简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940

简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940

simpIOp940: A code to simplify the output file of CIS/TDDFT task of Gaussian with IOp(9/40=x)

文/Sobereva@北京科音

First release: 2019-Feb-19 Last update: 2019-Sep-26


简介

《Multiwfn支持的电子激发分析方法一览》(//www.umsyar.com/437)一文全面介绍了Multiwfn支持的丰富的电子激发分析,其中有些功能是依赖于组态系数的。由于Gaussian默认情况下只输出绝对值大于0.1的组态系数,光靠这些对激发态描述的精度不够,因此对于Gaussian用户,用Multiwfn做那些电子激发分析时一般需要用诸如IOp(9/40=x)关键词来输出所有绝对值大于10^-x的组态系数(一般x=4)。但是此时造成的问题就是输出文件里的组态系数特别多,有人觉得通过这样的文件人工查看激发态主要信息不方便。

为解决这个问题,笔者写了个小程序simpIOp940,可在此下载://www.umsyar.com/soft/simpIOp940.rar

此程序可以载入用了IOp(9/40=x)的Gaussian输出文件,然后自行输入一个组态系数绝对值的阈值,程序就会把激发态的信息连同大于阈值的组态系数都输出出来,使得人工查看比较方便。另外,这个程序还会把各个激发态里系数绝对值最大的轨道跃迁输出出来,令指认主要跃迁类型更为方便。

此程序文件包里带.exe后缀的是Windows版可执行文件,不带后缀的是Linux版可执行文件,Fortran源文件也附上了。

例子

例如此程序的压缩包里有一个uracil.gjf,TDDFT计算时用了IOp(9/40=4),算出来的文件时uracil.out,里面列出的组态系数特别多:
Excited State 1: Singlet-A" 4.7968 eV 258.47 nm f=0.0001 =0.000
9 -> 30 -0.00071
9 -> 31 -0.00043
9 -> 35 0.00028
9 -> 67 -0.00011
9 -> 73 -0.00016
9 -> 76 0.00012
9 -> 78 -0.00015
9 -> 79 -0.00020
9 -> 81 -0.00011
9 -> 82 0.00023
9 -> 88 -0.00021
9 -> 89 -0.00059
...略

启动simpIOp940之后,输入uracil.out的路径,然后输入阈值0.1,当前目录下会产生new.out,这是处理好的结果文件,内容如下

Excited State 1: Singlet-A" 4.7968 eV 258.47 nm f=0.0001 =0.000
26 -> 30 0.11588
28 -> 30 0.67734
28 -> 31 0.13625

Excited State 2: Singlet-A' 5.4219 eV 228.67 nm f=0.1317 =0.000
27 -> 30 -0.13650
27 -> 31 -0.14060
29 -> 30 0.67086

Excited State 3: Singlet-A" 6.0180 eV 206.02 nm f=0.0000 =0.000
26 -> 30 0.54135
26 -> 31 -0.20634
28 -> 30 -0.15424
28 -> 31 0.36715

当前目录下还出现了largest_pair.txt:
1 28 30 0.67734
2 29 30 0.67086
3 26 30 0.54135
第一列是激发态序号,第2、3列是贡献最大的MO对,最后一列是系数。


由于电子激发任务类型很多,此程序不一定兼容所有情况,碰见不兼容时请自行修改程序。

Baidu
map