//www.umsyar.com/category/Other 其它 //www.umsyar.com/721 2024-07-05T17:32:14+08:00 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2023年影响因子（2024年公布） 文/Sobereva @北京科音  2024-Jul-5 不得转载 1 前言 此文对非常适合理论、计算化学投稿的期刊（也有少部分仅限于约稿），以及化学相关的综合向以及面向不同子领域的重点期刊进行罗列，共约300种期刊，并附上2024年6月公布的2023年影响因子(IF)及中科院分区。本文对于读者了解有哪些期刊值得投稿和平时关注有明显意义。这是第15次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 本文的期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字母缩写或者全名，之后是ISSN号（若只有网络版则是EISSN号）。斜杠前是2023年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子。有些新刊尚无影响因子数据），斜杠后是撰写此文时的最新的中科院大类分区（2023年12月公布），今年刚有IF的期刊目前没有分区信息。 附IF计算公式：2017年某期刊的影响因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次数）/（2015+2016年此期刊的文章数） 本文涉及的刊物主要分这么几类： 1 主要理论、计算类刊物 2 综合 3 中国的期刊 4 无机、有机、化学信息学及其它 5 偏材料 6 偏物理 7 偏生物 第一类是最适合理论、计算类文章投的。根据文章具体的研究方向，也可选择投其它几类中的刊物。 本文中给出的期刊列表一般是按照IF来排序的，有IF的都是SCI期刊。国内核心非SCI期刊没有IF，这些期刊的影响因子的获取方式为：进入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取综合影响因子。本文里期刊普遍用缩写，如果想得到全称，去https://www.ablesci.com/journal把缩写或ISSN输进去就可以查到。 像往年本系列文章一样，我再次强调，IF这东西只是个翔，它的存在给科学发展带来的坏处绝对大于好处。要看重文章自身的价值，垃圾文章侥幸发到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章发到低IF期刊上依然是好文章，会被广为引用。本文中说的期刊档次/质量仅是指的平均文章档次/质量。而如今国内大学和研究机构评判科研业绩所广为采用的中科院分区更是极度荒诞的，其存在的弊远远大于利。 2 今年形势简评 今年不管是哪个方向的期刊，跌的都明显比涨的多。能不跌就等效于轻微上涨了。 这是和理论、计算化学关系最密切的一些期刊的IF的变化情况： 大涨：WCMS、CHEM PHYS IMPACT 小涨：JCC、CTC、ELECT STRUCT、STRUCT CHEM、J STRUCT CHEM+ 基本没变：JCIM、JCTC、JPCA、JMGM、CPL、IJQC、JMM、J COMPUT BIOPHYS CHEM、MOL SIMULAT、JPOC、THEOR CHEM ACC、MOL PHYS 小跌：JPCB、JPCC、PCCP、ATS、CHEM PHYS 大跌：JPCL、JCP、CPC 计算化学综述期刊WCMS从11.4猛升到16.8，这令我有点意外，近些年WCMS上的文章的平均水准也就那么回事。JCP从4.4跌倒3.1，跌幅惊人，特别是对于JCP这样刊登文章量非常大的期刊来说。原因一部分可能是2020、2021年那会儿集中刊登的计算化学程序原文对IF的贡献已过，因此又打回原形了。JPCL继续下跌，从5.7跌到4.8，如今比JCTC和JCIM都低不少了。本身从现在JPCL上文章的题材和整体水准来看也不像是IF能很高的情况。PCCP挺惨，居然跌破3了，显得比之前低了一个level，虽然学术口碑还在。CPC从原来的3左右跌到2.3真是巨惨，也显得变低了一个level。CPC上的文章整体水准还是挺不错的，和JPCA半斤八两，这个IF实在容易让人低估CPC的档次。在很多老牌计算化学相关期刊IF都下跌的大环境下，JCC能从3升到3.4，十分难得，现在反超了PCCP和JCP。CTC的IF居然进一步上升，到了3，这个给人传统印象是三线的期刊如今能超过PCCP是挺难以置信的事，也进一步说明现在的IF越来越不能反映期刊整体水准和真实的业界认可度了。ELECT STRUCT小升到2.9，看来这个新刊的地位已经比较稳固了。Chemical Physics衍生出的开放访问的Chemical Physics Impact竟然从2.2升到3.8，很离谱，达到了Chemical Physics的近两倍，不知道怎么运作的。本来这个期刊很大程度上是Chemical Physics拒稿的回收站。开放访问的吸金期刊ACS Physical Chemistry Au第一次有了IF，3.7，一般般，才和回收站ACS Omega正好一样。 化学综合方面： NATURE、SCIENCE、CHEM REV都大跌超过10。CHEM SOC REV也跌不少，而NAT REV CHEM微涨，二者IF相仿佛了。ACS CENTRAL SCI巨降，从JACS明显上头跌到明显下头了。JACS Au现在还是和JACS差得很远。跌幅最狠的是SCI DATA从9.8降到5.8，估计是什么极高被引的数据集文章对IF的贡献过期了。Frontiers in Chemistry从5.5大降到3.8。CHEM COMMUN继续降，只有4.3了，当年六点几的时代已经回不去了，而且比后起之秀的开放访问的COMMUN CHEM还落后了。Scientific Reports已降到3.8，ACS OMEGA跌到3.7，RSC Advances 3.9未变，这三个大容量开放访问期刊的IF现在惊人地接近。SPECTROCHIM ACTA A只小降0.1到4.3，在大环境都在跌的时代能保住这个IF难得了。口碑一直挺好的CHEM-EUR J小跌到3.9，终于到了4以下，可惜了。而其姊妹刊CHEM-ASIAN J跌到3.5，继续保持着和它的差距。Chemistry-Methods首次有了IF，6.1，很不错，我的IRI原文（Chemistry—Methods, 1, 231 (2021)）给此刊贡献了不少引用，是此刊目前发表的文章里引用第一名。值得一提的是，一些大出版社的创刊不久的开放访问的期刊现在也纷纷成了SCI，如mdpi的Computation和Chemistry，Elsevier的Results in Chemistry、Springer的SN Applied Sciences。另外伊朗化学会的Physical Chemistry Research和Sami Publishing Company的Chemical Methodologies也都成了SCI。 中国期刊方面： 《中国科学:化学（英文版）》小升而CCS Chem小降，前者超过了后者。《结构化学》竟然从2.2猛升到5.7，涨了一倍多，很离谱，莫非也要走《物理化学学报》巨幅提升IF的道路？《物理化学学报》基本没变，今年10.8，能守住10以上不容易。《化学学报》从2.5跌到了1.7，这是为数不多的只接受中文文章的化学期刊，在此呼吁中国研究者们多多支持。《高等学校化学学报》跌到只有0.7了，没能像许多其它中国创办的化学期刊那样从当年的1左右开始在近年来逐渐攀升。 无机、有机、化学信息学及其它： INORG CHEM FRONT跌到6.1。J MOL LIQ跌到5.3。J MOL STRUCT居然小升到4了，此刊上很多文章巨水，JMS给我送审的有的纯计算的文章写得特别业余，我觉得发JMM都悬，现在IF却能升到4，又是个典型的IF不能反映期刊实际水准的例子。小涨的INORG CHEM COMMUN已超过小跌的INORG CHEM。J ORG CHEM连年下降，继续跌，只有3.3了，惨。不错的ORGANOMETALLICS现在跌到只有2.5了，这世道...知名的ACTA CRYSTALLOGR B居然跌到只剩1.3，太惨了。 材料方面：IF升的寥寥无几，而且都只是小涨，90%以上都下跌，而且有一大批都跌得很整齐，跌幅都在0.7-1左右。新刊ACS Materials Au现在有了IF，5.7，中规中矩。 生物方面：同样几乎都在跌，而NUCLEIC ACIDS RES却涨了1.7，难得。 3 期刊列表 (1) 主要理论、计算类刊物 WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 16.8/2 J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 5.7/1 J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 5.6/2 J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 4.8/2 J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 3.3/3 J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 2.8/2 J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.7/2 Chemical Physics Impact 2667-0224 3.8/无分区 2020创刊，免费阅览，发表收费 ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 3.7 2021创刊，免费阅览，发表收费 J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.4/3 J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 3.1/2 COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 3/3 PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 2.9/3 ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 2.9/4 Electronic Structure 2516-1075 2.9/无分区 2019创刊 CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.8/3 J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.7/4 CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 2.3/3 INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.3/3 J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.1/4 STRUCT CHEM 1040-0400 2.1/4 CHEM PHYS 0301-0104 2/3 J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 2/4 MOL SIMULAT 0892-7022 1.9/4 J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 1.9/4 THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.6/4 MOL PHYS 0026-8976 1.6/4 J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.2/4 ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 ?/无分区     以下期刊非SCI Computational Chemistry 2332-5968 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cc/ International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013创刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/ SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015创刊。免费阅览，发表收费（网站自称IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33 Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017创刊。免费阅览 https://www.livecomsjournal.org/ Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017创刊。免费阅览，免费发表（黑白图片时） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc Journal of Molecular Physics 2017创刊。免费阅览 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics Chemical Physics Reviews 2688-4070 2021创刊。AIP创办 Journal of Physical Chemistry & Biophysics 2161-0398 2011创刊。免费阅览，免费发表 https://www.longdom.org/physical-chemistry-biophysics.html (2) 综合 CHEM REV 0009-2665 51.4/1 NATURE 0028-0836 50.5/1 SCIENCE 0036-8075 44.7/1 CHEM SOC REV 0306-0012 40.4/1 NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 38.1/1 Nature Chemistry 1755-4330 19.2/1 CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 19.1/1 ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 16.4/1 NATL SCI REV (National Science Review) 2095-5138 16.3/1 ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.1/1 NAT COMMUN 2041-1723 14.7/1 免费阅览，发表收费 J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 14.4/1 ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 14.3/1 免费阅览，发表收费 Trends in Chemistry 2589-5974 14/2 2019创刊 Cell出版社 ACS CENTRAL SCI 2374-7943 12.7/1 免费阅览，免费发表 ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 11.7/1 SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 11.7/1 免费阅览，发表收费 P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 9.4/1 发表收费 JACS Au 2691-3704 8.5/无分区 2020创刊，免费阅览，发表收费 Research 2639-5274 8.5/1 Cell Rep. Phys. Sci. 2666-3864 7.9/2 免费阅览，发表收费 CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 7.6/1 免费阅览，免费发表 Chemistry-Methods 2628-9725 6.1/无分区 2020创刊，Wiley旗下。免费阅览，发表收费 COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 5.9/2 2018创刊 Nature出版社。免费阅览，发表收费 SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 5.8/2 免费阅览，发表收费 Arabian J. Chem. 1878-5352 5.3/2 INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 4.9/2 免费阅览，发表收费 iScience 2589-0042 4.6/2 Cell旗下，2018创刊。免费阅览，发表收费 CHEM COMMUN 1359-7345 4.3/2 BMC Chemistry 2661-801X 4.3/2 免费阅览，发表收费 SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.3/2 Molecules 1420-3049 4.2/2 免费阅览，发表收费 Dyes and Pigments 0143-7208 4.1/3 CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 3.9/2 RSC Advances 2046-2069 3.9/3 免费阅览，发表收费 SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 3.8/2 免费阅览，发表收费 Frontiers in Chemistry 2296-2646 3.8/3 有理论化学版块。免费阅览，发表收费 ACS OMEGA 2470-1343 3.7/3 免费阅览，发表收费 CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 3.5/3 Chemical Methodologies 2645-7776 3.5/无分区 2017创刊。免费阅览，发表收费。http://www.chemmethod.com Heliyon 2405-8440 3.4/3 免费阅览，发表收费。全学科 FARADAY DISCUSS 1364-5498 3.3/3 J COMPUT SCI 1877-7503 3.1/3 Royal Society Open Science 2054-5703 2.9/3 2014创刊。免费阅览，发表收费 SN Applied Sciences 2523-3963 2.8/无分区 2019创刊，Springer旗下。免费阅览，发表收费 NEW J CHEM 1144-0546 2.7/3 INT REV PHYS CHEM 0144-235X 2.5/2 ChemistryOPEN 2191-1363 2.5/4 免费阅览，发表收费 Results in Chemistry 2211-7156 2.5/无分区 2019创刊，Elsevier旗下。免费阅览，发表收费 SoftwareX 2352-7110 2.4/4 免费阅览，发表收费，专门发表免费程序的介绍文章 Chemistry 2624-8549 2.4/无分区 2019创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 https://www.mdpi.com/journal/chemistry ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 0021-2148 2.3/4 B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 2.3/4 J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.2/4 J COMPUT ELECTRON 1569-8025 2.2/4 OPEN CHEM 2391-5420 2.1/4 免费阅览，发表收费 CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.1/4 ChemistrySelect 2365-6549 1.9/4 Computation 2079-3197 1.9/无分区 MDPI旗下。免费阅览，发表收费 https://www.mdpi.com/journal/computation J CHEM SCI 0974-3626 1.7/4 Physical Chemistry Research 2322-5521 1.4/无分区 伊朗化学会创办，2013创刊。免费阅览。http://www.physchemres.org CAN J CHEM 0008-4042 1.1/4 AUST J CHEM 0004-9425 1/4 RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.7/4 CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.7/4 INDIAN J CHEM 0019-5103 0.4/无分区   以下期刊非SCI Nature Computational Science 2662-8457 2021创刊，Nature旗下 Chemical Physics Reviews 2688-4070 2020创刊，AIP旗下 Electronic Materials 2673-3978 2021创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016创刊 只接受邀请稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en Current Physical Chemistry 1877-9468 2011创刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc General Chemistry 2414-3421 2015创刊，免费阅览和发表 http://www.genchemistry.org Natural Science 2150-4091 2009创刊 免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/ns/ Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.scirp.org/journal/ojpc/ International Journal of Chemistry 1916-9698 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014创刊。免费阅览，发表收费。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905 American Journal of Chemistry 2165-8749 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091 Physical Chemistry 2167-7042 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022 Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010创刊。http://www.global-sci.org/jams/ Chemical Review and Letters 2645-4947 2018创刊。发表和阅览都免费。http://chemrevlett.com（网站自称IF是0.92） Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013创刊，专门收轻量级程序介绍文章，免费阅览，可申请免费发表。https://openresearchsoftware.metajnl.com Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 专门收开源程序的轻量级介绍文章，免费阅览和发表。https://joss.theoj.org Chemical Reports 2591-7943 2019创刊。免费阅览，发表收费 https://www.syncsci.com/journal/CR/about F1000 Research 2046-1402 免费阅览，发表收费 https://f1000research.com/ Journal of Chemistry: Education Research and Practice(JCERP) 2578-7365 （网站自称IF是0.94） 免费阅览，发表收费 https://www.opastpublishers.com/journal/journal-of-chemistry-education-research-and-practice PeerJ Physical Chemistry 2689-7733 免费阅览，发表收费 https://peerj.com/physical-chemistry/ (3) 中国的期刊 中国期刊英文版： Science Bulletin 2095-9273 18.8/1 全学科，收版面费 中国科学:化学（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 10.4/1。以前叫SCI CHINA SER B CCS Chem 2096-5745 9.4/无分区 2019创刊，免费访问，免费发表 中国化学快报 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 9.4/1 结构化学 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 5.9/4 Fundamental Research 2667-3258 5.7/3 2021创刊。免费阅览，发表收费。国家自然科学基金委创办 中国化学 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.5/1 高等学校化学研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 3.1/4 中国化学会会志（台湾） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.6/4 化学物理学报 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1.2/4 中国期刊（中文为主）： 物理化学学报 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 10.8/2 有机化学 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 1.8/4 化学学报 Acta Chim Sinica 0567-7351 1.7/4 化学进展 PROG CHEM 1005-281X 1/4 物理学报 Acta Phys Sinica 1000-3290 0.8/4 高等学校化学学报 CHEM J CHINESE U 0251-0790 0.7/4   以下期刊非SCI 中国科学:化学 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中国科学B）0.789 核心 化学通报 Chemistry 0441-3776 0.745 核心 化学研究与应用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.741 核心 分子科学学报 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.359 核心 原子与分子物理学报 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.341 核心 计算机与应用化学 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心 物理化学进展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012创刊。免费阅览，发表收费 http://www.hanspub.org/journal/japc (4) 无机、有机、化学信息学及其它 COORDIN CHEM REV 0010-8545 20.3/1 INORG CHEM FRONT 2052-1553 6.1/1 J MOL LIQ 0167-7322 5.3/2 ORG CHEM FRONT 2052-4129 4.6/1 ORG LETT 1523-7060 4.9/1 INORG CHEM 0020-1669 4.3/2 Dalton Transactions 1477-9226 3.5/3 LANGMUIR 0743-7463 3.7/2 J MOL STRUCT 0022-2860 4/2 INORG CHEM COMMUN 1387-7003 4.4/3 J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 3.3/2 MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 2.8/4 J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 3/3 J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 2.5/3 Inorganics 2304-6740 3.1/4 免费阅览，发表收费 ORGANOMETALLICS 0276-7333 2.5/3 EUR J ORG CHEM 1434-193X 2.5/3 POLYHEDRON 0277-5387 2.4/3 MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.9/2 EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.2/4 J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.1/3 TETRAHEDRON 0040-4020 2.1/3 ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 1.3/3 TETRAHEDRON LETT 0040-4039 1.5/4 EUR PHYS J D 1434-6060 1.5/4 J MATH CHEM 0259-9791 1.7/3 MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.8/4 LETT ORG CHEM 1570-1786 0.7/4 TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022创刊。免费阅览，发表收费。非SCI Organics 2673-401X 2020创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费。非SCI Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免费阅览，发表收费 (5) 偏材料 Nature Materials 1476-1122 37.2/1 ADV MATER 0935-9648 27.4/1 InfoMat 2567-3165 22.7/1 免费阅览，前三年不收发表费 MATER TODAY 1369-7021 21.1/1 ADV FUNCT MATER 1616-301X 18.5/1 ACS Nano 1936-0851 15.8/1 Small 1613-6810 13/2 Mater Horiz 2051-6347 12.2/2 J Mater Chem A 2050-7488 10.7/2 Carbon 0008-6223 10.5/2 Nano Lett 1530-6984 9.6/1 NPJ COMPUT MATER 2057-3960 9.4/1 免费阅览 J MATERIOMICS 2352-8478 8.4/1 免费阅览 Communications Materials 2662-4443 7.5/无分区 CHEM MATER 0897-4756 7.2/2 Science China Materials 2095-8226 6.8/2 Applied Surface Science 0169-4332 6.3/2 J Mater Chem B 2050-750X 6.1/3 MATER CHEM FRONT 2052-1537 6/2 Nanoscale 2040-3364 5.8/3 J Mater Chem C 2050-7526 5.7/2 ACS Materials Au 2694-246 5.7/无分区 2021创刊，ACS旗下，免费阅览，发表收费。非SCI APL Materials 2166-532X 5.3/2 免费阅览，发表收费 Materials Advances 2633-5409 5.2/无分区 2020创刊，RSC旗下。免费阅览，发表收费。非SCI 2D Materials 2053-1583 4.5/3 Nanomaterials 2079-4991 4.4/3 MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.3/3 MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.7/3 J MATER SCI 0022-2461 3.5/3 J Solid State Chem 0022-4596 3.2/3 COMP MATER SCI 0927-0256 3.1/3 ORG ELECTRON 1566-1199 2.7/4 Computational Condensed Matter 2352-2143 2.6/无分区 2014创刊，Elsevier旗下。非SCI FRONT MATER 2296-8016 2.6/4 Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 2.5/4 J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.3/4 Surface Science 0039-6028 2.1/4 MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 1.9/4 Bulletin of Materials Science 0250-4707 1.9/4 Chemistry of Inorganic Materials 2949-7469 2023创刊，Elsevier旗下，免费阅览，发表收费。非SCI (6) 偏物理 Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 45.9/1 Nature Physics 1745-2473 17.6/1 Physical Review X (PRX) 2160-3308 11.6/1 PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 8.1/1 COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 7.2/2 JPhys Materials 2515-7639 无/3 J COMPUT PHYS 0021-9991 3.8/2 PHYSICAL REVIEW RESEARCH 3.5/无分区 2019创刊，免费阅览，发表收费 PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.2/2 PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.6/2 PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.2/3 Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.8/3 CHINESE PHYS B 1674-1056 1.5/4 AIP Advances 2158-3226 1.4/4 免费阅览，发表收费 (7) 偏生物 NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 16.6/2 EMBO J 0261-4189 9.4/1 PLOS BIOL 1544-9173 7.8/1 J MOL BIOL 0022-2836 4.7/2 COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 4.4/2 免费阅览，发表收费 METHODS 1046-2023 4.2/3 J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 4/2 PLoS Comput Biol 1553-734X 3.8/2 ACS CHEM BIOL 1554-8929 3.5/2 BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.3/3 BIOPHYS J 0006-3495 3.2/3 PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 3.2/4 BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 2.9/3 PLoS One 1932-6203 2.9/3 发表收费 ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 2.9/3 BBA Biomembranes 0005-2736 2.8/3 J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 2.7/3 COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 2.6/4 2002年及以前叫Computers & chemistry BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 2.5/4 J BIOL PHYS 0092-0606 1.8/4 J COMPUT BIOL 1066-5277 1.4/4 Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/jbpc J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013创刊。免费阅览，发表收费 http://thescipub.com/jobs.toc Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cmb/ 附：历年的影响因子和点评 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2022年影响因子（2023年公布） //www.umsyar.com/675 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） //www.umsyar.com/646 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） //www.umsyar.com/603 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子（2020年公布） //www.umsyar.com/560 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子（2019年公布） //www.umsyar.com/492 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子（2018年公布） //www.umsyar.com/427 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子（2017年公布） //www.umsyar.com/382 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布） //www.umsyar.com/335 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布） //www.umsyar.com/296 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） //www.umsyar.com/248 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2012年影响因子（2013年公布） //www.umsyar.com/192 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子（2012年公布） //www.umsyar.com/149 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子（2011年公布） //www.umsyar.com/92 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子（2010年公布） //www.umsyar.com/64 //www.umsyar.com/692 2023-12-20T01:12:00+08:00 几种基于核酸序列构建三维结构的工具 Several tools for constructing three-dimensional structures based on nucleic acid sequences 文/Sobereva@北京科音   2023-Dec-20 之前我在《几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具》（//www.umsyar.com/687）中介绍过一些基于氨基酸序列构建简单蛋白质三维结构的工具，本文将介绍几种基于核酸序列构建DNA/RNA三维结构的工具，可以用于做分子动力学模拟、分子对接等目的。虽然还有很多其它程序也可以构建，如HyperChem等，但本文提供的这些就已经足够用了，且都是免费的。这些工具在产生核酸结构时只需要指定一条链的序列，从5'端到3'端，对于产生双链结构的情况，另一条链的序列总是自动按照规范DNA中标准碱基配对方式自动确定的。这些程序都可以保存成常用的pdb文件格式，并且原子名是规范的。 1 在线工具DNA Sequence to Structure 地址：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp 输入DNA序列以及DNA结构类型，即可立刻返回产生的pdb结构，例如： 返回的结构用VMD查看： 2 在线工具web.x3dna.org 地址：http://web.x3dna.org 进入后，选Rebuilding - combination of A-, B-, or C-form DNA models。之后可以输入DNA序列由几段构成，比如设了3，点next，若三段内容分别按下面这样设，那么DNA序列就是AAACCCCGGG，且其中AAA部分是A-DNA形式、CCCC部分是B-DNA形式、GGG部分是C-DNA形式。 提交之后，过一会儿（有可能时间挺长），看到下图，可以点击链接下载pdb文件 3 AmberTools的NAB AmberTools程序包可以在http://ambermd.org下载，NAB是AmberTools中的组件，AmberTools装好后NAB就可以直接用了。最简单的运行方式为nab test.nab -o test.out，这里test.nab是NAB程序的输入文件（后缀必须是nab）。NAB就像编译器一样会编译出名为test.out的可执行程序，然后运行./test.out即可使里面的指令生效。 NAB可以用于创建DNA和RNA序列。例如创建一个序列为gcgttaacgc的B-DNA结构，就创建一个文本文件比如叫genDNA.nab，里面写以下内容 molecule m; m = fd_helix("abdna","gcgttaacgc","dna" ); putpdb( "sobDNA.pdb", m ); 之后运行nab genDNA.nab -o genDNA，当前目录下就出现了名为genDNA的可执行文件。再输入./genDNA运行之，当前目录下就出现了sobDNA.pdb，是我们要的DNA的结构，DNA的骨架顺着Z轴。 从上面例子可见fd_helix函数里面跟了三个参数，第一个参数控制产生的核酸类型，第二个参数是序列，第三个参数写dna就是生成DNA、写rna就是生成RNA。 4 Gabedit Gabedit是一个免费的可视化程序，可以在http://gabedit.sourceforge.net下载。启动后点击菜单栏Geometry - Draw，然后点右键选Build - polyNucleic Acid，之后一边点击碱基名字的按钮，三维结构一边不断产生，如下图所示。可见核酸类型和结构形式都可以自己定义。如果选上Add Counter Ion，产生的核酸结构的磷酸基旁边还会自动加上Na+作为抗衡离子。构建好后，在图形窗口上点右键选Save as，就可以选择保存成pdb格式。 5 Avogadro Avogadro可视化程序可以在http://avogadro.cc免费下载。启动Avogadro后，点击菜单栏的Build - Insert - DNA/RNA，就蹦出了如下窗口。然后一边点击按钮输入核酸序列，一边图形窗口里就可以看到生成的核酸结构。DNA和RNA，单链和双链，结构形式都可以自由选择。 //www.umsyar.com/675 2023-07-03T05:22:00+08:00 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2022年影响因子（2023年公布） 文/Sobereva @北京科音  2023-Jul-3 不得转载 1 前言 此文对非常适合理论、计算化学投稿的期刊（也有少部分仅限于约稿），以及化学相关的综合向以及面向不同子领域的重点期刊进行罗列，共约300种期刊，并附上2023年6月末公布的2022年影响因子(IF)及中科院分区。本文对于读者了解有哪些期刊值得投稿和平时关注有明显意义。这是第14次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 本文的期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字母缩写或者全名，之后是ISSN号（若只有网络版则是EISSN号）。斜杠前是2022年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子。有些新刊尚无影响因子数据），斜杠后是撰写此文时的最新的中科院大类分区（2022年12月公布），今年刚有IF的期刊目前没有分区信息。 附IF计算公式：2017年某期刊的影响因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次数）/（2015+2016年此期刊的文章数） 本文涉及的刊物主要分这么几类： 1 主要理论、计算类刊物 2 综合 3 中国的期刊 4 无机、有机、化学信息学及其它 5 偏材料 6 偏物理 7 偏生物 第一类是最适合理论、计算类文章投的。根据文章具体的研究方向，也可选择投其它几类中的刊物。 本文中给出的期刊列表一般是按照IF来排序的，有IF的都是SCI期刊。国内核心非SCI期刊没有IF，这些期刊的影响因子的获取方式为：进入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取综合影响因子。本文里期刊普遍用缩写，如果想得到全称，去https://www.ablesci.com/journal把缩写或ISSN输进去就可以查到。 像往年本系列文章一样，我再次强调，IF这东西只是个翔，它的存在给科学发展带来的坏处绝对大于好处。要看重文章自身的价值，垃圾文章侥幸发到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章发到低IF期刊上依然是好文章，会被广为引用。本文中说的期刊档次/质量仅是指的平均文章档次/质量。而如今国内大学和研究机构评判科研业绩所广为采用的中科院分区更是极度荒诞的，其存在的弊远远大于利。 2 今年形势简评 今年，化学方面不管是哪个方向的期刊，整体趋势都是下跌。能不跌或者仅仅微跌就等效于上涨了。 这是和理论、计算化学关系最密切的一些期刊的IF的变化情况： 大涨：CTC 基本没变：JCP、JPCB、JPCA、JMGM、CPL、JMM、STRUCT CHEM 小跌：JCIM、ATS、PCCP、JCC、CPC、JPCC、CHEM PHYS、IJQC、JPOC、MOL PHYS 大跌：JPCL、JCTC、TCA 今年理论化学相关刊物整体下降非常明显。JPCL今年一蹶不振（近些年其不少文章水准和JPCA/B/C也没显著差别），但JCTC跌的幅度也相仿佛，因而JPCL还是高于JCTC一丁点，但差距现在仅有0.2，反倒分区还比JCTC更低。之前一直涨的JCIM也小跌了，看来去年破6已经算是最高位了，不过现在倒是比JCTC还高了，居然成了计算化学领域除综述期刊WCMS外IF第一了！说不定以后就被弄到一区了。ATS不尽如人意，没advanced成。PCCP小跌，不好说未来2区能否保得住。在普遍下跌的趋势下，JMGM基本没跌，如今竟然和JPCA持平了，CPL甚至还升了一丝，真是老二线期刊翻身了。很神奇的是，CTC居然涨了0.5到了2.8，曾经的三线水刊快追平业界口碑良好的老牌JPCA了！挺不可思议，令人刮目相看（当然，仅限IF数值方面，而非文章真实档次方面），估计马上会被弄到3区。TCA很惨，本来就挺低的IF损失甚多，以前的二线彻底沦为三线了。前身是JTCC的J COMPUT BIOPHYS CHEM第一次有了影响因子，2.2，比我预期的好（想当年JTCC始终在1.0附近徘徊）。2019创刊的Electronic Structure第一次有了影响因子，2.6，不高不低，根据我看的其中一些文章，感觉差不多也就这个档次。2020创刊的和Chemical Physics有密切关系的OA期刊Chemical Physics Impact第一次有了影响因子，2.2，和Chemical Physics恰好非常接近，不过整体文章档次还是有差距，Chemical Physics Impact一定程度担负着Chemical Physics回收站的工作。 化学综合方面： Chem. Rev.降了大约10，Nature降了约5，Science降了约7，CHEM SOC REV降了14.4，ACCOUNTS CHEM RES降了6，Chem Sci小降到8.4（冲10大失败）。创刊不久的Cell Reports Physical Science小涨到8.9，居然比Chem Sci都高了。虽然之前觉得此刊物不水，不过一下子能到这么高还是令我有点意外。SCI DATA小涨到9.8了，近年来真是一路猪突猛进，大抵是因为现在learning、AI太火，数据集的重要性显得越来越高。COMMUN CHEM小跌。CHEM COMMUN受到了暴击，只有4.9了，当年的地位不再，近些年确实有不少挺普通的文章都发上去了，以后没准2区都难保（曾经还是1区），不知道会不会从此一蹶不振。欧化大降到4.2，很惨。这样老牌有口碑的刊物跌到这种程度真不应该。亚洲化学大降到4.1，还是恰好比欧化低一头，但IF数值上的差异已经甚微乎其微了（虽然还有明显档次差距）。Molecules如今被弄到2区去了，IF比欧化还高了，真是无语。在化学类期刊普遍下跌的情况下，ACS OMEGA居然基本没变，撑住了4.1。RSC Advances也只是微跌到3.9。现在这些以往总被称为回收站的期刊反倒比PCCP这样的期刊还高不少，世道挺迷。此外，Heliyon这大水OA期刊的IF居然有4。老牌OA期刊Sci Rep小跌到4.6。这几个大宗OA期刊现在居然IF如此相似，挺有意思。 中国期刊方面： 物理化学学报居然涨到了10.9，异军突起，不可思议，这下该到1区了。这几年此刊运作得真好（编辑的确很努力），2018年的时候还是1.05，呵呵。今年我审此刊的文章时，编辑说今年IF要破10，要按照Chemical Science那种标准来审，当时我还有点不信，没想到真成真了，令人刮目相看，居然比Chemical Science还高，也比中国科学（今年小降到9.6）都高了。中国化学快报稍微涨到了9.1，现在是1区了。结构化学IF竟然翻了一倍多，到了2.2，居然比Springer的Struct Chem都高了。CCS Chem首次有了IF，高达11.2（不意外，早就知道IF得到中国科学的档次），肯定也要入1区了，现在是纯化学类中国的期刊里最高的。 其它： J MOL LIQ、ORG LETT、Inorg Chem、Dalton Transactions、J ORG CHEM都小跌。ORGANOMETALLICS从3.8大跌到2.8，二区不保了。老三流刊物J MOL STRUCT现在竟然成了2区了，保住了3.8，挺会运作（PS：此刊上很多文章真是...合成个不疼不痒乱七八糟的东西加一通模板化的计算就能发上去，其很多文章计算部分几乎靠AI都能自动生成，非常套路）。COMPUT PHYS COMMUN涨了不少到6.3。 材料方面，Nature Materials、J Mater Chem C大降，ADV MATER、J Mater Chem A、Nano Lett、CHEM MATER、MATER CHEM FRONT、Nanoscale小降。Mater Horiz和Small小降，不过现在恢复了1区。NPJ COMPUT MATER降了不少，但也恢复了1区。Science China Materials微降，从1区被撵到2区了。看来之前（大抵是出于特殊动机）乱分区被群众批判得太惨，知道悔改些了，否则难以服众。 生物方面，NUCLEIC ACIDS RES巨降，居然还是被瞎分在2区。EMBO J、PROTEINS大降，后者被分成4区太扯了。 3 期刊列表 (1) 主要理论、计算类刊物 WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 11.4/2 J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 5.7/2 J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 5.6/2 J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 5.5/1 J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 4.4/2 J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 3.7/3 J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 3.3/3 J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.9/3 PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.3/2 ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 3.3/3 J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3/3 CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 2.9/3 J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.9/4 COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 2.8/4 CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.8/4 Electronic Structure 2516-1075 2.6/无分区 2019创刊 CHEM PHYS 0301-0104 2.3/3 Chemical Physics Impact 2667-0224 2.2/无分区 2020创刊，免费阅览，发表收费 INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.2/3 J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.2/4 J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 2.2/无分区 MOL SIMULAT 0892-7022 2.1/4 J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 1.8/4 THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.7/4 MOL PHYS 0026-8976 1.7/4 STRUCT CHEM 1040-0400 1.7/4 J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 0.8/4 ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 ?/4 ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 尚无IF 2021创刊，免费阅览，发表收费     以下期刊非SCI Computational Chemistry 2332-5968 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cc/ International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013创刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/ SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015创刊。免费阅览，发表收费（网站自称IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33 Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017创刊。免费阅览 https://www.livecomsjournal.org/ Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017创刊。免费阅览，免费发表（黑白图片时） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc Journal of Molecular Physics 2017创刊。免费阅览 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics (2) 综合 NATURE 0028-0836 64.8/1 CHEM REV 0009-2665 62.1/1 SCIENCE 0036-8075 56.9/1 CHEM SOC REV 0306-0012 46.2/1 NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 36.3/1 CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 23.5/1 Nature Chemistry 1755-4330 21.8/1 NATL SCI REV (National Science Review) 2095-5138 20.6/1 ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 18.3/1 ACS CENTRAL SCI 2374-7943 18.2/1 免费阅览，免费发表 NAT COMMUN 2041-1723 16.6/1 免费阅览，发表收费 ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.6/1 Trends in Chemistry 2589-5974 15.7/1 2019创刊 Cell出版社 ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 15.1/1 免费阅览，发表收费 J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 15/1 JACS Au 2691-3704 2020创刊，免费阅览，发表收费 ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 14.7/1 SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 13.6/1 免费阅览，发表收费 P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 11.1/1 发表收费 Research 2639-5274 11/1 SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 9.8/2 免费阅览，发表收费 Cell Rep. Phys. Sci. 2666-3864 8.9/2 免费阅览，发表收费 CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 8.4/1 免费阅览，免费发表 INT REV PHYS CHEM 0144-235X 6.1/2 Arabian J. Chem. 1878-5352 6/2 COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 5.9/2 2018创刊 Nature出版社。免费阅览，发表收费 iScience 2589-0042 5.8/2 Cell旗下，2018创刊。免费阅览，发表收费 INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 5.6/2 免费阅览，发表收费 Frontiers in Chemistry 2296-2646 5.5/3 有理论化学版块。免费阅览，发表收费 CHEM COMMUN 1359-7345 4.9/2 SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 4.6/3 免费阅览，发表收费 Molecules 1420-3049 4.6/2 免费阅览，发表收费 Dyes and Pigments 0143-7208 4.5/2 SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.4/2 CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 4.3/2 CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 4.1/3 ACS OMEGA 2470-1343 4.1/3 免费阅览，发表收费 Heliyon 2405-8440 4/4 免费阅览，发表收费。全学科 RSC Advances 2046-2069 3.9/3 免费阅览，发表收费 Royal Society Open Science 2054-5703 3.5/3 2014创刊。免费阅览，发表收费 FARADAY DISCUSS 1364-5498 3.4/2 SoftwareX 2352-7110 3.4/4 免费阅览，发表收费，专门发表免费程序的介绍文章 NEW J CHEM 1144-0546 3.3/3 J COMPUT SCI 1877-7503 3.3/3 ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 0021-2148 3.2/3 J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.4/4 ChemistryOPEN 2191-1363 2.3/3 免费阅览，发表收费 OPEN CHEM 2391-5420 2.3/4 免费阅览，发表收费 CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.2/4 ChemistrySelect 2365-6549 2.1/4 J COMPUT ELECTRON 1569-8025 2.1/4 J CHEM SCI 0974-3626 1.7/4 B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 1.7/4 AUST J CHEM 0004-9425 1.1/4 CAN J CHEM 0008-4042 1.1/4 RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.7/4 INDIAN J CHEM A 0376-4710 0.4/4 CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.3/4   以下期刊非SCI Nature Computational Science 2662-8457 2021创刊，Nature旗下 Chemistry-Methods 2628-9725 2020创刊，Wiley旗下。免费阅览，发表收费 Chemical Physics Reviews 2688-4070 2020创刊，AIP旗下 Electronic Materials 2673-3978 2021创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016创刊 只接受邀请稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en Current Physical Chemistry 1877-9468 2011创刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc General Chemistry 2414-3421 2015创刊，免费阅览和发表 http://www.genchemistry.org Natural Science 2150-4091 2009创刊 免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/ns/ Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.scirp.org/journal/ojpc/ International Journal of Chemistry 1916-9698 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014创刊。免费阅览，发表收费。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905 American Journal of Chemistry 2165-8749 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091 Physical Chemistry 2167-7042 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022 Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010创刊。http://www.global-sci.org/jams/ Chemical Review and Letters 2645-4947 2018创刊。发表和阅览都免费。http://chemrevlett.com（网站自称IF是0.75） Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013创刊，专门收轻量级程序介绍文章，免费阅览，可申请免费发表。https://openresearchsoftware.metajnl.com Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 专门收开源程序的轻量级介绍文章，免费阅览和发表。https://joss.theoj.org Chemical Reports 2591-7943 2019创刊。免费阅览，发表收费 https://www.syncsci.com/journal/CR/about F1000 Research 2046-1402 免费阅览，发表收费 https://f1000research.com/ SN Applied Sciences 2523-3963 2019创刊，Springer旗下。免费阅览，发表收费 Results in Chemistry 2211-7156 2019创刊，Elsevier旗下。免费阅览，发表收费 Chemistry 2624-8549 2019创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 https://www.mdpi.com/journal/chemistry（网站自称IF是2.1） Computation 2079-3197 MDPI旗下。免费阅览，发表收费 https://www.mdpi.com/journal/computation（网站自称IF是2.2） Physical Chemistry Research 2322-5521 伊朗化学会创办，2013创刊。免费阅览。http://www.physchemres.org（网站自称IF是1.28） Chemical Methodologies 2645-7776 2017创刊。发表和阅览都免费。http://www.chemmethod.com（网站自称IF是5.6） (3) 中国的期刊 中国期刊英文版： Science Bulletin 2095-9273 18.9/1 全学科，收版面费 CCS Chem 2096-5745 11.2/无分区 2019创刊，免费访问，免费发表 中国科学:化学（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 9.6/1。以前叫SCI CHINA SER B 中国化学快报 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 9.1/1 中国化学 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.4/2 高等学校化学研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 3.1/3 结构化学 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 2.2/4 中国化学会会志（台湾） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.8/4 化学物理学报 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1/4 Fundamental Research 2667-3258 非SCI，2021创刊。免费阅览，发表收费。国家自然科学基金委创办 中国期刊（中文为主）： 物理化学学报 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 10.9/2 化学学报 Acta Chim Sinica 0567-7351 2.5/3 有机化学 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 1.9/无分区 化学进展 PROG CHEM 1005-281X 1.3/4 物理学报 Acta Phys Sinica 1000-3290 1/4 高等学校化学学报 CHEM J CHINESE U 0251-0790 1/4   以下期刊非SCI 中国科学:化学 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中国科学B）0.713 核心 化学研究与应用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.664 核心 化学通报 Chemistry 0441-3776 0.503 核心 原子与分子物理学报 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.489 核心 分子科学学报 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.377 核心 计算机与应用化学 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心 物理化学进展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012创刊。免费阅览，发表收费 http://www.hanspub.org/journal/japc (4) 无机、有机、化学信息学及其它 COORDIN CHEM REV 0010-8545 20.6/1 INORG CHEM FRONT 2052-1553 7/1 J MOL LIQ 0167-7322 6/2 ORG CHEM FRONT 2052-4129 5.4/1 ORG LETT 1523-7060 5.2/1 INORG CHEM 0020-1669 4.6/2 Dalton Transactions 1477-9226 4/2 LANGMUIR 0743-7463 3.9/2 J MOL STRUCT 0022-2860 3.8/2 J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 3.6/2 MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 3.6/4 J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 3.5/3 J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 3/2 ORGANOMETALLICS 0276-7333 2.8/2 POLYHEDRON 0277-5387 2.6/3 MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.6/2 EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.3/3 J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.3/3 TETRAHEDRON 0040-4020 2.1/3 ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 1.9/3 TETRAHEDRON LETT 0040-4039 1.8/4 EUR PHYS J D 1434-6060 1.8/4 J MATH CHEM 0259-9791 1.7/3 MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.4/4 LETT ORG CHEM 1570-1786 0.8/4 TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022创刊。免费阅览，发表收费。非SCI Organics 2673-401X 2020创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费。非SCI Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免费阅览，发表收费 (5) 偏材料 Nature Materials 1476-1122 41.2/1 ADV MATER 0935-9648 29.4/1 MATER TODAY 1369-7021 24.2/1 InfoMat 2567-3165 22.7/1 免费阅览，前三年不收发表费 ADV FUNCT MATER 1616-301X 19/1 ACS Nano 1936-0851 17.1/1 Mater Horiz 2051-6347 13.3/1 Small 1613-6810 13.3/1 J Mater Chem A 2050-7488 11.9/2 Carbon 0008-6223 10.9/2 Nano Lett 1530-6984 10.8/1 NPJ COMPUT MATER 2057-3960 9.7/1 免费阅览 J MATERIOMICS 2352-8478 9.4/1 免费阅览 CHEM MATER 0897-4756 8.6/2 Science China Materials 2095-8226 8.1/2 MATER CHEM FRONT 2052-1537 7/2 J Mater Chem B 2050-750X 7/2 Nanoscale 2040-3364 6.7/2 Applied Surface Science 0169-4332 6.7/1 J Mater Chem C 2050-7526 6.4/2 APL Materials 2166-532X 6.1/2 免费阅览，发表收费 2D Materials 2053-1583 5.5/2 Nanomaterials 2079-4991 5.3/3 MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.6/3 J MATER SCI 0022-2461 4.5/3 MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.8/3 J Solid State Chem 0022-4596 3.3/3 COMP MATER SCI 0927-0256 3.3/3 FRONT MATER 2296-8016 3.2/3 ORG ELECTRON 1566-1199 3.2/3 Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 2.8/3 J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.7/3 Surface Science 0039-6028 1.9/3 MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 1.8/3 Bulletin of Materials Science 0250-4707 1.8/4 Computational Condensed Matter 2352-2143 2014创刊，Elsevier旗下。非SCI Materials Advances 2633-5409 2020创刊，RSC旗下。免费阅览，发表收费。非SCI ACS Materials Au 2694-246 2021创刊，ACS旗下，免费阅览，发表收费。非SCI Chemistry of Inorganic Materials 2949-7469 2023创刊，Elsevier旗下，免费阅览，发表收费。非SCI (6) 偏物理 Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 44.1/1 Nature Physics 1745-2473 19.6/1 Physical Review X (PRX) 2160-3308 12.5/1 PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 8.6/1 COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 6.3/2 J COMPUT PHYS 0021-9991 4.1/2 PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.7/2 PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.9/2 PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.4/3 Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.8/3 CHINESE PHYS B 1674-1056 1.7/3 AIP Advances 2158-3226 1.6/4 免费阅览，发表收费 (7) 偏生物 NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 14.9/2 EMBO J 0261-4189 11.4/1 PLOS BIOL 1544-9173 9.8/1 COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 6/2 免费阅览，发表收费 J MOL BIOL 0022-2836 5.6/2 J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 4.8/2 METHODS 1046-2023 4.8/3 J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 4.4/3 PLoS Comput Biol 1553-734X 4.3/2 ACS CHEM BIOL 1554-8929 4/2 BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.8/4 PLoS One 1932-6203 3.7/3 发表收费 BBA Biomembranes 0005-2736 3.4/3 BIOPHYS J 0006-3495 3.4/3 BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 3.2/3 ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 3.2/3 COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 3.1/3 2002年及以前叫Computers & chemistry PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 2.9/4 BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 2.9/3 J BIOL PHYS 0092-0606 1.8/4 J COMPUT BIOL 1066-5277 1.7/4 Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/jbpc J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013创刊。免费阅览，发表收费 http://thescipub.com/jobs.toc Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cmb/ 附：历年的影响因子和点评 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） //www.umsyar.com/646 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） //www.umsyar.com/603 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子（2020年公布） //www.umsyar.com/560 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子（2019年公布） //www.umsyar.com/492 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子（2018年公布） //www.umsyar.com/427 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子（2017年公布） //www.umsyar.com/382 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布） //www.umsyar.com/335 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布） //www.umsyar.com/296 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） //www.umsyar.com/248 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2012年影响因子（2013年公布） //www.umsyar.com/192 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子（2012年公布） //www.umsyar.com/149 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子（2011年公布） //www.umsyar.com/92 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子（2010年公布） //www.umsyar.com/64 //www.umsyar.com/672 2023-06-10T17:34:00+08:00 计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识 Common sense about file compression that computational chemistry researchers should know 文/Sobereva@北京科音 First release: 2023-Jun-10    Last update: 2023-Jun-11 0 前言 笔者每天在网上回答各种计算化学问题时，经常看到有计算化学研究者对文件压缩真是毫无概念。比如分享好几百兆甚至1GB以上的fch、cub文件时居然都不压缩！又浪费自己上传文件的时间，又浪费他人下载文件的时间，还浪费自己硬盘上的储存空间。而且在论坛里直接上传很大的文本型文件还造成宝贵的论坛服务器空间的严重浪费。今天答疑时又看到这种情况，忍不住写一个科普文章，强调一下文件压缩的重要性。 1 文件压缩的基本概念 文件压缩的目的是为了减小原文件的尺寸，原文件尺寸除以压缩后的尺寸称为压缩率。根据压缩的目的，分为两类： (1)特定目的的压缩：比如视频压缩、音频压缩、图像压缩 (2)通用目的的压缩：可用于所有文件 文件压缩又分为有损和无损压缩，前者会降低原文件承载的信息的质量，无法复原；后者完整保持原文件里的信息，在解压后可以复原。 压缩算法学问很深，但最简单的一些压缩思想也很好理解。比如视频压缩，原视频需要记录每一帧图像的完整信息，而在压缩时可以只记录每一帧相对于上一帧有显著变化部分的信息，自然能节约大量储存空间，特别是当视频里没有大量大幅色彩变化的情况。再比如无损压缩文本文件，假设原文件有个部分内容是222222222，压缩时可记录为9*2，自然也节约了巨大空间。有损压缩由于允许信息的牺牲，因而在压缩后的质量能保证满足实际要求的情况下，原理上能够比无损压缩达到更高的压缩率。针对特定目的压缩算法由于能考虑原数据信息的特征并加以利用，也能做到比通用目的的压缩更高的压缩率。 一些压缩文件格式例子： 针对图像的有损压缩：jpg、gif 针对图像的无损压缩：png、tif 针对音频的有损压缩：mp3、ogg 针对音频的无损压缩：flac 针对轨迹的有损压缩：GROMACS的xtc格式（相对于全精度的trr而言） 针对cube文件的无损压缩：bqb（TRAVIS支持） 通用的无损压缩：zip、rar、bz2、gz、zst、xz、7z 格式和压缩算法不总是同一个概念，比如7z格式支持LZMA、LZMA2、bzip2等算法，zip格式支持Deflate、LZMA、bzip2等算法。也有的格式就只对应一种算法，比如rar格式（rar算法）、bz2格式（全称bzip2，特有算法）、gz格式（全称gzip，基于Deflate算法）、xz格式（基于LZMA2算法）、zst格式（Zstandard算法）。由于某些压缩格式允许用不同的算法，因此不能简单说这种格式的压缩率如何，必须具体到压缩算法。而且对于同一种压缩算法，压缩率还取决于一些参数，比如字典越大可能得到越高的压缩率，但压缩和解压时的耗时和耗内存也越高。 不同压缩算法的压缩率、压缩/解压过程的运算量和内存消耗、流行程度、能实现的程序都有所不同。对于支持同一种算法的不同的容器格式，其提供的特性也各有不同。 计算机文件分为文本型和二进制型两种： (1)文本型文件：通过文本编辑器打开后看到的都是人能阅读的信息。在计算化学领域里包括Gaussian的fch文件、通用的记录波函数信息的mwfn/wfn/wfx/molden文件、记录格点数据的cube文件、记录化学体系坐标的pdb/xyz/mol/mol2文件、GROMACS的gro/mdp/top文件、AMBER的mdcrd/prmtop文件、CP2K的restart文件等等，以及各种程序的输入和输出文件（如Gaussian的gjf和out文件） (2)二进制文件：用文本编辑器打开后会看到许多乱码。在计算化学领域里包括Gaussian的chk文件、GROMACS的trr/xtc/tpr/cpt文件、dcd轨迹文件、AMBER的binpos文件等等。 用二进制方式记录数值为主的信息，比如动力学轨迹、轨道展开系数等，会比文本型文件尺寸小得多。所有前述的压缩文件格式也都是二进制文件。 对于同一种算法来说，比如rar，对于不同文件的压缩率是不同的，往往相差极其悬殊，这和被压缩的文件里记录的信息特征有关，可以称为“油水”。文本型文件一般总是有巨大的油水，像是好几百MB甚至上GB的fch、cube文件，你通过网络传给别人时如果不压缩，会显得是非常没常识的行为。如果你是通过慢如龟速的百毒网盘（对免费用户来说）分享这样的文件，不压缩更是不可理喻的行为，倘若下载文件的对方稍微有一点文件压缩的常识都会在心里吐槽你。至于二进制文件有多少压缩的油水那不一定，比如说压缩一个H.264编码的mp4视频文件、mp3音频文件、png文件，无论你用哪种压缩算法，如bzip2、rar、LZMA2等，肯定尺寸都没有明显减小，因为这样的文件根本就没什么油水，因为那些文件内容本身就已经是被压缩过的，因此给别人发这些文件时还刻意去压缩也是显得很没常识，别人还得再解压一次，完全多此一举。不要以为用一种算法压缩后再换一种算法压缩就能再次减小很多，因为大量压缩思想在不同算法之间都是共通的，油水在初榨的时候已经被利用掉了。如果二进制文件是“生”的，那可能有压缩的价值，使具体文件而定。比如Gaussian计算直接产生的chk经过压缩后普遍能减小非常多尺寸。GROMACS的trr轨迹的油水一般，压成比如rar后往往能减小几分之一。而GROMACS的xtc轨迹的话本身就已经是有损压缩了，再压缩就没有什么油水了。如果不清楚某种文件的油水的话，找个典型文件压缩试试便知，以后就有经验了。 2 Linux下压缩/解压文件的方法 Windows下文件压缩和解压没什么好说的，Winrar（收费）、7zip（免费）都是主流的文件压缩/解压程序，有图形界面，小学生都会用。做计算化学的人总和Linux打交道，这里对Linux下的压缩做一个快速的扫盲，给出一些很简单的例子，更多的用法自行看help或google。其中tar命令是Linux系统自带的（太老的系统里的版本不支持zst格式） 2.1 基本用法 • 解压文件（程序自动根据后缀判断怎么解压） tar -xf [压缩文件名] • 把指定的文件或整个目录压缩成new.tbz（tbz是tar.bz2的简写） tar -caf new.tbz [文件名或目录名] • 把指定的文件或整个目录压缩成new.tgz（tgz是tar.gz的简写） tar -caf new.tgz [文件名或目录名] • 把指定的文件或整个目录压缩成new.tar.xz tar -caf new.tar.xz [文件名或目录名] • 把指定的文件或整个目录压缩成new.tar.zst tar -caf new.tar.zst [文件名或目录名] 以上-caf选项等同于同时写-c -a -f。-c代表压缩，-a代表根据后缀自动判断以什么方法压缩，-f代表指定文件名。以上写文件名的地方可以一次写多个文件名，以空格分隔，也可以用通配符，比如*.chk *.fch代表把当前目录下所有.chk和.fch文件都打包并压缩。 7z、zip、rar格式能够包含多个被压缩的文件，而bz2、gz、xz、zst这些格式本身只能记录单个文件。tar是一种可以由tar程序产生的打包格式，多个文件（或目录）可以合并成一个.tar文件，这个过程不改变文件的总尺寸。上面提到的诸如.tar.xz是先把被压缩的文件用tar打包然后再压缩成xz格式的产物。因此，如果被压缩的文件只有一个，上面的.tar.xz可以简化为.xz，而如果涉及多个文件就必须写成.tar.xz。 2.2 并行压缩 文件很大时，而且用的又是复杂度较高的压缩算法，在压缩时耗时会很高。以上方式压缩都是只用单线程压缩，下面也说一下怎么并行压缩以显著节约时间。 以上面方式用tar命令在压缩时，对bz2、gz、xz、zst实际上是分别调用bzip2、gzip、xz、zst程序进行的压缩。这些程序也有相应的并行版，分别为pbzip2、pigz、pxz、pzst，自动会用尽量多的核来多线程处理。可以手动直接运行它们，也可以在用tar命令的时候通过-I明确指定用这些程序来做压缩。这些并行版压缩程序不一定在安装系统时就自动装了，如果运行时提示找不到命令的话可以手动装。例如在Rocky Linux 9上，首先用dnf install epel-release，然后再运行dnf install pxz，就把pxz装好了。下面是使用例子 • 并行压缩成tar.xz格式 tar -I pxz -cf new.tar.xz [文件名或目录名] 如果发现压缩过程中CPU占用率太低而没法充分靠并行节约时间，可以带上-D 1，如下所示（-D 1是传递给pxz程序的参数，代表把每个线程压缩上下文尺寸设为字典的1倍而非默认的3倍大小。此时并行效率可能提升很多而大幅节约时间，但压缩率有时会有一定下降） tar -I 'pxz -D 1' -cf new.tar.xz [文件名或目录名] • 并行压缩成tar.zst格式 tar -I pzstd -cf new.tar.zst [文件名或目录名] • 并行压缩成tbz格式 tar -I pbzip2 -cf new.tbz [文件名或目录名] • 并行压缩成tgz格式 tar -I pigz -cf new.tgz [文件名或目录名] 2.3 压缩质量的设置 有的压缩程序可以接上控制压缩质量的选项，在相应命令后面加上--help即可查看，并且用tar明确调用这些程序时在-I中可以加上相应的选项。不管什么算法，选最低压缩质量的话总是速度非常快。 • 压成.tgz情况的选项：-1是最快，-9是最好，默认是-6。例如以最好质量并行压缩 tar -I 'pigz -9' -cf new.tgz [文件名或目录名] • 压成.tar.xz情况的选项：-0是最快，-9是最好。一般用默认的-6就足够好了，用更高质量时耗时会提升非常多，压缩率也没什么显著的提升。例如以-5质量并行压缩 tar -I 'pxz -5 -D 1' -cf new.tar.xz [文件名或目录名] • 压成.tar.zst情况的选项：-1是最快，-19是最好。默认的-3时的压缩率比较烂。例如以质量和耗时权衡较好的-16质量并行压缩： tar -I 'pzstd -16' -cf new.tar.zst [文件名或目录名] 我比较推荐并行压缩成默认质量的tar.xz格式，压缩率够高，耗时也不高，常用的winrar也能解压。如果你是为了输入命令时尽量省事，也懒得装pxz程序，可以压缩成tbz，winrar也能解压。 2.4 关于zip和unzip命令 主流Linux系统也自带了zip命令和unzip命令用于压缩成zip文件和解压zip文件。前面说了，zip格式的一个好处是能直接包含多个文件而不需要tar。此外，不是很老的Windows系统还可以直接访问zip里的内容。 压缩一个或多个文件成为sob.zip： zip  sob [一个或多个文件名] 如果其中包含目录名，需要加上-r，这样才能把目录里所有内容都包含进去。 在压缩过程中默认会显示所有被压缩的文件名，加上-q可以避免显示。 zip命令默认使用原始且压缩率较低的deflate算法，如果用压缩率更高但也更贵的bzip2算法需要再加上-Z bzip2选项。 解压zip文件：unzip sob.zip 3 几种计算化学领域的大文件的压缩效果对比 为了体现不同压缩方式对于计算化学研究者的实际意义，以及不同压缩方式的压缩率和耗时差异，笔者选了4个有代表性的测试文件： (1) fch文件（343 MB）：笔者在Phys. Chem. Chem. Phys. (2023) DOI: 10.1039/D3CP01896B里研究了OPP和两个18碳环构成的主-客体复合物，共260原子。此文件是这个体系opt freq任务产生的chk文件转成的fch文件 (2) cube文件（215 MB）：是基于上面这个fch文件，通过Multiwfn（//www.umsyar.com/multiwfn）计算的电子密度格点数据文件 (3) molden文件（464 MB）：这是北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我讲授用Multiwfn对WO3晶体计算态密度所使用的CP2K导出的molden文件 (4) xyz文件（149 MB）：这是北京科音CP2K第一性原理计算培训班里我讲使用CP2K做蛋白质+水体系分子力场几何优化任务产生的记录优化过程每一帧的xyz文件，有8047个原子，292帧 测试的方法包括利用tar命令将各个文件压缩成gz、bz2、xz、zst格式的情况，用的是Rocky Linux 9所对应的程序版本，这些测试在双路EPYC 7R32机子上完成，96个物理核心，512GB内存，PM9A1固态硬盘，此机子介绍见《淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈》（//www.umsyar.com/653）。另外还测试了Winrar 6.22 beta 1 64bit（压缩成rar格式）和7zip 23.0 64bit（LZMA2算法压缩成7z格式）的情况，都是默认的并行方式，此部分测试是在Intel i9-13980HX（24个物理核心）CPU的笔记本上跑的，64GB内存，PM9A1固态硬盘，Windows 11操作系统。由于解压的耗时远远低于压缩的耗时，因此解压速度就不做对比测试了。 下表是压缩后的文件尺寸对比 下表是文件压缩耗时的对比 由上可见 (1)Winrar压缩成rar的速度很快，但压缩率很平庸。用rar格式的“最好”压缩质量会令耗时比默认时增加至少一倍，而并没有令压缩率有多少提升，极个别情况压缩率反倒还轻微下降。用rar4格式的“最好”压缩质量相对于默认不怎么影响耗时，但压缩率也没提升。所以rar只推荐用于Windows下快速压缩目的。 (2)7zip程序用LZMA2算法在默认设置下压缩成7z格式的速度远不如rar，但压缩率高得多，因此很适合看重压缩率的人。用“极限压缩”设置时耗时提升甚巨，而压缩率提升极为有限，所以用默认设置足矣。如果用“快速压缩”，耗时比winrar默认压缩时还更低，而压缩率至少不输于之。“极速压缩”的耗时非常低，而压缩率依然说得过去，因此非常推荐追求速度的时候用。PS：7zip压缩的时候如果选择xz格式，在相同的算法和设定下，耗时和压缩率和用7z格式是相同的，用xz的好处是在Linux下能直接用tar -xf解压，但缺点是只支持单文件。 (3)tar在默认设置下压缩成bz2和gz文件的耗时相仿佛，而bz2的压缩率明显高一些，因此相对来说更推荐bz2。二者用并行版本程序压缩时耗时极低，对所有的测试文件在一秒左右就能压缩完。压缩gz时用最高质量的-9没必要，耗时增加很多但对压缩率改进甚微。 (4)xz格式用的是LZMA2算法，和7zip压缩成7z默认用的算法相同，因此xz的压缩率也与之差不多，都是当前测试里表现得最好的。由于这种算法压缩耗时相当高，因此强烈建议用pxz并行压缩并且结合-D 1选项。虽然此时比并行压缩成bz2和gz的耗时还是高得多，但对于大文件已经完全是立等可取的范畴了。压缩xz时用最高质量的-9没必要（除非你痴迷于压缩率），耗时增加几分之一而对压缩率改进甚微。 (5)默认设置下zst的压缩耗时极低，但压缩率也倒数第一，如果你很看重压缩速度而对压缩率要求很低的话这是适合使用的。zstd结合-16的时候压缩率不错，已经比bz2明显更好了，但耗时也比之高很多。-19的时候耗时极高，快赶上默认设置的xz了，但压缩率则明显不如之，而且相对于pxz结合-D 1的时候pzstd在速度上也没优势。所以zst格式基本主要就是低质量压缩时在效率方面有独特长处，对压缩率但凡有些要求的时候就不如用pzstd -D1。 总结一下，有下面的关系，读者可根据对速度和压缩率的要求择情选用压缩方法。gz没用处。 • Windows下 速度：7z(LZMA2,极速) > 7z(LZMA2,快速) > rar(标准) > 7z(LZMA2,标准) 压缩率：7z(LZMA2,标准) > 7z(LZMA2,快速) >= rar(标准) ≈ 7z(LZMA2,极速) • Linux下 速度：zst(默认) > bz2 >= gz > xz(默认） 压缩率：xz(默认）> bz2 > gz > zst(默认) 以上的测试也充分体现了，哪怕用耗时很低的很廉价的压缩方式，如zst（默认）和7z(LZMA2,极速)，对于计算化学领域常见的文本型文件也能干掉一多半体积。所以再次强调，该压缩的时候一定要想着压缩！如果你是要分享一个要被很多人下载的大文件，或者要把文件放到一个硬盘空间很紧张的地方，那么建议使用压缩率较高的方式压缩，比如基于LZMA2算法在默认设置下的xz或7z格式。如果文件只是用于临时性的一对一传输，想通过压缩节约传输时间，那只需要用很快速的方法压缩一下就够了，若把过多的CPU运算时间花在对压缩率的追求上就得不偿失了。 //www.umsyar.com/657 2023-01-28T21:02:00+08:00 sobeig：计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序 sobeig: a convenient utility for calculating matrix eigenvalues and eigenvector 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-28 自己写程序求解矩阵的本征值和本征矢极其简单。但有时候需要对给定的矩阵随手求一下本征值和本征矢，一般的计算器程序又没有这个功能，往往又懒得写或来不及现写个程序去做，还有些人则完全不会写。正好笔者在培训班讲课时需要现场求CP2K输出的超精细耦合各向异性张量的本征值，就顺手写了个小程序叫sobeig，这里也分享出来。 sobeig可以在//www.umsyar.com/soft/sobeig_1.0.zip下载，带exe后缀的是Windows版，没后缀的是Linux版（PS：别问我怎么在Linux下启动此程序这种没必要问的问题）。 启动后，sobeig会让你输入记录矩阵的文本文件的路径，程序包自带的mat.txt就是例子，是个3*3的矩阵，是自由格式，如下所示：  0.0918507019        -4.9297513675        -5.2344223141 -4.9297513675         0.8863948625         2.3565979846 -5.2344223141         2.3565979846        -0.9782455645 然后程序会问你矩阵的维度是几，对于处理自带的mat.txt显然输入3。然后本征值就显示在屏幕上了：  ******************************* Loaded matrix *******************************              1             2             3      1  9.18507E-002 -4.92975E+000 -5.23442E+000      2 -4.92975E+000  8.86395E-001  2.35660E+000      3 -5.23442E+000  2.35660E+000 -9.78246E-001  Calculating, please wait...  Successful!  Eigenvalues:          1     8.50318156E+000          2    -6.22710477E+000          3    -2.27607679E+000 同时本征值和本征矢都以极其清晰的格式输出到了当前目录下的eig.txt中，内容为：  Eigenvalues:          1     8.50318156E+000          2    -6.22710477E+000          3    -2.27607679E+000    Eigenvector         1    0.64795841E+000  -0.57420585E+000  -0.50043735E+000    Eigenvector         2   -0.73900099E+000  -0.31481607E+000  -0.59562435E+000    Eigenvector         3   -0.18446527E+000  -0.75576351E+000   0.62832642E+000 可见使用便利到没法更便利！利用echo或重定向通过命令行方式运行也可以，参看《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》（//www.umsyar.com/612）。 sobeig可以处理任意大的矩阵。只能是方阵，可以是对称的也可以不是对称的。程序内部是基于Intel MKL数学库做矩阵对角化，速度极快。支持并行，把OMP_NUM_THREADS环境变量设为并行核数即可。 //www.umsyar.com/653 2022-10-13T21:28:00+08:00 淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈 文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13 1 前言 五年前我曾写过《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），当时购买的双路XEON 2696v3 36核机子笔者一直在用，但在如今性能已经比较过时了，特别是跑大体系长时间的AIMD很吃力。于是在2022年9月末笔者入了台96核（物理核心）的双路AMD EPYC 7R32服务器，性价比极高，在本文就谈谈使用感受和一些相关经验。并且借本文的机会，在文末再次劝读者尽量不买“大品牌”服务器。 2 配置和价格 我在大约近一年的《 》（//www.umsyar.com/444）里一直推荐的顶级双路服务器配置是双路XEON 8375C，很多人看了这博文后也都买了并感到满意。本来笔者原本也打算入这个配置，但近期8375C涨价不少（也许和我这博文的推荐有一定关系，导致8375C卖得快），在高性能CPU范畴内其性价比已经不是首选。笔者在反复谨慎对比和斟酌后，最终决定入比较冷门的7R32。 EPYC 7R32的知名度不高，这是给亚马逊特供的CPU。属于EPYC二代（Roma核心），有48个物理核心，96个逻辑核心，支持八通道DDR4-3200。基础频率为2.8GHz，是EPYC二代中>=48核产品中基础频率最高的。关HT时全核满载时我实测稳定在3.3GHz。其功耗是EPYC二代中最高的，TDP为280W。 在淘宝上有个北京的老字号卖组装服务器的淘宝店有现成的双路7R32服务器，基础配置原价22000，笔者做了如下改动： (1)把标配的单条DDR4-2666 16GB内存改成了16条32GB镁光DDR4-2666，加了8800。用16条是为了用满两个CPU的总共16条内存通道，配较大的512GB内存是考虑到以后跑DLPNO-CCSD(T)等耗内存高任务的时候能用尽可能多的核并行。7R32最高支持DDR4-3200，但标配内存改成16条32GB DDR4-3200则要加12600，相当于DDR4-2666提升到DDR4-3200需多花3800元，笔者认为不值得，而且对于笔者常用的计算程序和任务来说DDR4-2666的内存带宽大多数时候不至于构成瓶颈。 (2)硬盘从标配的三星256GB M.2固态换成了三星PM9A1 2TB M.2（PCI-E 4.0）固态，加了1300。笔者把原先笔记本淘汰下来的影驰500GB SATA3固态用来装系统和程序，而PM9A1纯粹用来当读写临时文件的苦力盘，写入量榨干了也没关系。选择PM9A1是因为其读写速度是目前市售的固态硬盘中最快之一，选择较大的2TB是考虑到后HF任务相当耗硬盘，特别是并行核数很多时用ORCA跑DLPNO-CCSD(T)、DLPNO-STEOM-CCSD的情况。爱折腾的话也可以考虑淘宝上U.2的Intel、三星等牌子的工包或拆机的企业级固态硬盘，4TB的都不太贵，写入量上限比消费级的大得多，不过水有点深。另外，如果读者需要储存大量数据，以及许多人共用，建议再入个希捷8TB企业级机械硬盘，1250元（笔者是把以前2*2696v3机子上的希捷4TB企业级机械硬盘挪到了新机子上）。 (3)电源标配的是廉价的长城1300W，长城电源由于其廉价也是很多淘宝上服务器商家的标配。虽然也不能把诸如此类低端牌子的所有型号一棒子打死（有些型号素质还不错，用起来也没啥问题），但笔者始终对这些牌子持鄙夷态度，而且在电源上图便宜是很不明智的（电源是服务器所有部件里最容易坏的之一），所以换成了海韵FOCUS GX1000（额定1000W），为此多加了500元。海韵是口碑最好的电源品牌之一，笔者之前双路2696v3原配的台达650W电源用了几年坏掉后也是替换的GX1000，感觉良好。而且GX1000还有个好处是长度很短（14cm），这使得在机箱下方能够有空间加装风扇，见后文。额定1000W的电源对于双路7R32绰绰有余，绝对没必要用1300W的浪费钱。值得一提，如果读者之后有加装高端GPU诸如RTX4090做GPU加速计算的可能，可以用海韵或振华1600W的电源。 最终，笔者买的机子共32600元，配置如下，所有东西都是全新的： CPU：2*EPYC 7R32（96核192线程，满载3.3 GHz） 主板：技嘉MZ72-HB0（支持1~3代EPYC，官方支持280W CPU） 显卡：主板集显 内存：16*32GB=512GB 镁光DDR4-2666 ECC REG 硬盘：三星PM9A1 2TB 电源：海韵FOCUS GX1000 机箱：追风者614PC 散热器：见后文 声卡：无（主板也没有集成，笔者也不需要） 关于技嘉MZ72-HB0主板的介绍，可以参看官网介绍https://www.gigabyte.com/us/Enterprise/Server-Motherboard/MZ72-HB0-rev-30-40和测评https://www.anandtech.com/show/16825/the-gigabyte-mz72hb0-motherboard-review-dual-socket-3rd-gen-epyc。 这个商家挺不错，整个购买过程中和客服交流顺利，各种问题都在15秒内回复，水平也比较专业，也没有乱推荐、乱出主意。整套配置报价相当良心，淘宝上应该没有明显能做到价格更低的了。敲定配置和价格后，当即笔者就用支付宝付款。上述价格已经包含了北京地区送货上门费用。然后过了两天，机子就送到家了。 顺带一提，为了避免牵扯利益关系，读者请勿向笔者询问卖家信息，感兴趣的读者可以根据本文的配置自行在淘宝上搜合适的卖家。 3 机子照片 下图是机子照片，风扇吹风方向如红色箭头所示。商家配了5个利民TL-C14X 14cm机箱风扇，单价120块。商家配的CPU散热器是猫头鹰NH-U12S TR4-SP3（5热管散热器，原配1个猫头鹰NF-F12 12cm风扇，又再加装了一个NF-F12风扇），这样一个散热器淘宝上卖600多块。商家在散热上很重视而且挺舍得的，在散热上的成本就差不多2000块钱了。这家淘宝店值得好评，配件完全属实，没有任何猫腻，而且如下图可见，机子装得不错，理线弄得都很好。 可见同一个散热器的两个风扇通过猫头鹰的Y型线转成一个4pin。此主板有两个4pin CPU风扇口。 追风者614PC是个很好的机箱，设计很科学，上下前后都能装机箱风扇，背部走线的地方还自带了粘扣，给理线带来了极大方便。 在机箱前后走线的窟窿的地方有橡胶片使线材固定，是个很好的设计 机箱前面没啥特殊的，四个USB，一个耳机口一个Mic，一个硬启按钮。机箱上面是能发光的开机键，旁边是个小的硬盘读写指示灯。下图中机箱上的金属logo和文字是商家自己粘的。 机箱前面板可以用力拽开 拽开前面板之后就可以把上面掀开 机箱下面前后有两个滤网，可以方便地抽出来。如果在下面加装风扇吸风，时间长了积了灰时就可以方便地抽出滤网清洁。 机箱背部，一个串口，两个USB，两个LAN口（技嘉MZ72-HB0提供的是俩万兆网口，是个亮点），一个管理LAN口，一个VGA口，还有个带LED的ID button。如果你不额外加装GPU，显示器又没VGA口，记得买个转换器。 PM9A1固态硬盘。此硬盘较早的批次（GXA7301Q固件）有掉速问题，被一些人所顾忌，而如今较新的，包括我这个GXB7601Q，都没这个问题了。注意MZ72-HB0只有一个M.2口，要是有俩就更好了。 内存 这台机子相当沉，是一般女生搬不动的程度，比我以前用先马泰坦机箱的双路2696v3机子至少多重1/3。主要应该是追风者614PC这机箱比先马泰坦更沉的缘故，高度略微更高，长度也明显长一截。 4 散热、噪音、功耗 7R32作为大功率CPU，大家必然十分关心发热以及机子噪音问题。在环境温度约27度时，AIDA64压力测试全核满载15分钟后，CPU温度稳定在73度。温度确实控制得很理想，但是噪音令我很不满意。由于这机子我是放在距离自己一米远的地方用，显然声音不能太大。买之前我特意问了商家，商家说这个机子噪音不大，但是插上电刚开机时感觉声音相当大。进系统后风扇转速自动降低了之后还行，但是用AIDA64的压力测试功能全核满载运行时，声音又是相当的大，不是能长时间忍受的程度。为了尽可能降低噪音，同时又不显著令散热效果降低，我花了很大精力鼓捣。 首先考虑降低机箱风扇的噪音。原配的5个利民TL-C14X风扇高转速时噪音颇大（标称最高转速为1800rpm，全核满载期间会达到1650rpm），我发现其实用5个完全是多余的。如上一节所示的CPU风扇吹风方向可见，风是从下往上吹的，给机箱前面板加风扇没必要（本身风还会被硬盘架子挡一部分）。而且机箱后侧风扇也完全多余，满载时吹出的风都是凉的。于是我就把前面板两个风扇和后侧一个风扇都摘了，果然满载时温度几乎没变，而噪音有明显减小。我又发现当前用的海韵GX1000电源比较短，机箱下方有装14cm风扇的空间，于是就把摘下来的一个风扇装到了下面往上吹风，满载温度平均降低了1.5度（效果不明显，可有可无）。此时的风向如下所示 我认为像这样从下向上走风比起从前往后走风好得多，此时两个CPU的温度是基本一致的，不像从前往后走风会导致后面那个CPU温度比前面的明显更高。而且热风从上面出，满载运算时在冬天可以把手放在机箱上方暖手（亲测有效）。不过机箱上面就不能放东西了。 如上处理后，满载运行声音依然不小，毕竟现在还有的4个猫头鹰NF-F12风扇和3个利民TL-C14X风扇。我原本打算买到闲鱼上入手猫头鹰的减速线NA-RC7或调速器NA-FC1降低风扇转速，后来发现在技嘉MZ72-HB0主板的通过网页浏览器访问的MegaRAC SP-X网络管理界面里可以细腻地根据CPU温度控制风扇转速百分比，彻底解决了噪音大的问题。 具体来说，把网线插到服务器的管理LAN口上，进BIOS后，进入Server Mgmt - BMC network configuration，恰当设置IP地址，比如我设Static地址，并指定地址为192.168.5.100。之后保存BIOS设置并重启。之后在同一网段的另外的机子的网页浏览器里输入192.168.5.100，就可以进入服务器的管理界面了。登录的用户名是admin，密码在主板的贴纸上，如下所示，密码是3/A/后面的字符串，即LH4PA800228。 登录后在界面左侧选Settings，再选Fan Profile，就可以添加风扇运转策略，比如我增加了balance、silent、ultra_silent三种，当前启用的是ultra_silent，如下所示 我是下图这样定义ultra_silent策略的，能令室温下CPU满载温度维持在不太高的情况下用尽可能低的转速，读者可以效仿。如图所示，传感器数据定义为两个CPU的温度，对主板所有风扇口（两个CPU风扇口和4个机箱风扇口）控制转速。由下图右上角的示意图可见，温度低于30度时风扇20%转速，30~77度之间转速从20%缓慢线性提升至40%。超过77度就算稍高了，因此在77~90度之间转速从40%较快地变化到90%。超过95度就危险了，达到CPU可承受的上限，所以>=95度时就令风扇全力全开了。 值得一提的是技嘉MZ72-HB0的网络管理界面做得相当不错，功能和设置很多，所有传感器的信息在Sensor页面里都能一览无余地看到，并且还提供随时间变化的动态变化图。例如从下图可见CPU温度、风扇转速、电压等的变化情况。 经过如上调教后，环境温度为27度时，全核满载温度在78~80度波动，期间猫头鹰风扇在750~900rpm范围波动，机箱风扇转速维持在1200rpm。此时的噪音很令我满意了，放在距离我一米远的地方运行不觉得吵，噪音甚至比我在http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html里介绍的那台双路2696v3的机子还小一点点。7R32这机子刚拿来的状态下距离一米处满载34分贝，经过调教后只有20分贝出头一丁点了（我手头没专门的噪音测试仪，只是用手机app测了一下，所以绝对值肯定不准，但相对值能说明问题）。另外，调教后这个机子在待机状态下相当安静，CPU温度维持在30度出头，猫头鹰风扇转速只有300rpm，机箱风扇450rpm。 如果满载时还想更静音甚至还有余地，即允许让CPU满载温度更高（如达到85度）换来更低的风扇转速。还可以在机箱盖里面贴一层吸音棉（淘宝有卖。一些以静音为卖点的机箱也是这样做的）。PS：按上述处理后，敞着机箱盖运行不会令温度有丝毫降低。网上有人说在机箱盖上贴吸音棉会影响散热，起码这对于当前机子不适用，因为此机子满载时两侧的机箱盖并无明显温热感，对散热无贡献，只有机箱上头的出风处的金属网会被热风吹得很热。 之前有人在计算化学公社论坛里专门讨论主板MOS管散热问题，有的上水冷有的用小风扇吹，而当前这机子完全不需要顾虑这个，不需要任何额外的辅助散热就能在室温下长期稳定运行。 关于风扇再多说几句。在机箱风扇方面，如前所述，这机子的14 cm机箱风扇有上面两个、下面一个就够，而且机箱风扇对于CPU温度影响很有限，故机箱风扇没必要用利民TL-C14X那么贵的，用诸如60块钱的ARCTIC F14 PWM PST就行了，价格只有TL-C14X的一半。虽然ARCTIC F14 PWM PST的最大转速和风量都更小，但即便如此也绰绰有余，都完全用不着满速运行。在CPU风扇方面，根据网上的一些测试，对于满载的CPU，NF-U12S用俩风扇比单风扇温度也就低三度左右，因此如果你对噪音敏感的话，用原配的一个风扇足矣，而且还少花钱。顺带一提，NF-U12S原配的NF-F12在12 cm风扇范畴内已经几乎是最静音的了，没有比之明显更好的选择。猫头鹰的NF-U14S散热器也有适合EPYC的版本NF-U14S TR4-SP3，搭配的是单个14 cm风扇NF-A15，在同样散热能力下转速能比NF-F12更低因而更静音，但以当前主板俩CPU的间距来说，装俩NF-U14S是不可能的。 这双路7R32和双路2696v3目前我并排放置使用，之间相距只有两厘米，如下所示。两台机子同时满载时我都感觉噪音不大，所以噪音问题完全不必担心。两台机子挨着放也完全没有相互影响散热。 输入功耗方面，根据计量插座显示，关机状态13瓦，win 11、Rocky Linux 9.0下待机80~90瓦，AIDA64压力测试（stress CPU/FPU/cache/system memory都选上）时是640W左右，如下所示。考虑到功率转换效率，输出功率此时也就不到580W，显然电源用额定1000W的GX1000绰绰有余。用较好牌子的额定850W的电源也够。这机子的功耗比起以前我帖子里说的双路2696v3满载时的输入功率455W大了近200W。按照北京地区居民电价，满载一天不到8块钱。 5 软件安装和运行 我的研究做的计算都是在Linux下跑的，Linux系统肯定是我自己根据实际需要装的，不打算让商家装，但毕竟商家测试机子也得有个系统。商家问我装什么系统时，就姑且先让装了Win11，也便于我跑Cinebench R23、AIDA64、CrystalDiskMark等一些Windows下的测试程序。 CentOS是我以前一直推崇的操作系统，后来变成stream形式了，失去了原有的灵魂，后来我就转向了以鲁棒为重的CentOS正统的继任者Rocky Linux，和CentOS的界面和体验完全没有区别。Rocky Linux我装的是最新的9.0，去https://rockylinux.org下载DVD iso，然后用rufus制作安装U盘（顺带一提，别用UltraISO制作，否则没法顺利安装），插上服务器并启动就可以照常顺利安装了。作为计算用服务器，建议选成Workstation，然后把GNOME Applications、Legacy UNIX Compatibility、Developement Tools、System Tools、Graphical Administration Tools都选上。前面说了，我给这机子添了个以前留下的500GB固态硬盘，Rocky Linux就装在了这里。机子是我私用的，硬盘配置方面给必须设的UEFI分区设了200MB，其它空间就都挂载到了/，用ext4文件系统，由于内存已经很大了就没设swap分区。 由于之前PM9A1 2TB上商家已经装了Win11，所以Rocky Linux 9装完后再重启就可以看到启动菜单，可以选进入哪个系统。由于Windows对我没用，所以后来就把PM9A1这个硬盘格掉了，把Gaussian、PSI4等程序的临时文件目录都设在了这个硬盘上。 Rocky Linux 9.0和当前这机子完全兼容，安装和使用过程完全没有出现任何问题。Multiwfn 3.8(dev)、Gaussian 16、ORCA 5.0.3、CP2K 2022.1、PSI4 1.6.1、xtb 6.5.1，以及OpenMPI 4.1.1和FFTW 3.3.8在这个机子上安装/编译和使用都非常顺利。需要注意的是系统没有自动装gfortran，编译OpenMPI之前记得用yum装上gfortran，否则之后ORCA没法正常并行。原本要装的是经典的GROMACS 2018.8，可能是由于Rocky Linux 9.0自带的gcc 11.2.1与老版本GROMACS语法兼容性的缘故编译失败，因此就装了目前最新的2022.3，顺利安装，而且也正确识别出了AVX2。 肯定有人顾虑用AMD CPU的兼容性问题，至少安装和使用上述程序时我没碰到任何兼容性问题。安装过程严格按照这些文章所述进行：《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》（//www.umsyar.com/439）、《 程序ORCA的安装方法》（//www.umsyar.com/451）、《CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法》（//www.umsyar.com/586）、《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》（//www.umsyar.com/457）。 此机子运行十分稳定，已经用了十几天，没任何问题。最长连续计算是用CP2K满载跑AIMD跑两天，毫无问题。 6 性能测试 在Win11下用Cinebench R23测试，结果如下。在双路2696v3上得分是多核23391，单核745，可见双路7R32这机子理论性能约为其3.5倍。当然，受制于实际计算程序的并行效率等原因，在大多数 、第一性原理程序上比2*2696v3的优势不会显著到这种程度。 我在网上看到的双路8375C的R23多核得分是72071，可见2*7R32虽然目前比2*8375C明显更便宜，全核性能却还更好（7R32单核性能会吃亏一些，但毕竟96核对64核，优势还是明显的）。不过考虑到实际 、第一性原理程序的常规任务的并行效率大多达不到R23的程度，实际计算中比2*8375C的优势不会多明显。 也测了一下PM9A1在这机子上的表现，如下所示，发挥出了应有的水准，读写速度十分理想 下面是一些 和第一性原理程序的性能测试。我发现如果开着HT，满载频率是3.0 GHz左右，关了之后可稳定在3.3 GHz。在《正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响》（//www.umsyar.com/392）里我说过，计算用的核数不应超过物理核心数，因此HT是摆设。虽然一般没必要刻意关，但对于7R32，不关的话满载频率会降低1/10而有损性能，所以下面的测试若未注明我都是关了HT测的，平时也都关了HT用。关HT的方法是：进入BIOS，选AMD CBS - CPU Common Options - Performance - CCD/Core/Thread Enablement，选Accept，把SMT Control设Disable。 下面是Gaussian 16 C.02 AVX2版测试。使用Gaussian自带的test0397，是化学组成为H90C54N6O18共168原子的普通有机体系，关键词设为b3lyp/def2svp force scf=novaracc g09default。在其他人的《g16在8375C和7T83的表现小测评》（http://bbs.keinsci.com/thread-28607-1-1.html）里使用的也是同样的测试任务，大家可以对照性能。我的测试结果如下，测试时是用%nproc设的并行核数： 2*2696v3：8m4s(484s) 2*7R32用48核：3m40s(220s) 是2*2696v3的2.2x 2*7R32用64核：3m12s(192s) 2*7R32用96核：2m46s(166s) 是2*2696v3的2.9x 2*7R32用96核开HT：3m7s(187s)  把基组改为更大的def2-TZVP，结果为： 2*2696v3：78m25s(4705s) 2*7R32用48核：31m23s(1883s) 是2*2696v3的2.5x 2*7R32用64核：25m52s(1552s) 2*7R32用96核：22m30s(1350s) 是2*2696v3的3.5x 2*7R32用96核开HT：23m11s(1391s) 可见，在大基组时才能把7R32相对于2696v3的优势展现得更充分。也可以明显看出，96核只跑一个任务很亏，同时跑两个划算得多。也要注意提交方式的问题。比如对一个H22B18C4Co1共45个原子的团簇体系在B3LYP/def2-TZVP下算单点，几种计算方式的耗时如下： 2*7R32同时跑两个48核任务，靠%cpu=0-47和%cpu=48-95分别绑在两个不同CPU上：442s 2*7R32同时跑两个48核任务，用%nproc=48：484s 2*7R32跑一个48核任务，用%nproc=48：430s 可见2*7R32这机子同时跑俩48核任务时应当记得绑定避免性能损失，但即便如此也没只跑一个48核任务快。原理见《NUMA策略对Gaussian运算速度影响的小研究》（http://bbs.keinsci.com/thread-19773-1-1.html）。 下面是ORCA 5.0.3的测试，计算的是《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）一文里研究的瑞德西韦，关键词用比较贴地气的wB97M-V/def2-TZVP RIJCOSX strongSCF。 2*2696v3：483s 2*7R32用48核：241s 是2*2696v3的2.0x 2*7R32用96核：174.6s 是2*2696v3的2.8x ORCA的这种比较典型的任务表现的并行效率不及G16用大基组做DFT时。所以，2*7R32机子上也是同时跑两个或多个任务更划算，此时也要注意绑定的问题，做法见《通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时》（//www.umsyar.com/553）。 下面是CP2K 2022.1的测试。算的是SiO2超胞，共576原子，使用常用的PBE结合较大的TZV2P-MOLOPT-GTH基组，开OT算单点。输入文件见此：//www.umsyar.com/attach/653/SiO2.inp。 2*2696v3：平均SCF每轮14s，共493s 2*7R32只用48核：平均SCF每轮6.4s，共225s 2*7R32只用64核：平均SCF每轮5.1s，共180s 2*7R32只用81核：平均SCF每轮4.9s，共174s，是2*2696v3的2.8x 我用全部96核时，SCF每轮速度比用81核时没可查觉的优势，而且偶然性地个别SCF步的耗时会最多增加到14s，导致总耗时还更高，原因不明（也许是MPI的问题，也许是内存带宽用满的问题），因此跑单个任务的话用81核比较保险。考虑到超过48核后性能提升就很不显著了，为了最有效利用2*7R32计算能力，我建议同时跑两个48核CP2K任务为宜。记得一定要分别绑定在两个CPU上跑。如果直接mpirun -np 48 cp2k.popt提交两个任务，SCF每轮的速度很不稳定（暗示可能内存访问方面打架），平均每轮9点几秒，最终351秒跑完。如果提交两个的时候分别绑定在两个CPU上，每轮SCF稳定在大约8.1秒，最终288s跑完。绑定方法见前述的《通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时》，也是mpirun结合-rf实现。 我还对比了CP2K用杂化泛函PBE0结合TZVP-GTH计算含64个水的水合电子体系单点的速度，2*7R32能达到2*2696v3的三点几倍，比起纯泛函计算时性能优势明显得多。 7 总结 本文介绍了笔者近期从淘宝上网购的性价比极高的适合计算化学的双路EPYC 7R32服务器，对于 和第一性原理计算都是十分适合的。对于内存需求量不很大的情况，16条16GB就够，此时远不到3万就能买一台96个物理核心而且主频中等偏上的服务器，可谓超值！对于笔者撰文时的情况，双路7R32是组建高性能CPU计算服务器的几乎最理想选择。但我估计7R32的货源不多，可能本文发布之后不久就卖光了，或者涨价。这令我想起当年我的《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》一文发布后，有好一阵子2696v3还涨价了很多，没准是那篇文章明显促进了2696v3的销量。本文的这些讨论不限于7R32，对于读者购买和使用其它计算服务器也是有参考价值的。在未来购买什么配置合适可以看隔一段时间就会更新一次的《 》（//www.umsyar.com/444）。 附：再次劝读者尽量不要花冤枉钱买“大品牌”服务器 再次强调，如果能不买所谓的大品牌服务器（我就不点名了），就别买那些牌子！我在//www.umsyar.com/444里已经非常非常非常着重强调了这点了。跟我这3万块钱的2*7R32的机子性能相当的配置，那些“大品牌”卖到十几万都极其正常（例：http://bbs.keinsci.com/thread-32672-1-1.html），报价可谓离谱至极，而且这不是极少数情况而是极多数情况。3万块钱从“大品牌”那里买只能买个鸡肋，也就是“垃圾佬”服务器的性能水平。还有人觉得买那些“大品牌”是为了售后完善，难道再好的售后值这机子N倍的价钱？前述我的2*2696v3的购机贴里就已经充分体现了在淘宝上靠谱的卖家那里买机子根本就没什么风险，这次购机再次充分体现这一点。店家都把机子测试好了（靠谱的商家都会经过长时间拷机）、系统装好了（要Linux也给装），直接插了电源、鼠标键盘、显示器、网线之后上来就能用，买方对软硬件一窍不通也无妨（需要组建集群另谈）。就算花N倍价钱买所谓大品牌的机子，我相信绝大多数售后也不会贴心服务到会给你编译CP2K之类的。靠谱的淘宝服务器商家都有像样的售后，和所谓大品牌没多大差异，诸如我买的这家在我拍之前在阿里旺旺上我已经问清楚了保修条款（商家原话粘贴过来）： 主板 内存 固态 电源 显卡 希捷企业级硬盘 西数机械硬盘 保三年 希捷普通机械硬盘保两年 CPU 散热器 机箱 保一年 注：以上均为免费质保（非人为、无烧伤、无外伤、无进水等） 以上质保已经足够充分了。等以后过了保，即便出了问题，肯花钱的话店家肯定也给你弄。把服务器用顺丰直接寄回去，换个配件，处理完了再寄回来就完了，就算是异地的来回一般也就一个礼拜的事。 还总有“大品牌”服务器商家谎称淘宝上组装的服务器质量不好，这是利用买方对硬件知识的极度匮乏进行欺骗。诸如本文说的7R32机子，用的海韵是最好的电源品牌之一，用的技嘉是最好的主板品牌之一，用的猫头鹰是最好的散热器品牌之一，用的三星是最好的固态硬盘品牌，用的追风者614PC这机箱的设计也基本无可挑剔，根本没有任何可被贬损的余地。完全不懂硬件的读者切勿随便听信“大品牌”的客服/销售说的话。 至于配件的兼容性，虽然“大品牌”的服务器肯定没兼容性的问题，但这并不是优势，因为靠谱的卖家卖的配置，尤其是那些销量较大、用的人较多的配置，都不会有兼容性或不稳定的问题，要不然早就在测试中发现或者有其他客户向他们反馈了。 肯定有人说，由于购买渠道的限制，只能花大价钱买价格离谱的“大品牌”机子。这只能自己想办法解决，未必没有变通的空间，应积极主动联系卖家想办法。 //www.umsyar.com/646 2022-07-01T06:01:00+08:00 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） 文/Sobereva @北京科音  2022-Jul-1 不得转载 1 前言 此文对非常适合理论、计算化学投稿的期刊，以及和化学有关的一些子领域的重点期刊进行罗列，共约300种期刊，并附上2022年6月末公布的2021年影响因子(IF)及中科院分区。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注和投稿有一定意义。这是第13次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 本文的期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字母缩写或者全名，之后是ISSN号（若只有网络版则是EISSN号）。斜杠前是2021年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子。有些新刊尚无影响因子数据），斜杠后是撰写此文时的最新的中科院大类分区。由于据悉2022年开始中科院分区将只给出升级版而没有基础版了，为了使本文对体制内的科研工作者投稿能有前瞻性，本文给出的、谈论的分区都是2021年12月的升级版中科院分区。 附IF计算公式：2017年某期刊的影响因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次数）/（2015+2016年此期刊的文章数） 本文涉及的刊物主要分这么几类： 1 主要理论、计算类刊物 2 综合 3 中国的期刊 4 无机、有机、化学信息学及其它 5 偏材料 6 偏物理 7 偏生物 第一类是最适合理论、计算类文章投的。根据文章具体的研究方向，也可选择投其它几类中的刊物。 本文中给出的期刊列表一般是按照IF来排序的。国内核心非SCI期刊没有IF，这些期刊的影响因子的获取方式为：进入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取综合影响因子。本文里期刊普遍用缩写，如果想得到全称，去https://www.ablesci.com/journal把缩写或ISSN输进去就可以查到。 像往年本系列文章一样，我再次强调，IF这东西只是个翔，它的存在给科学发展带来的坏处绝对大于好处。要看重文章自身的价值，垃圾文章侥幸发到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章发到低IF期刊上依然是好文章，会被广为引用。而如今国内大学和研究机构评判科研业绩所广为采用的中科院分区更是极度荒诞的，其存在弊远远大于利。 2 今年形势简评 这是和理论、计算化学关系最密切的一些期刊的IF的变化情况： 大涨：JCIM、JCP 小涨：JCTC、PCCP、JCC、CPC、JPCL、JPCB、JMGM、Chem Phys、CPL、CTC、JMM、TCA、STRUCT BOND 基本没变：ADV THEORY SIMUL、JPCC、JPCA、IJQC、MOL SIMULAT、MOL PHYS、STRUCT CHEM 小跌：JPOC 今年理论化学相关刊物整体上涨。 WCMS去年IF高得离谱，都和Acc Chem Res差不多了，今年居然跌了一倍多，打回原形。WCMS文章数较少，大抵是个别引用次数极高的文章过了对IF有贡献的期间了，因此IF一下子掉了下来。本身WCMS近些年的文章比较杂，其中有的水准也不怎么样，明显不如早年间，IF不容易撑在高位。 JCTC小涨，现在是唯一1区的和理论化学有密切关联的刊物了。虽然JCTC在领域内认可度很高，但是中科院把它划为1区，而IF是JCTC近两倍的WCMS却划成2区，实在离谱。 JCIM近些年涨势很猛，N年前IF还是三点几，和JCC、PCCP差不多档次，而如今都破6了，令人刮目相看。可能是收了不少机器学习文章的缘故。 JCP涨幅很大，破4了。前年开始JCP收了很多知名量化、第一性原理程序的原文，诸如ORCA、CP2K，其IF不涨才怪，果不其然，效果已经显现了，明年很可能还要涨。 JPCL涨了一点，IF基本固化在6~7的程度了，远不如早年间。从近些年一些JPCL的文章水准、选材来看，此刊不大可能有太大起色。JPCL如今被划成了2区了，和PCCP、JCP成了同档次的了，这分区真是荒诞。 JPCA的IF没明显变化，然而不进则退，居然被低一档的JMGM赶上了。 居然Chem Phys、IJQC甚至MOL PHYS都被划成三区了，和业界名声明显好得多的JPCA/B/C、JCC、CPC成同一档了，这分区分得什么玩意儿。 化学综合方面： CHEM REV和CHEM SOC REV创了新高，分别破了70和60。Nature和Science也纷纷大涨。Nature Reviews Chemistry和Nature Chemistry基本没变。JACS和Angew微涨，但如今其IF相对于后起的ADV SCI、SCI ADV、Nat Commun、ACS CENTRAL SCI、ACS Nano，以及涨得很猛的一些材料/纳米类的期刊如JMCA、Small，并不显得突出。今年Nat Commun大涨到17.694，已经超越了JACS了。ACS CENTRAL SCI更是大涨到18.728。CHEM SCI基本没变。SCI DATA大涨到8.5。创立不久的COMMUN CHEM今年涨了些，而老牌CHEM COMMUN却跌了些，并被前者甩开了1.2的差距，展现出了颓势。现在二者同为2区，说不定以后什么时候COMMUN CHEM就成了1区。CHEM-EUR J小跌，而CHEM-ASIAN J小涨，彼此IF只差0.2了，但目前分区还差一档。学界地位很一般的Molecules居然涨到了4.9。Scientific Reports基本上涨到5了。SPECTROCHIM ACTA A涨到了4.8，居然给分成了2区，明明此刊水文不少。ACS的大杂烩ACS OMEGA大涨到了4.1，RSC的大杂烩RSC Adv大涨到了4.036，不仅明显超过JPCA，甚至都差不多赶上JPCC了，这真令人无语（不过即便IF不能说明什么，起码也好过莫名其妙的中科院分区）。专门介绍新软件的SoftwareX第一次有了IF，是2.868，还行，当年GROMACS的一篇介绍文章发在这上面，可惜那篇文章已经过了贡献IF的时效了。Cell出版社的Trends in Chemistry第一次有了IF，高达22.448。综合性期刊Research第一次有了IF，高达11.036。挺水的发表收费的全学科大杂烩新期刊Heliyon第一次有了IF，居然能有3.776，很令我意外（之前看过一些此期刊的理论计算文章，我还以为能进SCI都很难，就算进了也就是一点几的IF）。 中国期刊方面： Science Bulletin狂涨到了20.577，真是够会运作的，其IF是真高，但世界范围的影响力就...中国科学:化学（英文版）小涨，破了10。中国化学快报大涨到了8.455，以后可能被弄成1区了。高等学校化学研究IF直接翻倍，到了2.726。物理化学学报IF涨得简直是核爆级，前年还是一点几，去年突涨到2.268，今年冲到6.253，很不可思议！这和运作也有很大关系。比如去年物化学报搞了篇大文章Recent Progess on Two-Dimensional Materials，文章居然达151页，汇集几十名作者，再加上这又是最热点的主题之一，毫无疑问像这样的文章将会对未来的IF有极大的贡献。下一年物化学报应该进二区了。在体制内的，如果之前打算投欧化、Chem Commun之类的，现在也可以考虑物化学报了，以后可能还要涨。我发觉近期物化学报上理论计算文章远比以前少得多，目前是材料、催化方向的实验类文章占主导，我怀疑此刊在文章取向方面和以前不同了，这直接影响了IF（毕竟纯理论计算的文章，如果不是那种爆款的方法学原文，引用次数明显赶不上材料/催化类的）。有机化学（CHINESE J ORG CHEM）由于自引率过高被镇压，今年无IF，挺丢人的，去年是1.652。 其它： 两个有机化学期刊ORG LETT和ORG CHEM FRONT的IF基本没变，他俩目前算是一区里IF最低的一批了。 大水刊J MOL STRUCT居然IF涨到3.841了，现在还是3区。起码从我近年来看过的此刊的计算相关的文章，我感觉这也就是IF=2左右、4区的水准。此刊有的文章就是第三世界国家的作者乱七八糟瞎算算，往往图丑得不行，都能发上去。J CHEM EDUC进一步上涨到了3.2，居然给分成2区了，太滑稽了（比JPCA/B/C还高）！其IF能涨大抵就是仗着之前大批讲COVID-19环境下的教学文章，来来回回引用频繁所致。 生物领域知名的NUCLEIC ACIDS RES的IF已高达19.16，可它却被分到了2区，中科院这分区分得跟智障一样，搞得好像和BIOPHYS J一个档次似的。 今年IF=8.64的Science China Materials现在是1区，而同为材料类，IF=15.7的Mater Horiz、IF=15.153的Small、IF=14.511的J Mater Chem A却是2区，这么分区说是赤果果地耍流氓都毫不为过。 PS：今年这次对中科院分区吐槽不少，若按这分区来考核/评判，真就是完完全全的外行指挥内行。 3 期刊列表 (1) 主要理论、计算类刊物 WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 11.5/2 J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 6.888/2 J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 6.578/1 J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 6.162/2 J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 4.304/2 ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 4.105/3 PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.945/2 J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.672/3 CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 3.52/3 J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 4.177/3 J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 3.466/3 J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.944/3 J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.942/4 CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.719/4 CHEM PHYS 0301-0104 2.552/3 INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.437/3 MOL SIMULAT 0892-7022 2.346/4 COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 2.292/4 J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.172/4 J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 2.155/4 THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 2.154/4 MOL PHYS 0026-8976 1.937/3 STRUCT CHEM 1040-0400 1.795/4 STRUCT BOND 0081-5993 1.444/4 J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.004/4 ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 1/4 J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 尚无IF ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 2021创刊，免费阅览，发表收费 尚无IF Electronic Structure 2516-1075 2019创刊 尚无IF     以下期刊非SCI Chemical Physics Impact 2667-0224 2020创刊，免费阅览，发表收费 Computational Chemistry 2332-5968 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cc/（网站自称IF是0.95） International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013创刊。免费阅览，发表收费 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013创刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/ SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015创刊。免费阅览，发表收费（网站自称IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33 Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017创刊。免费阅览 https://www.livecomsjournal.org/ Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017创刊。免费阅览，免费发表（黑白图片时） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc Journal of Molecular Physics 2017创刊。免费阅览 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics (2) 综合 CHEM REV 0009-2665 72.087/1 NATURE 0028-0836 69.504/1 SCIENCE 0036-8075 63.714/1 CHEM SOC REV 0306-0012 60.615/1 NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 34.571/1 CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 25.832/1 ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 24.466/1 Nature Chemistry 1755-4330 24.274/1 NATL SCI REV 2095-5138 23.178/1 Trends in Chemistry 2589-5974 22.448/无分区 2019创刊 Cell出版社 ACS CENTRAL SCI 2374-7943 18.728/1 免费阅览，免费发表 NAT COMMUN 2041-1723 17.694/1 免费阅览，发表收费 ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 17.521/1 免费阅览，发表收费 ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.823/1 J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 16.383/1 JACS Au 2691-3704 2020创刊，免费阅览，发表收费 SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 14.957/1 免费阅览，发表收费 P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 12.779/1 发表收费 Research 2639-5274 11.036/1 CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 9.969/1 免费阅览，免费发表 SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 8.501/2 免费阅览，发表收费 COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 7.211/2 2018创刊 Nature出版社。免费阅览，发表收费 INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 6.208/2 免费阅览，发表收费 iScience 2589-0042 6.107/2 Cell旗下，2018创刊。免费阅览，发表收费 CHEM COMMUN 1359-7345 6.065/2 Frontiers in Chemistry 2296-2646 5.545/3 有理论化学版块。免费阅览，发表收费 CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 5.02/2 SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 4.996/3 免费阅览，发表收费 Molecules 1420-3049 4.927/3 免费阅览，发表收费 CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 4.839/3 SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.831/2 FARADAY DISCUSS 1364-5498 4.394/2 ACS OMEGA 2470-1343 4.132/3 免费阅览，发表收费 RSC Advances 2046-2069 4.036/3 免费阅览，发表收费 NEW J CHEM 1144-0546 3.925/3 J COMPUT SCI 1877-7503 3.817/2 Heliyon 2405-8440 3.776/无分区 免费阅览，发表收费。全学科 Royal Society Open Science 2054-5703 3.653/3 2014创刊。免费阅览，发表收费 ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 1869-5868 3.357/3 SoftwareX 2352-7110 2.868/无分区 免费阅览，发表收费，专门发表免费程序的介绍文章 ChemistryOPEN 2191-1363 2.63/3 免费阅览，发表收费 ChemistrySelect 2365-6549 2.307/4 J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.271/4 J CHEM SCI 0974-3626 2.15/4 CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.146/4 J COMPUT ELECTRON 1569-8025 1.983/4 OPEN CHEM 2391-5420 1.977/4 免费阅览，发表收费 B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 1.241/4 AUST J CHEM 0004-9425 1.224/4 CAN J CHEM 0008-4042 1.051/4 RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.791/4 CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.659/4 INDIAN J CHEM A 0376-4710 0.412/4 ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 无IF/1   以下期刊非SCI Nature Computational Science 2662-8457 2021创刊，Nature旗下 Chemistry-Methods 2628-9725 2020创刊，Wiley旗下。免费阅览，发表收费 Results in Chemistry 2211-7156 2019创刊，Elsevier旗下。免费阅览，发表收费 Chemical Physics Reviews 2020创刊，AIP旗下 SN Applied Sciences 2019创刊，Springer旗下。免费阅览，发表收费 Electronic Materials 2673-3978 2021创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 Chemistry 2624-8549 2019创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 Computation 2079-3197 2013创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费 https://www.mdpi.com/journal/computation Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016创刊 只接受邀请稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en Current Physical Chemistry 1877-9468 2011创刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc General Chemistry 2414-3421 2015创刊，免费阅览和发表 http://www.genchemistry.org Natural Science 2150-4091 2009创刊 免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/ns/ Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.scirp.org/journal/ojpc/ International Journal of Chemistry 1916-9698 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc Physical Chemistry Research 2322-5521 伊朗化学会创办，2013创刊。免费阅览。http://www.physchemres.org（网站自称IF是1.24） American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014创刊。免费阅览，发表收费。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905 American Journal of Chemistry 2165-8749 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091 Physical Chemistry 2167-7042 2011创刊。免费阅览，发表收费。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022 Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010创刊。http://www.global-sci.org/jams/ Chemical Review and Letters 2645-4947 2018创刊。发表和阅览都免费。http://chemrevlett.com（网站自称IF是0.75） Chemical Methodologies 2645-7776 2017创刊。发表和阅览都免费。http://www.chemmethod.com（网站自称IF是0.24） Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013创刊，专门收轻量级程序介绍文章，免费阅览，可申请免费发表。https://openresearchsoftware.metajnl.com Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 专门收开源程序的轻量级介绍文章，免费阅览和发表。https://joss.theoj.org Chemical Reports 2591-7943 2019创刊。免费阅览，发表收费 https://www.syncsci.com/journal/CR/about F1000 Research 2046-1402 免费阅览，发表收费 https://f1000research.com/ (3) 中国的期刊 中国期刊英文版： Science Bulletin 2095-9273 20.577/1 全学科，收版面费 中国科学:化学（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 （以前叫SCI CHINA SER B 1006-9291） 10.138/1 中国化学快报 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 8.455/2 中国化学 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.56/2 高等学校化学研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 2.726/3 中国化学会会志（台湾） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.753/4 化学物理学报 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1.09/3 结构化学 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 0.847/3 CCS Chem 2096-5745 非SCI，2019创刊，免费访问，免费发表 Fundamental Research 非SCI，2021创刊。免费阅览，发表收费。国家自然科学基金委创办 中国期刊（中文为主）： 物理化学学报 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 6.253/3 化学学报 Acta Chim Sinica 0567-7351 2.789/3 有机化学 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 无IF/3 化学进展 PROG CHEM 1005-281X 1.044/3 物理学报 Acta Phys Sinica 1000-3290 0.906/3 高等学校化学学报 CHEM J CHINESE U 0251-0790 0.786/4   以下期刊非SCI 中国科学:化学 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中国科学B） 0.734 核心 原子与分子物理学报 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.524 核心 化学通报 Chemistry 0441-3776 0.497 核心 化学研究与应用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.605 核心 分子科学学报 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.427 核心 计算机与应用化学 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心 物理化学进展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012创刊。免费阅览，发表收费 http://www.hanspub.org/journal/japc (4) 无机、有机、化学信息学及其它 COORDIN CHEM REV 0010-8545 24.833/1 INORG CHEM FRONT 2052-1553 7.779/1 INT REV PHYS CHEM 0144-235X 7.478/2 J MOL LIQ 0167-7322 6.633/2 ORG LETT 1523-7060 6.072/1 ORG CHEM FRONT 2052-4129 5.456/1 INORG CHEM 0020-1669 5.436/2 Dalton Transactions 1477-9226 4.569/2 LANGMUIR 0743-7463 4.331/2 J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 4.198/2 J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 4.179/3 MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 4.05/4 J MOL STRUCT 0022-2860 3.841/3 ORGANOMETALLICS 0276-7333 3.837/2 J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 3.208/2 POLYHEDRON 0277-5387 2.975/3 ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 2.684/3 MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.633/2 EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.551/3 J MATH CHEM 0259-9791 2.413/3 TETRAHEDRON 0040-4020 2.388/3 J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.345/3 TETRAHEDRON LETT 0040-4039 2.032/3 EUR PHYS J D 1434-6060 1.611/4 MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.557/4 LETT ORG CHEM 1570-1786 0.797/4 TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022创刊。免费阅览，发表收费。非SCI Organics 2673-401X 2020创刊，MDPI旗下。免费阅览，发表收费。非SCI Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免费阅览，发表收费 (5) 偏材料 Nature Materials 1476-1122 47.656/1 ADV MATER 0935-9648 32.086/1 MATER TODAY 1369-7021 26.943/1 InfoMat 2567-3165 24.798/无分区 免费阅览，前三年不收发表费 ADV FUNCT MATER 1616-301X 19.924/1 ACS Nano 1936-0851 18.027/1 Mater Horiz 2051-6347 15.717/2 Small 1613-6810 15.153/2 J Mater Chem A 2050-7488 14.511/2 Nano Lett 1530-6984 12.262/1 NPJ COMPUT MATER 2057-3960 12.256/2 免费阅览 Carbon 0008-6223 11.307/2 CHEM MATER 0897-4756 10.508/2 MATER CHEM FRONT 2052-1537 8.683/2 Science China Materials 2095-8226 8.64/1 J MATERIOMICS 2352-8478 8.589/2 免费阅览 Nanoscale 2040-3364 8.307/2 J Mater Chem C 2050-7526 8.067/2 J Mater Chem B 2050-750X 7.571/2 2D Materials 2053-1583 6.861/2 APL Materials 2166-532X 6.635/3 免费阅览，发表收费 Nanomaterials 2079-4991 5.719/3 MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.778/3 ORG ELECTRON 1566-1199 3.868/3 MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.662/3 COMP MATER SCI 0927-0256 3.572/3 Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 3.277/3 J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.745/3 MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 2.421/3 Computational Condensed Matter 2352-2143 2014创刊，Elsevier旗下。非SCI Materials Advances 2020创刊，RSC旗下。免费阅览，发表收费。非SCI ACS Materials Au 2021创刊，ACS旗下，免费阅览，发表收费。非SCI (6) 偏物理 Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 50.485/1 Nature Physics 1745-2473 19.684/1 Physical Review X (PRX) 2160-3308 14.417/1 PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 9.185/1 COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 4.717/2 J COMPUT PHYS 0021-9991 4.645/2 PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.908/2 PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.971/2 PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.707/3 Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.988/3 AIP Advances 2158-3226 1.697/4 免费阅览，发表收费 CHINESE PHYS B 1674-1056 1.652/3 (7) 偏生物 NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 19.16/2 EMBO J 0261-4189 14.012/1 PLOS BIOL 1544-9173 9.593/1 COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 6.155/3 免费阅览，发表收费 J MOL BIOL 0022-2836 6.151/2 J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 5.486/2 J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 5.235/无分区 PLoS Comput Biol 1553-734X 4.779/2 METHODS 1046-2023 4.647/3 ACS CHEM BIOL 1554-8929 4.634/2 BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 4.125/4 PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 4.088/3 BBA Biomembranes 0005-2736 4.019/2 ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 3.89/3 PLoS One 1932-6203 3.752/3 发表收费 COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 3.737/4 2002年及以前叫Computers & chemistry BIOPHYS J 0006-3495 3.699/2 BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.628/4 BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 3.321/3 J BIOL PHYS 0092-0606 1.56/4 J COMPUT BIOL 1066-5277 1.549/4 Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/jbpc J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013创刊。免费阅览，发表收费 http://thescipub.com/jobs.toc Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011创刊。免费阅览，发表收费 http://www.scirp.org/journal/cmb/ 附：历年的影响因子和点评 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） //www.umsyar.com/603 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子（2020年公布） //www.umsyar.com/560 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子（2019年公布） //www.umsyar.com/492 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子（2018年公布） //www.umsyar.com/427 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子（2017年公布） //www.umsyar.com/382 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布） //www.umsyar.com/335 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布） //www.umsyar.com/296 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） //www.umsyar.com/248 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2012年影响因子（2013年公布） //www.umsyar.com/192 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子（2012年公布） //www.umsyar.com/149 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子（2011年公布） //www.umsyar.com/92 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子（2010年公布） //www.umsyar.com/64 //www.umsyar.com/642 2022-06-17T16:50:00+08:00 使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化 Using concvar program to solve the change of concentration of substances with time in complex chemical reactions 文/Sobereva@北京科音  （非正式版） 1 前言 最近有人在计算化学公社论坛问“请问常温下像是如下述两条路径的反应，哪个更优势”，他给的图如下所示。 这个问题光凭感觉不容易给出绝对可靠的答案，而这类问题在通过计算化学研究化学反应相关问题时却又容易遇到。实际上这种问题可以根据每一步的反应速率常数直接模拟反应的进行来得到，这样的模拟可以给出浓度随时间的变化。给反应物设置一定初始浓度，并经过足够长时间的模拟后，哪个是主产物自然就知道了。 目前并没有免费、灵活、易用的程序实现上述这种模拟，而这样的程序对于涉及化学动力学的研究问题又非常重要，于是笔者开发了名为concvar的程序弥补这一空白。用户只需要提供整个反应涉及的各个极小点和过渡态结构的自由能，并设置模拟条件，程序就能开始模拟，输出各个物质浓度随时间的变化。 concvar程序的Windows和Linux版可执行文件，以及很详细的手册，可以在//www.umsyar.com/soft/concvar免费下载。 concvar的介绍文章已经发表在了ChemRxiv上（https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2022-r6rh8），研究文章中使用了concvar程序的话必须进行引用（注意确保DOI号在文献列表里确实显示了出来），格式例如：Tian Lu, concvar: A program solving time-dependent concentration variation for complex reactions, ChemRxiv (2022) DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-r6rh8。 2 concvar简介 concvar程序的细节、具体使用方法请读者自行看手册和发表在ChemRxiv上的原文，在这一节仅对concvar的特征做很简要的说明。 一个复杂反应包含多个基元反应。concvar主要目的是求解复杂反应中涉及的各个物质（指反应物、中间体、产物，后同）各个时刻的浓度。需要从t=0时刻基于给定的初始浓度在特定温度下进行模拟，直到达到预设的步数上限，或者满足预设的某个浓度条件为止。每一步concvar按照下式令各个物质浓度c发生变化，其中t是当前时刻，Δt是模拟步长，t+Δ是下一时刻 上式中r是反应速率，包含三个来源。其中r_react体现的是相关的基元反应产生的贡献，如下所示。这里假设基元反应是单分子的情况，concvar也支持双分子。其中j循环与当前物质i相邻的其它物质。k(j→i)是相邻物质j变成i的反应速率常数，k(i→j)是i变成相邻物质j的反应速率常数。 k可以让concvar根据输入文件里各个体系（“体系”指极小点和过渡态，后同）的自由能直接根据标准的过渡态理论自动算出来。对于有特殊情况时（如需要考虑隧道效应、变分过渡态理论），k也可以根据《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（//www.umsyar.com/310）或使用其它程序自行计算，然后写在输入文件里提供给concvar。 上面物质浓度变化的式子里还有c(gen)和c(sink)，这是由于外部原因导致物质浓度生成（generation）和下降（sink）的速率。这两项在输入文件里可设可不设，默认为0。concvar也允许令特定物质浓度恒定在特定值。concvar还能强行让一批物质的浓度在每一步都彼此间满足Boltzmann分布。 模拟步长的选取是个重要问题。模拟的总时间长度等于步数和步长的乘积，跑特定时间长度的模拟，显然步长越大，所需步数越少，模拟耗时也因此越少。但步长不能太大，否则会造成结果不精确甚至明显不合理。假设所有基元反应都是单分子反应，或者虽然有双分子反应但其中一个反应物浓度为1 M（M是mol/L的意思），则以s（秒）为单位的步长应小于0.1/k_max，其中k_max是模拟涉及的基元反应中最大的k（对单分子以/s为单位，对双分子以/M/s为单位）。这等同于让物质浓度每一步的变化不超过当前浓度的10%。concvar在计算一开始会直接列出各个基元反应的k，并给出以此式估计的最大可接受步长，用户可以以此为参考设置输入文件里的步长。 3 concvar的应用实例 下面给出concvar程序的一些应用实例，由此读者可以快速了解concvar都能干什么，有什么实际意义，以及输入文件的形式是怎样的。具体输入文件的写法请大家自行看手册里的详细说明。下文的例子的完整的输入、输出文件在程序文件包里的examples目录下都提供了。concvar非常灵活，请读者基于这些例子举一反三研究自己的实际问题。 3.1 基元反应 在使用concvar研究复杂情况之前，先看一个最简单的情况，基元反应，能量折线图如下所示，蓝字是体系序号（标注顺序随意，这决定了$G字段里定义能量的顺序）。由于逆反应能垒很高，因此逆反应可以忽略不计。 我们要对此反应在298.15 K下模拟200秒，看看反应物和产物浓度是怎么变化的。此例的concvar输入文件如下所示（创建一个文本文件，把以下内容粘贴进去即可，末尾至少要有一个空行。$打头的代表字段，不同字段间必须有至少一个空行）。 temper= 298.15 stepsize= 1E-4 nstep= 2000000 outfreq= 1000 ioutfmt= 2 $G 0 20 -50 $link 1,2,3 $cinit 1 1.0 上面temper是模拟温度（K），stepsize是模拟步长（秒），nstep是模拟步数上限，outfreq是往输出文件中输出各物质当前浓度的频率，ioutfmt控制输出的浓度的格式（1是科学计数法，2是小数）。$G字段设置各个体系在当前温度下的标准态浓度的自由能（kcal/mol）。由于能量折线图上我们把反应物、过渡态、产物分别标记为1、2、3号体系，因此$G里也要按照反应物、过渡态、产物的顺序输入。自由能可以通过 方法很容易地计算，参考《使用Shermo结合 程序方便地计算分子的各种热力学数据》（//www.umsyar.com/552）。$link里每一行定义一个基元反应的反应物、过渡态、产物的体系序号。$cinit设置物质的初始浓度，当前将反应物（1号体系）浓度被设为1 M，没设的默认为0。 启动concvar，输入输入文件的路径（Windows版可以直接把文件图标拖到concvar窗口里免得手写路径。如果路径两边自动出现了双引号要去掉），然后按回车，就可以看到如下模拟状态信息，然后程序开始进行模拟。从以下信息中可看到各个物质的自由能，以及每个基元反应的自由能垒和根据过渡态理论估计的反应速率常数。还可以看到concvar建议步长应当小于7.36秒，当前我们用的步长0.0001秒远小于这个，所以模拟结果肯定是相当精确的。  Temperature:  298.150 K  Simulation stepsize: 1.000E-04 s  Number of simulation steps:     2000000  Total simulation time:    200.000000 s (    3.333333 min)  Output frequency: per    1000 steps ( 0.100000 s)  Number of systems:    3  Number of minima:     2     1 #  System index:    1,  G:    0.00 kcal/mol,  c(init):    1.000000 M     2 #  System index:    3,  G:  -50.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M  Number of reactions:    2     1 #  System    1 to    3,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.358867E-02 s^-1     2 #  System    3 to    1,  G barr:   70.00 kcal/mol,  k:  3.040630E-39 s^-1 Maximum k is  1.358867E-02 s^-1 Stepsize is suggested to be smaller than 7.36E+00 s for present situation 在模拟进行过程中，程序每隔outfreq步就会往当前目录下的conc.txt里输出当前的步数、时间、各个物质的浓度以及总浓度。模拟期间用户可以随时打开此文件，看看当前浓度已经变化成什么样了。在笔者的Intel i7-10870H普通CPU上仅花费了3秒就跑完了设定的200万步。最后conc.txt的内容如下所示。    Step      Time(s)       1          3        Total          0  0.0000E+00  1.0000000  0.0000000  1.0000000       1000  1.0000E-01  0.9986421  0.0013579  1.0000000       2000  2.0000E-01  0.9972860  0.0027140  1.0000000       3000  3.0000E-01  0.9959317  0.0040683  1.0000000 ...略    1997000  1.9970E+02  0.0662937  0.9337063  1.0000000    1998000  1.9980E+02  0.0662037  0.9337963  1.0000000    1999000  1.9990E+02  0.0661138  0.9338862  1.0000000    2000000  2.0000E+02  0.0660240  0.9339760  1.0000000 可见在反应进行200秒之后，反应物（1号体系）的浓度仅有0.066 M，产物浓度为0.934 M，模拟期间总浓度始终为1 M。 可以将浓度变化曲线画出来直观考察浓度变化过程。启动Origin，把conc.txt往里面一拖，然后把第二列作为横坐标数据，第3、4列作为纵坐标数据，绘制曲线图，结果如下，可见反应物浓度逐渐下降，产物浓度逐渐上升 下面，我们用concvar考察一下这个反应的半衰期，也就是反应物浓度下降到一半的时候所花费的时间，这可以给输入文件添加以下内容来实现。这代表当1号体系浓度下降到0.5 M以下时模拟就立刻停止。 $conccrit 1 < 0.5 用新的输入文件重新进行模拟，模拟会中途结束，并显示以下信息。即曰，模拟到了51.0092秒的时候就满足了浓度判断条件，显然当前的反应半衰期就是51.0092秒。  Simulation is stopped because concentration of    1 < 0.500000 M has been satis fied at step    510092 (   51.00920000 s). Current concentration: 5.0000E-01 M 单分子基元反应的半衰期是有解析解的，即ln(2)/k。从concvar载入输入文件后显示的信息中可看到当前的正向反应的k是1.358867E-02 s^-1，因此精确的半衰期是ln(2)/1.358867E-02=51.0092秒，这和concvar模拟出来的精确吻合！体现出当前模拟是完全合理的。实际上，当前模拟用更大步长也完全可以，比如模拟步长从0.0001设大到0.001秒的话，就只需要1/10的模拟耗时，此时得到的半衰期是51.009秒，依然很精确，只不过在有效位数上轻微微打了折扣。 3.2 包含多个基元步的复杂反应 此例使用concvar对下面的能量折线图描述的情况进行模拟。可见有三个基元反应，1和7号分别是反应物和产物，2、4、6号是过渡态，3和5是中间体。每个基元反应的正向和逆向势垒都分别是15和20 kcal/mol。 此模拟假定所有物质的初始浓度都为0，反应物的生成速率为0.1 M/s，而产物的消耗速率是0.08 M/s。模拟的反应将在250 K下进行50秒。输入文件如下所示，$G按照体系序号的顺序来写。顺带一提，$G定义的是相对自由能，相对于谁都可以，只有自由能之差影响模拟结果，习俗上将反应物作为自由能零点来定义。由于有三个基元反应，所以$link里定义了三条连接关系。$gen和$sink分别定义反应物和产物的生成和消耗速率。注意消耗速率具体来说是最大消耗速率，每一步消耗量不会超过剩余量（当某一步某物质浓度为负时，concvar自动会将其浓度设为0）。 temper= 250 stepsize= 1E-4 nstep= 500000 outfreq= 100 ioutfmt= 2 $G 0 15 -5 10 -10 5 -15 $link 1,2,3 3,4,5 5,6,7 $gen 1 0.1 $sink 7 0.08 使用concvar载入上面的输入文件进行模拟，一开始会显示以下信息。建议用户总是仔细看一下这里显示的模拟参数，确保输入文件书写和载入正确。 Number of systems:    7 Number of minima:     4    1 #  System index:    1,  G:    0.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M    2 #  System index:    3,  G:   -5.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M    3 #  System index:    5,  G:  -10.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M    4 #  System index:    7,  G:  -15.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M Generation and consumption rates:    1 #  System index:    1,  gen.:  0.100000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s    2 #  System index:    3,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s    3 #  System index:    5,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s    4 #  System index:    7,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.080000 M/s Number of reactions:    6    1 #  System    1 to    3,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1    2 #  System    3 to    1,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1    3 #  System    3 to    5,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1    4 #  System    5 to    3,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1    5 #  System    5 to    7,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1    6 #  System    7 to    5,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1 Maximum k is  4.018411E-01 s^-1 Stepsize is suggested to be smaller than 2.49E-01 s for present situation 输出的concvar.txt开头部分如下所示，可见反应物、中间体、产物的浓度随时间的变化都输出了。    Step      Time(s)       1          3          5          7        Total          0  0.0000E+00  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000        100  1.0000E-02  0.0009980  0.0000020  0.0000000  0.0000000  0.0010000        200  2.0000E-02  0.0019920  0.0000080  0.0000000  0.0000000  0.0020000        300  3.0000E-02  0.0029820  0.0000179  0.0000001  0.0000000  0.0030000 ...略 对concvar.txt里的浓度变化进行绘图，得到下图。可见随着反应物的不断产生，反应物、第一个中间体（体系3）、第二个中间体（体系5）的浓度依次累积起来，但到了20秒后基本就不变了，处于饱和了。产物的浓度在10.7秒之前都为0，这是因为自设的产物的消耗速率0.08 M/s在此之前都比它的产生速度更快。在反应进行20秒之后，产物的浓度以0.02 M/s的速率线性增加，这是因为此时第二个中间体的浓度已经恒定不变了，而且反应物的生成速度（0.1 M/s）比产物的消耗速度（0.08 M/s）更大。 3.3 含有竞争反应的例子 下面这个能量折线图里各个体系的自由能就是本文一开始的那张图里的，存在彼此竞争的两个反应路径。此例我们靠concvar做模拟来研究一下哪个产物是主产物、反应的选择性如何。 这个反应假定在常温下进行，反应物初始浓度设1 M。模拟步长用1E-6秒，跑100万步，因此模拟总时间为1秒。前面说了，concvar会直接在屏幕上显示最大可接受步长，模拟用的步长明显比那个小就可以保证模拟精度。至于需要跑多少步，大家可以反复尝试。如果跑的步数太少，导致模拟的总时间长度不够，可能产物都还没怎么生成，就没法判断主产物了，此时可以把步数增加后重新跑。此例的输入文件如下所示。可见在$link里反应物（体系1）同时在两个基元反应中被涉及。 temper= 298.15 stepsize= 1E-6 nstep= 1000000 outfreq= 1000 ioutfmt= 2 $G 0 15 -20 -5 -50 11 -22.1 -6.1 -51 $link 1,2,3 3,4,5 1,6,7 7,8,9 $cinit 1 1.0 这次的模拟输出文件如下所示    Step      Time(s)       1          3          5          7          9        Total          0  0.0000E+00  1.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  1.0000000       1000  1.0000E-03  0.0000000  0.0010982  0.0000699  0.9875062  0.0113257  1.0000000       2000  2.0000E-03  0.0000000  0.0010313  0.0001367  0.9760981  0.0227339  1.0000000       3000  3.0000E-03  0.0000000  0.0009685  0.0001996  0.9648217  0.0340102  1.0000000 ...略     997000  9.9700E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000093  0.9988226  1.0000000     998000  9.9800E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000092  0.9988227  1.0000000     999000  9.9900E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000091  0.9988228  1.0000000    1000000  1.0000E+00  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000090  0.9988229  1.0000000 5号和9号分别是产物1和产物2。从以上信息可见，在模拟结束后，1 M反应物几乎完全变成了产物2（0.9988 M），而产物1的浓度几乎可以忽略不计（约0.0012 M）。当前反应已经进行得很充分了，因为反应物（体系1）、中间体（体系3和7）的浓度都基本为0。因此，此模拟证明产物2是主产物，而且反应的选择性非常强。 3.4 验证Curtin–Hammett原理 化学动力学领域有个知名的Curtin–Hammett原理。它说如果有一对反应物彼此可以快速相互转换，每个反应物都各通向一个产物而且逆反应可以忽略，则产物分布由两个反应的过渡态的能量相对高低所决定，过渡态能量低的那个路径对应的是主产物。Curtin–Hammett原理可以通过推导来证明，而这一节我们设计一个模型，用concvar做模拟来验证。下面的能量折线图对应的情况是Curtin–Hammett原理适用的典型情况，体系3和5是两个反应物，它们之间的变换势垒非常低，因此常温下二者转换很快且总能达到热力学平衡状态。两个反应物通向产物的势垒都较高，并且产物能量显著低于反应物，故逆反应可忽略。按照Curtin–Hammett原理的说法，由于TS 1显著低于TS 2，产物1应当是主产物（尽管根据波尔兹曼分布，反应物2的浓度总比反应物1要高，且尽管产物2相对于产物1是明显热力学上更有利的产物）。 本节我们在298.15 K下对上图的模型进行模拟来试图验证Curtin–Hammett原理对主产物的预测。输入文件如下所示。这里有很关键的一点是不能将两个反应物之间的相互转换反应以常规方式进行考虑，即不能在$link里写上3,4,5，否则由于这样的基元反应的k很大，必须用非常小的模拟步长（1E-12秒的数量级）才行，而此时为了模拟足够长时间以观测到产物出现足够的浓度（需几百秒，因为此例的反应势垒较高），所需要的模拟步数要达到1E14数量级，明显不可能算得动。考虑到两个反应物之间的转换极快，二者总能达到热力学平衡，因此在此例输入文件里用了$Boltzmann字段，直接要求它俩的浓度关系在模拟的每一步总是满足Boltzmann分布（或者说，每一步都将二者的总浓度按照Boltzmann分布关系进行分配）。如果不了解Boltzmann分布的话看《根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例》（//www.umsyar.com/165）。此时，这两个反应物各自的浓度随便设，只有浓度之和是有意义的，这里将二者浓度都设为了0.5 M，即总反应物浓度是1 M。 temper= 298.15 stepsize= 1E-3 nstep= 500000 outfreq= 100 ioutfmt= 2 $G -22 15 -3.1 0 -4.3 20 -40 $link 1,2,3 5,6,7 $Boltzmann 3,5 $cinit 3 0.5 5 0.5 用以上输入文件进行模拟，反应总共进行了500秒，实际发现到了200秒之后浓度就不再明显变化了，因此下图只把前200秒的浓度变化曲线绘制了出来。 由上图可见两个反应物的浓度随反应进行不断下降，由于定义了$Boltzmann，二者的比率始终为0.131:1。产物2的浓度始终基本为0，而产物1的浓度则增加得很快，因此是占绝对主导的产物，这和Curtin–Hammett原理做出的预测完全相同。 3.5 确定决速态 这里说的决速态是指它的自由能对整个反应速率起决定作用的过渡态，它的自由能轻微降低就可以令反应速率有明显的提升。目前有直接观看能量折线图判断决速态的方法，见J. Chem. Educ., 58, 32 (1981)和ChemPhysChem, 12, 1413 (2011)，而本节我们通过concvar从数值模拟的角度来确认决速态，这是严格而且普适的。 本节考察下图的模型，1号体系是反应物，经过两个过渡态到达产物（体系5）。这两步正向反应势垒都是30 kcal/mol，哪个是决速态？为了研究这个问题，创建如下输入文件，假设模拟发生在350 K，反应物初始浓度为1 M。由于这两个基元反应都很慢，为了让产物能有明显的浓度，需要跑较长的模拟。concvar运行后会显示步长建议不超过55.9 s，因此这里用10秒作为步长（留有一定余量，因为之后还要稍微降低过渡态势垒后重新模拟，届时最大可接受步长会更小）。总共模拟10000000步，相当于反应进行100000000秒（3.17年）。 模拟后得到的concvar.txt内容如下所示，可见最终产物（体系5）浓度为0.096783 M。    Step      Time(s)       1          3          5        Total  0.0000E+00 0.0000E+00 1.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00 1.0000E+00  1.0000E+04 1.0000E+05 9.9915E-01 7.5375E-04 1.0122E-04 1.0000E+00 ...ignored  1.0000E+07 1.0000E+08 9.0254E-01 6.8087E-04 9.6783E-02 1.0000E+00 将第一个过渡态的浓度降低1 kcal/mol，即把$G里的30改写为29，然后重新做模拟，发现模拟后产物浓度为0.096836 M，相对于之前基本没变，体现出总反应速度对这个过渡态的能量敏感性极低。 将过渡态1的自由能恢复为原先值，而把第二个过渡态的自由能降低1 kcal/mol成为34 kcal/mol，再次重做模拟，发现最后产物浓度为0.34796 M，这比原先浓度大得多。可见，第二个过渡态明显可判断为决速态。这个结论和前面提到的观看能量折线图进行判断的方法得到的结论是一致的。 3.6 含有双分子基元反应的复杂反应 前面例子里的模拟只涉及到单分子基元反应，concvar也可以支持含有双分子反应物和双分子产物的基元反应情况的模拟，这一节就给出具体例子。需要注意的是，concvar根据输入的自由能自动计算k的公式适合单分子基元反应以及液相下的双分子基元反应，如果你的模拟涉及到双分子气相基元反应，则相应的k必须自己在$link中直接定义，见concvar手册3.3节。双分子气相基元反应的k可以通过《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（//www.umsyar.com/310）里的表格直接基于自由能垒得到。 本节模拟对应的能量折线图如下所示。第一个基元反应是双分子反应物，而第二个基元反应是双分子产物。下图的体系2被视为加入分子看待，体系7被视为离去分子看待，在concvar中它们和其它极小点等同视之。记住只有自由能垒影响模拟结果，比如对于第一步基元过程的正向反应，只有G(3)-G(1)-G(2)影响结果，因此只有俩反应物的自由能之和有意义。习俗上，把加入和离去分子的自由能定义为0。 本次模拟用的输入文件如下。反应在400 K下进行10000秒，反应物的初始浓度被设为了1 M。此模拟假定加入分子的浓度始终恒定为0.3 M，如下所示这通过$fix字段来实现。另外，离去分子的消耗速率假定最大为0.0001 M/s，因此用了$sink字段。怎么定义双分子反应物和双分子产物在下面的输入文件也明确体现了，要用&符号分隔两个反应物和两个产物的体系序号。 temper= 400 stepsize= 1E-2 nstep= 1000000 outfreq= 1000 ioutfmt= 2 $G 0 0 24.8 -5.3 24.1 -15.5 0 $link 1&2,3,4 4,5,6&7 $cinit 1 1.0 $fix 2 0.3 $sink 7 1E-4 整个模拟过程中各物质浓度变化如下图所示。由于反应物和中间体浓度在一开始变化极快，所以横坐标用了个间断使得整个过程的各个物质浓度变化都能清楚展现出来。 由上图可见，在模拟开始后几十秒内，反应物几乎完全变成了中间体，而加入分子的浓度始终恒定在0.3 M。随着反应的进一步进行，中间体的浓度逐渐下降并形成了产物。在10000秒反应结束后，1 M的反应物完全变成了产物。离去分子浓度在约2800秒的时候达到了顶峰。而由于此后中间体的浓度较低了，导致由中间体生成产物&离去分子的速度比人为设置的离去分子消耗速度更慢，因此离去分子的浓度不断下降，并在模拟的最后都消耗光了。 4 总结&其它 concvar是一个免费、灵活、普适的研究复杂反应中各种物质浓度随时间变化的程序，对于 研究者来说极为友好，只需要把算出来的自由能输进去并设置模拟条件即可进行模拟。concvar有很大的实际意义，如前面的例子所见，反应的半衰期、反应的主产物和分支比、决速态等都可以通过concvar做模拟来研究。而且仔细考察浓度在反应过程中的变化细节、检验浓度变化如何受模拟设置的影响，还可以更好地认识反应的内在特征，认清影响反应进行的因素。大家做 计算研究化学反应的时候可以把concvar模拟的浓度变化纳入到文章的讨论中，可使得研究更有深度、分析讨论更充实。另外，concvar对于物理化学中的化学动力学这部分的教学也很有好处，通过让学生实际做模拟，可以使他们更好地理解过渡态理论、物质间的变化、反应速率常数、决速态、半衰期、竞争反应等重要概念以及Curtin–Hammett等原理。 最后顺带一提的是，有些复杂反应路径上有一些势垒很低、反应很快的基元过程，为了照顾它们需要用很小的步长，导致难以在有限的模拟时间内观察到真正关心的物质出现明显的浓度。对这种情况可以考虑对整条反应路径做适当简化，将一些浓度没什么考察意义的中间体和相邻的过渡态忽略掉。 concvar也可以用于模拟催化循环过程中物质浓度的变化。通常将催化剂与被催化物质的结合作为第一步基元反应，让催化完成并释放催化剂对应最后一步基元反应，令最后一步对应催化剂的物质的序号等于第一步的催化剂序号，就构成了首尾相接的催化循环了。 //www.umsyar.com/620 2021-10-18T04:00:00+08:00 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 When asking for help with computational chemistry problems online, one must describe the problem in detail, specificity, accuracy, and clarity 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Oct-18  Last update: 2022-Jun-11 笔者从十几年前开始就广泛在网上回答计算化学问题，如今在三个计算化学QQ群（思想家公社1、2、3号群）以及一个论坛（计算化学公社http://bbs.keinsci.com）每天都花巨量时间回复问题。愈发感觉如今计算化学新人在提问时普遍越来越偷懒，而且提问方式变得越来越没基本逻辑、对问题描述能力越来越差，老是在没有任何前提的情况下突然蹦出一、两句没头没尾的话来提问。提问时候表述含糊不明、不提供解决问题需要的很显然的关键性信息、不说清楚前提条件、不肯多打点字把具体情况交代清楚，这些问题真是越来越严重，笔者对这些情况的感触实在太深。每次遇到这类提问者，我都感觉很棘手或挺烦恼，我通常没时间精力去打字引导对方把各种关键要素都一一交代出来，但看着有人在我建立的群/论坛里提问得不到解答我心里又不舒服。我实在忍不住专门写个小文，让读者充分意识到把问题描述详细、具体、准确、清楚的重要性。下面我将最近一个月以来我在我的QQ群和公社论坛答疑时遇到的有代表性的20多个提问列出，通过给出我的吐槽让读者认识到提问时该注意什么，怎么避免犯同样的错误，希望新人们在求助时能引以为鉴。记住，不好好交代问题，可能得不到任何回复，也可能在他人一次次地诱导你交代问题详情过程中浪费许多自己和他人的时间，还有可能得到不准确的回复导致自己最终吃亏。以前笔者还写过一篇《在网上求助计算化学问题时的注意事项》（//www.umsyar.com/79），此文也算是对那篇的一个重要补充。 Q1：老师，请问算相互作用前结构优化环节我对双分子体系几种可能构型进行了m062x计算，结果尝试的几种构型的结果自由能仅差0.01，请问是计算误差吗？还是结果可信，用能量较小的体系 我的吐槽：什么体系？什么基组？数值是什么单位？这些关键的什么都没说，还怎么回答？ “双分子”这种描述根本就没有提供充分信息。两个小肽结合也叫双分子，两个氢气分子结合也叫双分子，相互作用能差了N个数量级。具体是什么分子、怎么结合的必须描述清楚，最好直接把几个构型的截图发出来，既省得打字来描述，别人也能确切知道你到底考虑了哪几种构型、构型到底有没有意义。顺带一提，由于初学者总是犯低级错误，用的结构甚至都是大错特错、存在严重硬伤的，笔者答疑时总希望提问者直接把结构贴出来，以判断当前问的问题有没有回答的意义。初学者经常意识不到自己在更基本的层面就可能已经犯了其它的错误，最基本、深层的问题不先解决的话，回答提问者原本问的表面上的问题也就根本没意义。 基组直接影响计算精度，如果没常识地用一个破烂基组计算，精度无从谈起，那后面的问题根本就没必要回复了。居然提问者连如此关键的信息都没给出。 单位是Hartree还是kcal/mol，差大了去了，0.01 kcal/mol可以说没差别，而0.01 Hartree（6.27 kcal/mol）对于弱相互作用来说那就是明显的差异了。提问时单位都不写，都没有最最基本科研工作者的素养，更何况描述能量常用单位很多，包括kcal/mol、kJ/mol、Hartree、eV，哪能把单位给省了？（又不是像比如原子电荷，单位用的统一都是e） 奉劝提问者，在描述当前计算的时候，要拿出写paper的computational details部分的态度来写，要想得到准确、有价值的回答就别在提问上敷衍了事。 顺带一提，提问时候计算级别名字必须要写严谨、准确，M06-2X不要写成m062x，后者那是Gaussian、ORCA等程序才支持的关键词的写法，而不是在一般语境下方法名的正当的写法。 Q2：请问一下，使用SIMLE直接生成构象，再用来做结构优化+振动光谱的计算，一般可靠吗？ 我的吐槽：根本没有叫SIMLE的东西（那叫SMILES。提问时应当尽可能避免打错任何文字和单词避免引起歧义）。问的具体是什么体系，甚至是哪类体系都不说，还谈什么可靠不可靠？而且靠的是什么程序生成的构象？体系特征、所用程序是此问题的答案的决定因素，居然最重要的信息一个也没给。很多体系柔性很大，通过诸如OpenBabel等程序基于SMILES直接给出的结构根本没法保证能直接优化到最稳定构象，所以算的振动光谱也没实际意义。还有大量体系的立体结构特征根本无法光靠SMILES这样一维信息描述，比如原子图簇。在追问下，提问者才继续吐露了一点信息，说原子数是20~40，这依然让答疑者处于猜谜状态，还是不肯直接说清楚到底是什么类型的体系，交代问题时吞吞吐吐谁还愿意回答？痛痛快快一次性把要被SMILES字符串描述的分子特征说清楚就不行么？ 在此强调，问问题时候必须要把自己掌握的一切信息尽可能充分地一次性描述清楚，特别是体系结构，能给出化学式或立体结构的要直接给出，别就交代一些零星信息。你提供的信息越充分，别人就能越快速、越准确地回答。如果没有提供有效信息，你的问题完全就是unanswerable的状态，少数情况有热心人且有闲工夫时可能还会提示你进一步提供信息，而大多数情况根本就没人理了。求助时要搞清楚立场，不是你考别人、玩解谜游戏，要好好想想怎么提问才能吸引别人快速给出有针对性的有效的回复。 Q3：Sob老师好，我看到molpro例子中计算HCHO的例子，其中OCC设置为...[略] 我的吐槽：你指的是哪里的例子？总是有人问看了某某某程序的例子，或者计算某某某问题的例子，之后自己有问题。然而提问者却总是不说这例子到底是什么出处，到底是哪个文档/网页，或哪篇博文/帖子，别人都不知道你看的文章内容是什么、里面原话是怎么写的，这让别人怎么回答？虽然有时提问者会复述一下原文，但由于提问者对知识可能掌握不扎实，往往根本没有正确传达原文的意思，或者漏掉了原文里的重要信息。 在此特别提醒，但凡提到某某某教程的时候，别假定别人知道你说的是什么，而必须明确说清楚出处。如果是知名的书籍/文章，至少给出标题，如果是不知名的，必须给出具体网址让答疑者能访问得到。 Q4：gromacs动力学加电场跑10ns分析rmsd，一直达不到平衡态，但相同结构不同电场下，基本在2ns就已经达到平衡了，继续加大步数，改变依然不大。有什么解决办法吗？ 我的吐槽：这问题的逻辑十分莫名其妙，“不同电场”指的是什么电场？原先达不到平衡的电场是什么样？能平衡的时候电场又是什么样？关键信息完全没说清楚，语言表达能力不过关。而且是什么样的体系、电场具体怎么加的也都没说，根本没法回答。 Q5： 我的吐槽：这是如今特别特别特别典型和常见的一个情况，提问者就如同写记叙文时候都不知道要有时间、地点、人物、起因、经过、结果这些最基本的要素。什么程序算的？算的什么体系？具体怎么算的？想解决的问题究竟是什么？关键信息一概不说，假定别人有读心术啊？当前问题就是典型的unanswerable问题，给别人出个题，而题目里根本就没足够的解题条件，甚至都不明说让别人回答什么。 Q6： 我的吐槽：又是典型的什么重要信息都不描述，光贴个图就了事。什么体系？用什么程序做的电子激发计算？用的关键词是什么？最后靠什么程序（虽然通过图像风格我知道是用Multiwfn）什么方式怎么绘制的图？对于前三个问题，如果懒得把前三个问题打字描述、或者怕语言描述不准确，就直接把电子激发计算输出文件上传到网盘，并在此处贴出链接，别人一看就能彻底一次性了解清楚。 Q7： 我的吐槽：“光谱的例子”也不说是哪里的什么例子，什么前提也都不交代，这种描述根本毫无意义。当前用的什么程序、用的什么关键词、算的什么体系都只字不提，上面那种报错又根本不直接体现导致问题的必然原因，而是一个典型的“多对一”的报错提示，因此当前问题根本就无解，或者别人需要长篇大论花好几百字才能把各种可能性全都总结出来，基本不可能有人有这耐心。就算真有超热心、又很懂行的人完整列举出所有可能性，提问者届时还得自己去分辨哪种符合自己当前情况，同时耽误别人和自己的时间。这种情况，也是直接贴出来输出文件的下载链接，内行人一看立马就能给你答案，至少也能把导致出错原因的可能范围大幅度缩小，进而能够针对性地回复。 Q8： 我的吐槽：这算的是啥呀？我都根本不知道你在什么设定下算的什么东西，怎么告诉你正常不正常？多描述一点具体情况都不情愿么？ Q9： 我的吐槽：不上传输入、输出文件让别人看看具体细节、判断哪里可能不合理，谁猜得到这么灵异的现象是怎么回事？区区几个原子的计算，输出文件压缩后就一丁点大，干嘛不上传？ Q10：sob老师，能量最小化时冻结的体系还会跑是什么原因呢 我的吐槽：就单单这么一句话，啥基本要素都没体现，用什么程序在什么设定下跑的只字不提，神仙也回答不了。 Q11：老师您好，最近算两个芳环之间的堆积作用，麻烦问一下，用什么方法和基组计算最好，谢谢 我的吐槽：此问题前提非常不充分。当前体系多少个原子也不说，计算资源也不说，用的计算程序也不说，要求的精度高低也不说，具体是什么任务（优化还是算能量）也不说，每一条都是对答案产生决定性影响的要素，不交代根本就没法回答。CCSD(T)/aug-cc-pVQZ的精度当然足够好，然而提问者几乎一定算不动。我特别反感不给出基本前提的情况下就问“用什么最好”、“买什么最好”这种问题，起码得交代预算、用途啊！对影响答案的关键性问题做必要的限定，这是最最基本的提问逻辑。 如果这个问题这么问，就可以比较准确地回复了：“我要算两个芳环之间的堆积相互作用能，总共60个原子左右，使用Gaussian 16 A.03程序，有个36核的服务器，希望精度尽可能好。麻烦问一下，用什么方法和基组计算最好？”。 Q12：请问一下大家，之前有个帖子是一位老师写的脚本来画势能图的，我找不到了，大家可以给一下嘛~ 我的吐槽：此问题没有基本的逻辑。所谓的势能图是曲线图还是填色图还是等值线图还是地形图？势能数据是什么程序做什么任务算出来的？是什么论坛哪个板块里的帖子？根本什么限定条件都没有，就算是正在用那个人写的脚本的人，看到此问题都没法确定自己用的脚本是不是这个人正在问的。 Q13：请问老师 高斯最多能算多少原子？ 我的吐槽：这个问题毫无意义，在什么计算级别下算什么体系的什么问题，以及用的机子性能，全都只字不提。特别是Gaussian里分子力场和CCSD(T)方法能算的尺度甚至相差N个数量级。我只好在群里回复“1个~几万都能算”，当前提问者提供的信息只够给出这么一个极度模糊的答案，显然这对提问者毫无用处。我若根据分子力场、半经验、普通泛函、双杂化泛函、CCSD(T)不同档次方法...再考虑6-31G*、def-TZVP、def2-TZVP、def2-QZVP不同档次基组...再考虑提问者用6核PC机、20多核廉价服务器、50核高性能双路服务器各种计算性能...再考虑计算单点/优化/振动分析/超极化率等各种计算任务...全部情况排列组合分别给出答案（超过100种），我得打多少字？显然没这个闲功夫和精力。这里再次强调，问得不具体，就不要指望别人能回答得具体。 Q14： 我的吐槽：有很多人在网上问怎么回复审稿人意见，然而往往就把审稿人意见贴出来，却几乎不怎么在提问时交代自己的体系，真是一点提问的基本逻辑都没有。回答问题的人又没看过你投的文章，根本不知道你研究的是什么体系的什么问题、具体怎么研究的、怎么讨论的，你又不把情况交代清楚，别人怎么回答你的问题？像上面这个问题，甚至提问者连体系结构图都不发出来，别人根本都不知道碳原子和氧原子在什么位置、起到什么作用、同构化具体指什么，怎么可能回答这个问题？每次提问时都要好好想一想，别人在解答你的问题时都可能需要什么信息，凡是可能对答疑有用的信息全都充分、详细交代出来。另外，光是把审稿人意见简简单单一贴，连具体情况都懒得多写点文字、贴图去描述，就直接等着别人帮你写审稿回复，实在显得太没诚意，我都根本不愿意去帮。 Q15：老师，请问体系内包括烷基和羰基，他俩结合的时候一般调整谁的位置呢 我的吐槽：什么体系？俩基团怎么结合的？为什么要调整？调整的目的是什么？当前问题我真是一丁点也看不懂。 Q16：windows下做rdf选择完之后怎么退出啊，ctrl+D不行啊 我的吐槽：又是连用的什么程序都不说。虽然我估计他可能是用的gmx rdf，但是连提问都不好好问，最基本信息都懒得交代一下，显得态度特别敷衍，缺乏求助的诚意，我遂直接无视了。 Q17：请教大家一个问题，在计算时，如果要固定两个原子键长不变，应该如何做？ 我的吐槽：至少有几十种程序支持限制性优化或动力学过程中施加限制/约束，做法我全都给你列一遍？ Q18：麻烦问一下 H matrix size has been exceeded是什么意思呀 我的吐槽：什么语境也不交代，谁都不知道这是什么程序做什么计算输出的信息、H矩阵指什么矩阵，怎么回答？不同情况解决方法截然不同，碰到类似这样的提示，说不定有的程序里改个运行参数即可，有的程序则可能需要改源代码里控制矩阵尺寸的变量后重新编译。亦有可能是程序使用方式不当，导致出现开发者没有考虑到的异常情况。顺带一提，如果是用的非主流程序，一般场所里大概率没其他人用过，最好直接发邮件问开发者，或者在相应程序的官方论坛/邮件列表里提问，这样求助最快也最准确。 PS：我每天时间本来就严重不够用，还要在网上回答巨量问题，如果一个问题交代得清楚而且我也会的话我就回答，而像这样根本没有提供回答问题必要信息的情况我就直接无视了，我基本不会去猜着回答，也基本不会去上赶着要求提问者再补充信息。记住，没人回复绝对不代表没人会，或者会的人没看到，而很大概率是因为提问方式不当。 Q19：请问老师，我用mo52x/6-31g*算出来溶解自由能是-40多kcal/mol，这个正常吗 我的吐槽：老有人问计算的结果是否正常，对体系却只字不提，这种问法明显毫无意义。是小分子还是大分子？是中性的还是带电的？这都直接决定溶解自由能的数量级，不说体系特征怎么可能告诉你正常还是不正常？ PS：再次顺带提醒，提问时必须把计算级别名字严格写正确，怎么o和0都不分？我知道提问者想说M05-2X，但内行科研工作者普遍是很严谨的，诸如我就很不愿意将错就错、对明显错误的写法视而不见，而每次我给提问者斧正计算级别名字的写法显然对我是个负担。提问者在提问时，尤其是在高水平讨论场所里，必须把计算级别名写准确，省得还需要花费别人的宝贵时间来斧正你。 Q20：请问各位老师计算内盐时，优化结构发生严重变形是什么原因呢（采用的是Blyp/6-31G** 并添加了溶剂模型） 我的吐槽：严重变形是相对于什么状况的严重变形？原先是什么结构也不说，怎么回答？把优化前后的截图都发出来，别人不就立马明白了。如果是一开始建模就很不合理、相对于真实结构是严重扭曲的，通过优化使得结构明显自发变得合理，这显然是再正常不过的事，都根本不需要提问。在这里强调，但凡在提问时候说“发生了...变化”、“使用了不同的...”的时候，都必须要说清楚原先是什么情况、参照物是什么。另外，描述计算方式的时候不要有任何含糊性，"溶剂模型"用的到底是什么溶剂模型？很垃圾的Onsager是溶剂模型，Gaussian默认的IEFPCM也是溶剂模型，而精度、可靠性、适用性有天壤之别。如果你是初学者，我*吐血*建议直接把所有关键词都完整贴出来，既可以避免描述时可能的含糊之处，也可以顺带让内行人看看一下你的关键词用没用对（如果输入文件里还有其它关键信息也要交代。比如Gaussian里用gen或genecp，还必须把具体用的基组交代出来）。 Q21：请问开始跑MD了，输入什么命令可以看还要跑多长时间呀？ 我的吐槽：世界上有多少种分子动力学模拟程序，就有多少个答案。 Q22： 我的吐槽： 1 你学中文几天了？能不能好好组织一下语言再问？ 2 ubutu（乌布图）是什么鬼？ 3 这个问题表达的是什么逻辑？如果你想问为什么按照b站某GROMACS安装视频安装但没有装上，你不说视频是哪个视频、具体遇到了什么问题导致没装上，别人怎么回答你？如果你就是想让别人给你指一条安装GROMACS的明路，在此处提b站的GROMACS安装视频又有什么意义？ Q23：请问有老师安装过dssp嘛 原来那个方法不行了 我的吐槽：“原来那个方法”是什么方法？你在哪里看到的？你凭什么觉得就这么轻微一暗示，别人就立马知道你说的是什么？而且“不行了”是怎么个不行法，你不说清楚，别人怎么知道是原本的安装教程就有问题，还是你自己的安装操作或软硬件环境有问题？提问的时候绝对不要当谜语人。 Q24：请问 体系有70多个原子用高斯优化一个多星期还没出来，要继续优化吗？ 我的吐槽：又是特别典型、极其常见的没有基本逻辑和常识的提问！所有最关键的信息提问者只字未提，别人怎么可能给你回答？非要让我回答，我只能告诉你“看情况，可能值得继续优化跑完任务，也可能不应当继续优化”，这种含糊其辞的回复对你能有实际意义么？而且提问者居然连怎么算的都只字未提，诸如如果你用CCSD/cc-pVTZ优化这样大小的体系，算到去世也算不完，之前一个多星期本身都已经是完全白算；或者如果当前优化都已经严重规律性震荡了，再怎么跑下去也完全是白搭，早该停了。PS：在我来看，计算化学领域的计算量>95%都是被初学者耗无意义的胡算瞎算白白浪费掉的！ 在我常年在网上答疑中老看到有人问“怎么老也算不完”这种问题，几乎每次都是对方提供的少得可怜的信息令别人完全没法回答。我在此明确强调，问这类问题时必须完整提供这些信息。少一条都不行： 具体算的是什么体系？如总原子数、体系具体类型（有机分子、过渡金属配合物、镧系/锕系配合物、原子团簇、分子团簇等等）、包含的元素都有什么。最好直接给体系截图 用的程序、版本和完整的关键词是什么？ 用多少核的机子跑的？（假定所有核都已经用于当前计算了） 当前跑成什么状态了？比如对于几何优化，当前跑了多少步了、优化过程有没有收敛或震荡趋势、结构有没有向预期的结构变化？（用GaussView自行监控便知，这都不会的话看//www.umsyar.com/164）。如果是比如单点计算，当前算到哪个步骤、屏幕上显示什么了？（外行的话，强烈建议给输出文件最后几十行的截图） 如果你懒得描述上述信息，或者不会准确描述，直接把输出文件提供就完了。 Q25：老师，审稿人让我用EOM-CCSD计算一个17个分子在DMSO溶剂中的第一和第二激发态，想问一下一般这种要耗时多久 我的吐槽：“一个17个分子”是什么鬼？到底是一个分子还是17个分子构成的团簇？提问时候最起码保证没有语病、没有错字、没有最基本的逻辑错误，不要让人觉得问题特别迷。不仅当前到底是什么体系没说清楚，用什么基组也不说，什么计算资源下做计算也不说，这问题根本不可能回答。用很好的80核机子在很垃圾的3-21G基组下计算，和很烂的2核机子在较好的cc-pVTZ基组下计算耗时有天壤之别。 Q26：问一下sob老师和大家，计算蒙脱石的HOMO和LUMO，只能得到HOMO，不显示LUMO是怎么回事 我的吐槽：什么程序算的？具体用什么设置算的？用什么程序看的轨道？可视化程序里怎么操作的？什么具体信息都没有怎么回答？显然描述必须具体到内行人能根据你的描述在脑中重现出你当前遇到的具体情况、能准确定位出问题的所在。 Q27： 我的吐槽：什么乱七八糟的！弥散函数问题、溶剂效应问题、理论方法问题，稀里糊涂瞎搅合在一起，完全不知道在说什么、到底想问什么！而且基组名、泛函名都没写对，态度极其敷衍，令人看着就不爽。 总结： 你提问的时候交代的信息越充分、详细，别人的回复就能越具体、越有针对性、越可能直接解决你的问题。想尽快得到有效的回复就绝对不能让别人必须猜测你当前的情况。如果都懒得把问题描述得清楚具体，就根本别指望会有人给你靠谱的回复。提问时还必须要杜绝各种语义含糊不明、逻辑不清的描述，和当前问题有直接关联的所有关键性的前提、要素必须全都一次性充分交代清楚，一个都不能漏，绝对不能偷懒。如果不好好描述清楚问题而造成歧义，甚至别人还可能误会你的实际情况，给你错误的答案，结果把你给害了。而且提问时候必须组织好语言，绝对不要有语病、错字、单词/名词误拼，把问题写出来之后必须谨慎地看一遍再发，否则可能给其他人的理解和解答造成严重困难，也显得你缺乏求助的诚意。还要注意你描述问题的语句里是否有可能造成歧义的地方，这一定要避免。 计算化学问题在提问时要考虑的常见关键要素如下。但凡和当前问题可能有联系的要素，都必须在提问时明确说清楚，一次性交代出来。 •当前研究的是什么体系在什么状态/条件下的什么问题？PS：当体系特征复杂、别人不容易根据你的描述想象时，若不涉及保密的话强烈建议给出截图 •当前问题涉及的是什么计算程序、什么版本？ •当前计算用的关键词具体是什么？具体计算/操作过程是什么？ •你的硬件条件如何？（CPU核数、空余内存量）当前的软件环境如何？（操作系统名字、具体版本、编译器信息等。如果用的是虚拟机或WSL之类特殊环境必须说明） •对于计算报错，输出文件里都有什么和报错有关的提示？ PS：曾经很多次答疑的时候，都遇到提问者隐瞒一些关键信息（而且谁都意料不到对方会那么干），在最后才终于透露出来，造成之前白打字回复半天。这令我无奈，有时甚至气愤，感觉是在被耍。比如曾经有人问怎么Multiwfn在Ubuntu里装不上，我回复好一阵之后也没解决，对方最后才突然说他是在WSL下运行的...这么关键的情况不交代，简直是在耍我。 对于语言不好全面交代清楚的较为复杂，特别是涉及到一些奇怪情况的 计算程序方面的问题，尽可能直接提供输入、输出文件的网盘链接，这是最有效率的提问方式。文件若较大，或者有多个文件，要压缩到一起后上传。当有多个文件时，一定要清楚说明里面每个文件对应什么情况的计算，绝对不要让别人一个个打开查看后去猜。一定要给答疑者尽可能提供便利。 //www.umsyar.com/603 2021-07-01T13:35:00+08:00 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未经授权，不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2021年6月30日公布的2020年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注有一定意义。这是第12次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 文中期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字母缩写或者全名，之后是ISSN或EISSN号。斜杠前是2020年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子），斜杠后是撰此文时的最新中科院大类分区（2020年12月的基础版）。有些新刊尚无影响因子数据。 附IF计算公式：2017年某期刊的影响因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次数）/（2015+2016年此期刊的文章数） 本文涉及的刊物主要分这么几类： 1 主要理论、计算类刊物 2 综合 3 中国的期刊 4 无机、有机、化学信息学及其它 5 偏生物 6 偏物理 7 偏材料 第一类是最适合理论、计算类文章投的。根据文章具体的研究方向，也可选择投其它几类中的刊物。 本文中期刊列表多数情况是按照IF来排序的。国内核心非SCI期刊没有IF，这些期刊的影响因子的获取方式为：进入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取综合影响因子。本文里期刊普遍用缩写，如果想得到全称，去https://www.ablesci.com/journal把缩写或ISSN输进去就可以查到。 像往年本系列文章一样，我再次强调，IF这东西只是个翔，它的存在给天朝科学发展带来的坏处绝对大于好处。要看重文章自身的价值，垃圾文章侥幸发到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章发到低IF期刊上依然是好文章，会被广为引用。而如今国内大学和研究机构评判科研业绩所广为采用的中科院分区更是荒诞的，其存在是完全多余的。 2 今年IF形势简评 今年的影响因子统计方式与以前有一定差异。大家都知道，文章接受后，很快会在期刊主页上在线登出来，但是往往要过很长时间才会有具体的卷号页码，导致在线发表和最终刊登的年份往往有差异。今年在统计时用了新的规则，以2020年为分界线，此前各年使用最终发表年份，此后各年则使用在线发表的发表年份。这导致一个特别明显的现象是多数期刊的IF都有上涨。整体上涨可能还有另一个因素，就是近年来新刊数目激增，科研工作者数目也大增，故文章量大增，而且平均每篇文章引用数目也不断增加。由于整体IF都涨了，相应地，如果期刊IF没涨，就等同于下降了；如果IF还降了，那就算巨惨了，在同类里排名肯定下降。今年期刊的IF顺序有种大洗牌的感觉，有不少新的IF次序都颠覆了传统对期刊档次的认识。 这是主流计算化学相关期刊的IF的变化情况： 疯涨：WCMS、ADV THEORY SIMUL 大涨：JCTC、JCP、JMGM、CHEM PHYS、IJQC、JMM、JPOC 小涨：JCIM、JCC、CPL、MOL PHYS、MOL SIMULAT、CTC、TCA、J STRUCT CHEM+ 基本没变：PCCP、CPC、JPCL、JPCC、JPCB、JPCA、STRUCT CHEM 今年几乎没有明显跌的。 WCMS居然窜升到25了，曾经其IF远不到10，现在竟超过了化学类综合性综述期刊ACCOUNTS CHEM RES。不过我觉得WCMS的文章整体价值是在走下坡路，有不少意思不大的文章都发上去了，整体质量远不如最开始创办的时候。感觉这个IF水分偏大，应该是被少数爆款文章拉高的。 JCTC居然升到6了，创了新高。JCIM小涨，近些年JCIM上是有不少热门而且质量不错的文章，特别是机器学习相关的文章现在很多，大抵明年JCIM还会涨。PCCP的IF变化不大，固化在了3.x了，如今已经被分到3区了。相对于其它多数期刊的涨势，PCCP真是挺哀的。JCP涨了0.5，一个原因我认为是近一年JCP机智地弄了个理论化学计算程序的特辑，收了不少高被引热门程序的原文，诸如CP2K、ORCA、QE等。这个特辑的效果肯定会继续发酵，明年IF大概率会更高。近年来创刊的ADV THEORY SIMUL第一次有了分区，是3区，IF竟然比前一年涨了1，达到了4.0，这是理论计算类期刊里一个新的香饽饽。这个期刊我感觉目前没什么特别重要、影响力较大的文章，不过就我之前审过的两篇ADV THEORY SIMUL给我的印象，这期刊送审的文章质量不错，做得挺严谨的。JPCL微跌，看来固化在了6.x了，完全没了很多年前的小JACS的势头了。感觉现在JPCL上有些文章价值和新意真是很一般。JPCC、JPCB几乎没变，JPCA涨了一丝。JPCA和JPCB现在的局面有点可惜，都是老牌专业期刊，业内认可度很高，也都不太好发，但IF竟然都已经被一些略水的期刊诸如J MOL STRUCT超越了，还被其同门的定位低一档的ACS Omega给超越了，真是... 二线计算化学相关期刊是明显全盘上涨的，皆大欢喜。有几个之前是4区的可能之后会归到3区去。JMGM大涨了0.5，到了2.5，应该是历史新高了，这对于这个不怎么热门的计算化学期刊真是不容易。CPL也小涨了些，恢复了一些老牌理论化学期刊的风采。CHEM PHYS大涨到2.3。MOL PHYS、MOL SIMULAT、TCA小涨。IJQC从1.7大涨到2.4，从下跌的态势中回光返照，摆脱了回到三线期刊的危机。三线期刊CTC近几年发力，今年竟进一步小涨到了1.9，想当年CTC一直都是1.0出头。JPOC是容易中的适合投有机类体系计算的刊物，之前一直比较颓，居然这次从1.5疯涨到了2.39，真是翻身了。JMM前几年跌得很惨，这回从1.34大涨到1.81，终于又快回到当年2.0左右的期刊。说来TCA如今挺尴尬的，想当年它是二线理论化学期刊，比CTC、IJQC这些三线的高一头，结果现在被CTC特别是IJQC反超，如今比TCA低的已经寥寥无几了，从中游跌到了倒数，甚至都被物化学报超越了。真是三十年河东三十年河西。Struct Chem和TCA的处境也比较类似。 虽然JACS和Angew都涨了，但Angew涨幅巨大，IF和JACS几乎完全相同了。笔者才留意到，CHEM COMMUN已经被搞到2区去了，这分区真是...综合性期刊iScience第一次有了IF，是5.458。Nature旗下18年创刊的COMMUN CHEM窜得很猛，从4.2涨到了6.581，竟然现在比名字极度雷同的CHEM COMMUN（6.222）还高。其中一个被拒了可以考虑投另一个。综合性开放访问的化学期刊Frontiers in Chemistry居然从3.6涨到5.2了，令人刮目相看。mdpi旗下的期刊Molecules由于是发表收费的，而且出版社牌子也不硬，令人觉得认可度有限，但这回居然从3.2涨到了4.4，已经超过了很多学术届声望较高的老牌期刊。16年创刊的ACS OMEGA给人印象是RSC Adv那样的大杂烩，还有“回收站”的色彩，之前其2.87比RSC Adv低一头，今年大涨到了3.5反超RSC Adv。虽说这种期刊的学术界口碑一般，也给人一种办刊目的是收割版面费的感觉，但单从IF来说，老牌口碑硬的刊物诸如JPCA比起这些期刊真是在IF上挺亏的，感觉背后有运作色彩。 中国科学:化学（英文版）当年IF只有1左右，近几年一直飙升，今年更是从6.3飞跃到9.4。中国化学快报从4.6升到6.7，中国化学从3.8升到6。这些期刊真会运营，呵呵。中科院分区真是很有中国特色，结构化学还不到1，居然就给分到3区，而很多2左右的国外期刊（也同是化学类）才给人家分到4区，PCCP也才3区，和结构化学待遇相同。估计是要靠分区的指挥棒来扶持这个期刊，试图拉到一点几乃至二点几。 化学学报前几年一直涨，今年居然微跌。物理化学学报真是彻底脱胎换骨了。虽然此刊多年前一直IF微微上涨，编辑一直在努力苦心耕耘，但始终没有突破。而今年竟然从1.3飞跃到2.2，真是不可思议。之前编辑部发给我的邮件里提到今年要冲2，我本来觉得也就是表达一下愿景，竟然成真了。这回编辑们可得扬眉吐气了。 J MOL STRUCT给我的感觉是挺水的一个期刊，里面净是第三世界国家对杂七杂八分子乱算一通就发上去的文章，跟流水账似的，居然从2.4涨到了3.2，这世道真是迷。J CHEM EDUC真是涨疯了，这个专门刊登化学教育类文章的期刊以前一直是一点几，今年竟然从1.38飙升到2.98，估计编辑们都惊呆了，这真是百年一遇的大变局。这期刊之前刊登了海量在COVID-19疫情环境下远程教学相关的一大波文章，我怀疑是这类文章互相大量引用把IF拉上去了。我感觉J MOL LIQ这个期刊的很多计算文章挺水的，之前审过这期刊的一些稿子，有点文章真是槽点太多，内容也比较肤浅，作者水平有点业余，我本来以为我不拒的话另外的审稿人也会拒，最终竟然文章还发上去了。这期刊近几年IF猛冲，从15年开始2.7->3.6->4.5->4.6->5.1这么上涨，今年居然冲到了6.16，还是2区，真是不可思议，感觉里面有猫腻。 3 期刊列表 (1) 主要理论、计算类刊物 WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 25.113/1 J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 6.006/2 J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 4.956/2 ADV THEORY SIMUL 2513-0390 4.004/3 PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.676/3 J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 3.488/3 J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.376/3 CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 3.102/3 J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 6.475/1 J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 4.126/2 J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 2.991/3 J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.781/3 J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.518/4 INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.444/4 J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 2.391/4 CHEM PHYS 0301-0104 2.348/4 CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.328/4 MOL SIMULAT 0892-7022 2.178/4 MOL PHYS 0026-8976 1.962/4 COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 1.926/4 STRUCT CHEM 1040-0400 1.887/4 J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 1.81/4 THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.702/4 STRUCT BOND 0081-5993 1.176/4 J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.071/4 ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 1.029/4 J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 0.939/4 ACS Physical Chemistry Au 2021创刊，免费阅览，发表收费 Electronic Structure 2516-1075 2019创刊。免费阅览，发表收费 Computational Chemistry 2332-5968 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Rapid Research Letters 1862-6254 2.821/2 J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.333/3 MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 2.248/4 InfoMat 2567-3165 新刊 免费访问 无影响因子 前三年不收发表费 Materials Advances 新刊 免费阅览，发表收费 ACS Materials Au 2021创刊 免费阅览，发表收费 Annals of Material Science 免费阅览，发表收费 附：历年的影响因子和点评 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子（2020年公布） //www.umsyar.com/560 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子（2019年公布） //www.umsyar.com/492（http://bbs.keinsci.com/thread-13635-1-1.html） 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子（2018年公布） //www.umsyar.com/427（http://bbs.keinsci.com/thread-10369-1-1.html） 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子（2017年公布） //www.umsyar.com/382 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布） //www.umsyar.com/335 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布） //www.umsyar.com/296 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） //www.umsyar.com/248 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2012年影响因子（2013年公布） //www.umsyar.com/192 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子（2012年公布） //www.umsyar.com/149 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子（2011年公布） //www.umsyar.com/92 适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子（2010年公布） //www.umsyar.com/64