsyar.com/492
• 绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法
//www.umsyar.com/493
• 谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
//www.umsyar.com/488
• 对AICD包进行修改以使之适用于Gaussian 16
http://bbs.keinsci.com/thread-13577-1-1.html
• Gaussian16里用PBE0关键词计算的实际上是PBE0-DH双杂化泛函
http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html
下为2019年5月的内容：
• Multiwfn 3.6正式版隆重发布！
//www.umsyar.com/486
• 使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积
//www.umsyar.com/487
• 在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
//www.umsyar.com/483
• 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
//www.umsyar.com/484
• Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn
//www.umsyar.com/485
• 使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
//www.umsyar.com/482
• 巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
//www.umsyar.com/481
• Multiwfn已经可以产生ORCA中最常用计算级别的输入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-13109-1-1.html
• Multiwfn已支持计算任意轨道的pi成份
http://bbs.keinsci.com/thread-13110-1-1.html
• 快速绘制高清LOL-pi等值面图
http://bbs.keinsci.com/thread-13306-1-1.html
• 快速修复PDB中的loop结构的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13176-1-1.html
• 自洽计算的K点选取 和 KPOINTS 文件生成方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13066-1-1.html
• 解决VASP计算SCF/几何优化/过渡态不收敛的方法总结
http://bbs.keinsci.com/thread-13065-1-1.html
• 第一性原理计算学习资料链接大全
http://bbs.keinsci.com/thread-13071-1-1.html
• VASP计算过渡态常见问题总结
http://bbs.keinsci.com/thread-13064-1-1.html
• VASP固定基矢优化结构方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13114-1-1.html
• LookForMECP: 一个验证极小势能面交叉点（MECP）充分条件的工具
http://bbs.keinsci.com/thread-13388-1-1.html
文献推荐：
• 讨论轨道本质、电离过程观测到的轨道的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-13243-1-1.html
• 一篇全面测试Autodock、Vina和其它对接程度精度的文章(JCIM,2018)
http://bbs.keinsci.com/thread-13283-1-1.html
下为2019年4月的内容：
• 详谈使用Gaussian做势能面扫描（三万字）
//www.umsyar.com/474
• 使用Multiwfn一键批量产生各类光谱图（含演示视频）
//www.umsyar.com/479
• 使用Multiwfn绘制光电子谱
//www.umsyar.com/478
• 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
//www.umsyar.com/476
• 谈谈记录化学体系结构的xyz文件
//www.umsyar.com/477
• CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享
http://bbs.keinsci.com/thread-12687-1-1.html
• 不要盲目迷信发过高分文章的所谓“高手”
http://bbs.keinsci.com/thread-12725-1-1.html
• 坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
• 分享两个方便使用cfour和mrcc的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-12742-1-1.html
• Multiwfn现已支持直接载入Gaussian的.chk文件
http://bbs.keinsci.com/thread-12912-1-1.html
文献推荐：
• 物理化学学报刊发的一篇刘忠范院士访谈
http://bbs.keinsci.com/thread-12746-1-1.html
下为2019年3月的内容：
• Multiwfn支持的分析化学键的方法一览（对化学键的研究手段有全面汇总， 研究者必读！）
//www.umsyar.com/471
• 谈谈势能面交叉对激发态优化的影响
//www.umsyar.com/468
• 考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法
//www.umsyar.com/469
• 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
//www.umsyar.com/473
• 将多帧xyz文件转化成 输入文件的工具：xyz2QC
http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html
• xtb中的GFN-xTB 1代在算原子团簇时依然有意义
http://bbs.keinsci.com/thread-12509-1-1.html
• 推荐通过Visualping自动接收Multiwfn的更新提醒
http://bbs.keinsci.com/thread-12556-1-1.html
• 用VMD的环境光遮蔽(AO)技术渲染电影级分子轨道和视频
http://bbs.keinsci.com/thread-12382-1-1.html
• 新版化学元素周期表（中文、英文）可免费下载使用
http://bbs.keinsci.com/thread-12344-1-1.html
• 基于VASP的SSAdNDP编译和简单测试
http://bbs.keinsci.com/thread-12385-1-1.html
• 显卡算力和跑动力学速度关系的小研究
http://bbs.keinsci.com/thread-12409-1-1.html
• 分子模拟榨干GPU性能的参数建议
http://bbs.keinsci.com/thread-12448-1-1.html
• 使用VMD搭建无定型SiO2多孔介质
http://bbs.keinsci.com/thread-12510-1-1.html
• 使用xTB产生结构初猜帮助解决Gaussian结构优化SCF不收敛
http://bbs.keinsci.com/thread-12578-1-1.html
下为2019年2月的内容：
• 使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度
//www.umsyar.com/461
• 使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
//www.umsyar.com/462
• 程序Dalton的编译方法和运行方式简介
//www.umsyar.com/463
• DFT-D4色散校正的简介与使用
//www.umsyar.com/464
• 简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
//www.umsyar.com/460
• 简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序：simpIOp940
http://bbs.keinsci.com/thread-12188-1-1.html
• RHF方法编程笔记_完整代码
http://bbs.keinsci.com/thread-12101-1-1.html
• Periodic NBO程序测试（基于Crystal）
http://bbs.keinsci.com/thread-12111-1-1.html
• 基于VASP的Periodic NBO编译和简单测试
http://bbs.keinsci.com/thread-12125-1-1.html
• MP2闭壳层一阶导数公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12197-1-1.html
• CIS闭壳层一阶导数公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12273-1-1.html
文献推荐：
• Grimme的GFN2-xTB正式版文章出来了
http://bbs.keinsci.com/thread-12132-1-1.html
• 通过第一性原理计算设计能源材料界面
http://bbs.keinsci.com/thread-12250-1-1.html
下为2019年1月的内容：
• 在Linux系统下安装Multiwfn 3.6的演示（CentOS 7.6）
https://www.bilibili.com/video/av41402462/
• Multiwfn 3.6 Windows版在VS2017+ifort 2019下的编译过程演示
https://www.bilibili.com/video/av41401928/
• 在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html
• VASP最简单的安装方法（含全程视频演示）
//www.umsyar.com/455
• GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
//www.umsyar.com/457
• GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法
//www.umsyar.com/458
• GROMACS 2019已发布
http://bbs.keinsci.com/thread-11815-1-1.html
• 用VMD的TCL脚本把Multiwfn的结果标记到原子上的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11837-1-1.html
• GROMACS 2018.4的mdp文档pdf版
http://bbs.keinsci.com/thread-11857-1-1.html
• 发一个利用orca扫描得到的gbw文件和multiwfn批量计算输出分子体积的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-12066-1-1.html
文献推荐：
• 整合了几个大型 测试数据库的数据库：ACCDB
http://bbs.keinsci.com/thread-11809-1-1.html
• —同时带给我们定性的认识和定量的数据
http://bbs.keinsci.com/thread-12084-1-1.html
下为2018年12月的内容：
• Multiwfn FAQ
//www.umsyar.com/452
• 用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
//www.umsyar.com/449
• 使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画（视频演示）
//www.umsyar.com/453
• orca 4.1发布了（重点看5L的关于新功能的评论）
http://bbs.keinsci.com/thread-11625-1-1.html
• 程序ORCA的安装方法
//www.umsyar.com/451
• 双路platinum 8163+超微X11DAI-N主板配不同内存计算速度对比
http://bbs.keinsci.com/thread-11644-1-1.html
• Relationship between chemical shift and atomic charge
http://bbs.keinsci.com/thread-11708-1-1.html
• seek-path：免费生成高对称点的软件
http://bbs.keinsci.com/thread-11558-1-1.html
• MOLCAS XMS-CASPT2测试
http://bbs.keinsci.com/thread-11795-1-1.html
• 旧版xTB程序过期后继续使用的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11796-1-1.html
下为2018年11月的内容：
• Multiwfn支持的电子激发分析方法一览
//www.umsyar.com/437
• 使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征（含视频）
//www.umsyar.com/436
• 用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
//www.umsyar.com/448
• 视频：使用Multiwfn结合VMD绘制Hirshfeld surface图分析分子晶体中的弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av35738671/
• 视频：基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
• 利用Gaussian结合自写程序计算分子间电荷转移积分
http://bbs.keinsci.com/thread-11369-1-1.html
• [造轮子]写了一个简单的模块管理系统
http://bbs.keinsci.com/thread-11379-1-1.html
• 使用origin+PS轻松绘制彩虹色线性填充光谱图
http://bbs.keinsci.com/thread-11514-1-1.html
• 单机安装vasp5.4.4，系统SUSE 12 SP3，编译器Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux
http://bbs.keinsci.com/thread-11532-1-1.html
下为2018年10月的内容：
• 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频）
//www.umsyar.com/447
• 使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频）
//www.umsyar.com/445
•
//www.umsyar.com/444
• 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）
//www.umsyar.com/443
• 使用了Multiwfn发表的第2002~3000篇文章打包下载
http://bbs.keinsci.com/thread-11023-1-1.html
• Multiwfn程序名读法的统一说明
http://bbs.keinsci.com/thread-11011-1-1.html
• Multiwfn绘制平面图的功能已经支持对绘制内容平移和旋转
http://bbs.keinsci.com/thread-11037-1-1.html
• 在UHF级别估算U-J参数的AIDFT+U
http://bbs.keinsci.com/thread-11240-1-1.html
文献推荐
• GFN2-xTB的手稿发布了（http://bbs.keinsci.com/thread-11204-1-1.html）
• Nature Materials上一篇关于氧化态概念讨论的论文（http://bbs.keinsci.com/thread-11027-1-1.html）
• Modeling of Organic Light Emitting Diodes: From Molecular to Device Properties（http://bbs.keinsci.com/thread-11113-1-1.html）
下为2018年9月的内容：
• 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
//www.umsyar.com/442
• RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
//www.umsyar.com/441
• 基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
//www.umsyar.com/440
• Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
//www.umsyar.com/439
• NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算
http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html
• 最新版NAMD的编译安装
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html
• 在VMD中以PyMOL rainbow着色风格绘制蛋白质结构
http://bbs.keinsci.com/thread-10836-1-1.html
• 高斯与VASP有哪些区别和联系？
http://bbs.keinsci.com/thread-10958-1-1.html
文献推荐
• Donald Truhlar的revM06（http://bbs.keinsci.com/thread-10931-1-1.html）
• Theory and Calculation of the Phosphorescence Phenomenon（http://bbs.keinsci.com/thread-10884-1-1.html）
• A Bayesian Approach to Predict Solubility Parameters（http://bbs.keinsci.com/thread-10871-1-1.html）
• Stefan Grimme 今年发表的研究离子液体的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-10828-1-1.html）
下为2018年8月的内容：
• 使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
//www.umsyar.com/434
• 在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量
//www.umsyar.com/433
• 在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
//www.umsyar.com/432
• 通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
//www.umsyar.com/431
• 批量处理生成填色图的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-10582-1-1.html
• 半经典分子动力学程序PROGDYN使用教程
http://bbs.keinsci.com/thread-10656-1-1.html
• Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降！
http://bbs.keinsci.com/thread-10682-1-1.html
• 使用Multiwfn结合VMD批量绘制轨道
http://bbs.keinsci.com/thread-10686-1-1.html
文献推荐
• 中国科学家首次精确合成共轭莫比乌斯索烃
http://bbs.keinsci.com/thread-10615-1-1.html
• 一篇JPCL计算边缘醚基使得石墨烯片段激子局域化的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-10662-1-1.html
• 使用信息泛函理论计算电子相关能
http://bbs.keinsci.com/thread-10632-1-1.html
下为2018年7月的内容：
• 使用Multiwfn计算激发态之间的密度差//www.umsyar.com/429
• PySCF测评http://bbs.keinsci.com/thread-10566-1-1.html
• DIRAC17在centos7上的安装（intel15 and openmpi2.02）http://bbs.keinsci.com/thread-10514-1-1.html
• G16电子版手册http://bbs.keinsci.com/thread-10496-1-1.html
• 使用VMD结合freeSASA计算分子的溶剂可及表面区域(SASA)http://bbs.keinsci.com/thread-10454-1-1.html
• RHF方法编程笔记-4(完) 一些简单物理量的计算http://bbs.keinsci.com/thread-10445-1-1.html
• RHF方法编程笔记-3 （SCF计算的实现）http://bbs.keinsci.com/thread-10427-1-1.html
• 安利ChemRxivhttp://bbs.keinsci.com/thread-10495-1-1.html
下为2018年6月的内容：
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子（2018年公布）
//www.umsyar.com/427
RHF方法编程笔记-2（势能积分与双电子积分的计算）
http://bbs.keinsci.com/thread-10368-1-1.html
RHF方法编程笔记-1（附带参考代码）
http://bbs.keinsci.com/thread-10317-1-1.html
高通计算筛选辅助软件PyMSATm（结合MuSiC程序用于筛选吸附剂对吸附质的微观现象）
http://bbs.keinsci.com/thread-10303-1-1.html
双路2686v4+1080Ti计算节点的装机和简单评测
http://bbs.keinsci.com/thread-10256-1-1.html
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
//www.umsyar.com/426
使用NewtonX和Gaussian16模拟荧光光谱
http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1-1.html
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
//www.umsyar.com/425
谈谈温度、压力、同位素设定对 计算结果产生的影响
http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
Ubuntu 18.04 单机安装torque
http://bbs.keinsci.com/thread-10134-1-1.html
下为2018年5月的内容：
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
//www.umsyar.com/422
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
//www.umsyar.com/421
2018年度计算化学公社杯最常用的 程序和DFT泛函投票结果统计
//www.umsyar.com/420
研究中切换泛函应当注意的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
//www.umsyar.com/418
高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法
//www.umsyar.com/419
Intel Gold 6149 test
http://bbs.keinsci.com/thread-10058-1-1.html
一种新的绘制静电势分布图的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-10070-1-1.html
Theoretical research of multipolymers with hydrogen bonds
//www.umsyar.com/wfnbbs/viewtopic.php?id=53
C6H6 and B3N3H6 Aromatic Rings with doping alkali metal atom
//www.umsyar.com/wfnbbs/viewtopic.php?id=51
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