mpich2多节点并行运算的设置
在单节点上使用mpich2，编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了，下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法，关于amber的并行设置，都在之前的帖子里。这里用root，fedora7。建立多节点并行运算，是计算化学工作者必备的能力，这里讲得详细些。
这里假设有两台电脑，分别叫vmware1和vmware2，IP分别为192.168.0.2和192.168.0.3
在两台电脑上都运行下列步骤：
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如果fortran编译器装了ifort，运行export FC=/opt/intel/fce/10.0.023/bin/ifort
复制mpich2-1.0.6.tar.gz到/sob，解压到/sob/mpich2-1.0.6，进入此目录，运行：
./configure
make
make install
运行
touch /etc/mpd.conf
chmod 700 /etc/mpd.conf
将下面加入mpd.conf:
secretword=
修改/etc/hosts，把里面的内容改为
192.168.0.2 vmware1
192.168.0.3 vmware2
这样在linux中就可以用主机名称来代替IP了。
修改/root/mpd.hosts，把里面的内容改为
vmware1
vmware2
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为了使MPICH2可以在两台电脑上相互传输数据，必须把ssh打通，也就是不用密码即可直接用ssh在电脑之间登陆，方法如下：
在vmware1中：
运行ssh-keygen -t rsa 全都按回车用默认，生成了RSA密钥
cd /root/.ssh
cp id_rsa.pub authorized_keys
建立本身的信任连接：ssh vmware1 回答输入yes
在vmware2中：
运行ssh-keygen -t rsa 全都按回车用默认
把vmware1中的/root/.ssh/*复制到vmware2中/root/.ssh/ 全部覆盖
chmod 700 /root/.ssh/* 把.ssh内的文件设为root专用
ssh vmware1 回答输入yes
测试ssh:
无论在vmware1还是vmware2，无论ssh vmware1还是ssh vmware2，现在都应当可以不输入任何东西直接登陆。
可以用这个命令来验证是否无误，比如ssh vmware1 date，如果显示了日期，就没问题了。
现在，在任意一台电脑中，输入mpdboot -n 2，就在两台电脑上都同时启动mpd了，-n 2代表启动2台上的mpd。要想并行运算，必须开启mpd才行。如果此时提示无法打开mpd.hosts，但确实已经在root下建立了mpd.hosts文件，则用mpd.hosts -n 2 -f /root/mpd.hosts来具体指定mpd.hosts的位置并启动mpd。
然后运行mpdtrace，察看现在有哪些电脑可以并行运算了，应当显示：
vmware1
vmware2
假设两台电脑都是双核，运行mpirun -np 4 sander.MPI xxxxxxxxxx就可以在两台电脑上同时运行sander了，自动调用总共4个core。注意用mpirun所运行的并行程序，必须存在于两台电脑相同位置上。
如果退出mpd，输入mpdallexit。
注意：两台电脑的mpich2安装位置最好一样，/etc/mpd.conf中的密码应当相同。
验证是否可以多节点正常并行运算，可运行mpirun -np number /sob/mpich2-1.0.6/examples/cpi number为使用的core数。这是一个测试程序。
以上方法适用于建立n台电脑并行运算。多个节点上，CPU不能100%满载是正常的，在一定程度上受限于网络连接方式，比如把100M网换到1000M网会有好处，若能用InfiniBand、Myrinet等专适于HPC的连接方式当然更好，只是没钱，只能用以太网了。如今中档芯片组大都集成1000M控制器，中档主板也带了1000M支持，便宜的realtek 1000M芯片的网卡诸如TP-LINK的，才35元。当然别忘了用超五类或者六类线。
以上内容在vmware station 6，XP SP2，Q6600建立两台双核虚拟机测试通过。值得一提的是，vmware6中fedora下，网卡虚拟的是82545EM千兆网卡，双虚拟机互连速度是够了。这种方式可以解决目前vmware版本不支持4核的问题，经本测试，这种方式可以达到实际fedora中单节点4核速度的82%，实际运算速度等于单核的三倍，还是可以满意的。在测试过程中，虚拟机的网络用vmnet1也就是host-only方式，这样虚拟机之间以及主机之间可以互相访问，可以共享上网，比较方便。
在双虚拟机中双节点并行跑amber在系统监视器中会看到数据吞吐量往往最高也才十几兆，当初我也怀疑是否实际上虚拟的是100M网。后来将监控的速度间隔调成0.25s，才发现峰值数据吞吐速度远高于100M网的限制，只是瞬间传一次数据后，持续几秒不传输数据，所以如果用了1s一次检测速度，会取平均值，误令人以为虚拟千兆网卡是假的。
另外在vmware6中，可以将多个虚拟机建立一个team，在team中，虚拟机互相之间和外界是封闭的，并且可以在team里的虚拟机之间建立高速网络连接，没有数据传输速度上限，但经我测试，速度相对于vmnet1方式连接没有丝毫提升。而且team里面无论是开机关机都必须同时进行，不够灵活。team方式至少对跑amber9来说没有太大作用。但是我发现vmware6虚拟XP仍然是虚拟的100M AMD网卡，这种team内提供的专线虚拟机互联方式，对于XP虚拟机之间传输数据会有好处。