在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例
在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例
The way of generating natural orbitals based on fch file in Multiwfn and analysis instances about excited state wavefunctions and spin natural orbitals
文/Sobereva @北京科音
First release: 2018-Jan-8 Last update: 2020-Nov-6
0 前言
在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》（ //www.umsyar.com/379）和Multiwfn手册第四章开头都说过，对于Gaussian用户，如果要在Multiwfn中分析后HF波函数、TDDFT激发态波函数或者双杂化泛函的波函数，需要产生相应级别的自然轨道并让Multiwfn载入。自然轨道可以让Gaussian以.wfn/wfx形式输出，也可以让Gaussian将之存到.fch里。前者很容易，但此类输入文件在Multiwfn里没法进行需要利用基函数信息的分析（如Mayer键级、Mulliken电荷）；后者虽然没这个限制，但是导出过程很繁琐，需要Gaussian中运行两步，要用的关键词容易忘，而且之后还得在.fch开头自行填上saveNO。fch文件里是包含密度矩阵信息的，自然轨道也正是通过对角化密度矩阵得到的。但fch里的密度矩阵不会被Multiwfn所直接利用，Multiwfn从输入文件里只会读取轨道信息。从2018-Jan-7更新的Multiwfn开始，为了方便用户，笔者在Multiwfn中添加了一个功能，可以读取fch里的密度矩阵并产生各类自然轨道。本文目的是说一下相关细节，演示一下怎么用，并顺带简要讲一下激发态波函数的分析和自旋自然轨道的分析。
1 关于fch里的密度矩阵和自然轨道
在chk里，以及转换出的fch文件里，至少包含了SCF级别的密度矩阵，对于后HF、双杂化泛函、TDDFT等任务，还会包含其它类型密度矩阵（前提是用了density或某些特殊关键词，而且当前理论方法在Gaussian中有解析梯度）。在fch文件里搜索Density就能知道包含哪些。这里罗列一下常见情况：HF、DFT、CASSCF任务：SCF
CIS、TDDFT任务：CI、CI Rho(1)
CCSD任务：CC
MP2、双杂化泛函任务：MP2
MP3任务：MP3
MP4SDQ任务：MP4
如果你的体系是开壳层（对于CIS/TD来说指的是参考态），还会包含自旋密度矩阵。比如，对一个三重态体系，如果你用的是比如# MP2/cc-pVDZ density关键词，则fch文件里会有这几个字段：
Total SCF Density：HF级别的总密度矩阵
Spin SCF Density：HF级别的自旋密度矩阵
Total MP2 Density：MP2级别的总密度矩阵
Spin MP2 Density：MP2级别的自旋密度矩阵
如果体系是闭壳层，就没有Spin SCF Density和Spin MP2 Density了。
所谓总密度矩阵，就是指Alpha和Beta密度矩阵的加和；而自旋密度矩阵，就是Alpha密度矩阵减去Beta密度矩阵。
Multiwfn能产生的自然轨道有三类，和密度矩阵的关系如下：
(a)自然轨道(Natural orbital, NO)：对总密度矩阵对角化得到。本征值是占据数，原则上范围是0.0~2.0，本征矢就是自然轨道系数。这种自然轨道也被称为Spatial natural orbital，因为不含自旋信息。如果体系是开壳层的，这种自然轨道也被确切叫做unrestricted natural orbital (UNO)。
(b)Alpha自然轨道、Beta自然轨道：分别对Alpha密度矩阵和Beta密度矩阵对角化得到，分别描述Alpha和Beta电子，原则上占据数在0.0~1.0之间。这类自然轨道也被称为自然自旋轨道(natural spin orbital, NSO)。
(c)自旋自然轨道(Spin natural orbital, SNO)：对自旋密度矩阵对角化得到，占据数在-1.0至1.0之间。占据数为正和为负的SNO分别描述Alpha单电子和Beta单电子。
2 实例1：分析甲醛TDDFT计算的S1态波函数
运行以下输入文件，对甲醛在TD-PBE0/6-31G*级别下做电子激发计算，并且把S1态密度矩阵存到chk里（因为TD里的root选项默认为1）。%chk=C:\H2CO.chk
# PBE1PBE/6-31G* TD density
B3LYP/6-31G* opted
0 1
C 0.00000000 0.00000000 -0.56221066
H 0.00000000 -0.92444767 -1.10110537
H -0.00000000 0.92444767 -1.10110537
O 0.00000000 0.00000000 0.69618930
用formchk将chk转换为fch，里面此时会有Total SCF Density、Total CI Rho(1) Density、Total CI Density三个字段，分别对应于基态DFT密度矩阵、TDDFT非弛豫的S1态密度矩阵（可无视）、TDDFT弛豫的S1态密度矩阵。
下面我们来考察一下S1态的C-O Mayer键级以及O的ADCH原子电荷。启动Multiwfn，依次输入
H2CO.fch
200
16 //基于fch里的密度矩阵产生自然轨道
CI //载入的密度矩阵级别
由于输入的是CI，所以Multiwfn从fch中读取了Total CI Density字段记录的S1态总密度矩阵，并立刻产生了相应的S1态自然轨道，占据数直接输出在屏幕上了（占据数稍微超过理论上0.0~2.0范围是正常情况，不用纠结）：
Occupation numbers:
2.033734 2.002238 2.000812 2.000459 2.000148 2.000000
2.000000 0.996739 0.970938 0.000094 0.000062 0.000049
0.000019 0.000005 0.000002 0.000000 0.000000 0.000000
0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000238 -0.000366
-0.000454 -0.000828 -0.001168 -0.002245
此时，内存里的基函数信息已经被更新成了对应S1自然轨道的情况了，做各种基于基函数的分析的结果将是对应S1态的了。我们还要计算ADCH电荷，这是要用GTF信息的，但目前GTF系数还是对应基态DFT轨道的的（因为一开始载入的.fch里的轨道是基态DFT的），且现在轨道占据数已经变成了自然轨道占据数，所以之后做基于GTF信息的分析将没有任何物理意义。为了能计算S1态的ADCH电荷，我们此时应当选y，让程序把当前的波函数信息导出为当前目录下的new.mwfn，并自动载入之，此时内存里的GTF信息也变成对应S1态的了。这个new.mwfn文件我们以后也再可以反复利用。
接着输入以下内容
0 //退回主菜单
9 //键级计算
1 //Mayer键级
得知C-O键级为1.18。然后输入
n //不导出键级矩阵
0 //退回主菜单
7 //布居分析
11 //ADCH电荷
1 //用内置的球对称化的自由原子密度
得知O的ADCH电荷为-0.128。
我们可以对比一下基态的情况。重启Multiwfn，载入H2CO.fch，此时内存里的基函数信息和GTF信息都是对应基态的，重做上述计算，发现C-O Mayer键级为1.98，O的ADCH电荷为-0.296。
之所以激发态的C-O键级比基态的小得多，激发态的O的电荷也比基态的正得多，是因为此激发是n->pi*激发，一方面削弱了C-O键，一方面一部分电子从氧转移给了C。
3 实例2：分析丁烷双自由基的自旋自然轨道
丁烷双自由基体系在《CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算》（//www.umsyar.com/264）中做了很详细的讨论，建议看看。本节的例子探究一下此体系的SNO轨道。
运行以下输入文件
%chk=C:\C4H8.chk
#p UB3LYP/def2SVP guess=mix nosymm
ub3lyp/6-31g(d) opted
0 1
C -0.74400100 1.78566400 0.00000000
H -0.60282700 2.33865300 0.92499500
H -0.60282700 2.33865300 -0.92499500
C -0.74400100 0.30988100 0.00000000
H -1.25452600 -0.08746700 0.88463900
H -1.25452600 -0.08746700 -0.88463900
C 0.74400100 -0.30988100 0.00000000
H 1.25452600 0.08746700 -0.88463900
H 1.25452600 0.08746700 0.88463900
C 0.74400100 -1.78566400 0.00000000
H 0.60282700 -2.33865300 -0.92499500
H 0.60282700 -2.33865300 0.92499500
将chk转换成fch后，启动Multiwfn，依次输入
C4H8.fch
200
16
SCF //考察DFT级别的密度矩阵
此时程序问你，是产生空间自旋轨道（此时叫做UNO），Alpha和Beta各自的自然自旋轨道(NSO)，还是自旋自然轨道(SNO)。我们选3产生SNO，看到的占据数如下
0.957908 0.045983 0.043627 0.037531 0.021487 0.021280
0.020200 0.017324 0.008494 0.007915 0.006743 0.006539
0.000626 0.000604 0.000082 0.000082 0.000000 0.000000
...略
-0.000000 -0.000000 -0.000082 -0.000082 -0.000604 -0.000626
-0.006539 -0.006743 -0.007915 -0.008494 -0.017324 -0.020200
-0.021280 -0.021487 -0.037531 -0.043627 -0.045983 -0.957908
可见占据数为正的SNO当中只有一个数值较大的，即第一个（0.9579）；而占据数为负的SNO当中也只有一个数值较大的，即最后一个（-0.9579）。而且，我们也知道，由于此体系是个很理想的双自由基体系，本来就应该有一个Alpha和一个Beta单电子。因此，未成对的Alpha电子和Beta电子分布特征通过考察这两个轨道就足够得知了。
我们选y产生new.mwfn并自动载入之，然后进入主功能0观看这两个轨道的特征。值得一提的是，new.mwfn被Multiwfn视为是开壳层的，因此形式上会有Alpha和Beta两套轨道，而我们产生的SNO轨道只有一套，此时SNO轨道占用的是用于记录Alpha轨道那部分空间（绝对不是说SNO的物理意义是Alpha轨道），而Beta轨道那部分没有意义，占据数也都是0。我们在主功能0的界面里可以选左上角的Orbital info.，从文本窗口里找出占据数为0.957908和-0.957908的轨道，可知序号分别是1和96（其实96就是体系的基函数数目，因此都没必要去列表里找，直接选就行），这两个轨道的图形如下：
可见，Alpha单电子主要分布在C1上，在C4-C7之间也有少量分布。Beta单电子主要分布在C10上，同样在C4-C7之间也有少量分布。
如果我们想定量知道比如Alpha单电子在各个原子上的量，我们可以对主要表现Alpha单电子的SNO1做轨道成分分析。我们回到主菜单，依次输入
8 //轨道成分分析
8 //Hirshfeld方式做轨道成份分析
1 //用内置的球对称化的自由原子密度
1 //1号轨道
结果为
Atom 1(C ) : 70.148760%
Atom 2(H ) : 6.317230%
Atom 3(H ) : 6.317230%
Atom 4(C ) : 7.588237%
Atom 5(H ) : 1.254212%
Atom 6(H ) : 1.254212%
Atom 7(C ) : 5.065489%
Atom 8(H ) : 0.591654%
Atom 9(H ) : 0.591654%
Atom 10(C ) : 0.758644%
Atom 11(H ) : 0.056339%
Atom 12(H ) : 0.056339%
数值和我们从轨道图形上看到的很好相符。
众所周知，研究单电子分布最常用的方法是分析自旋密度。我们重新载入C4H8.fch，绘制一下自旋密度图，步骤见《谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算》（ //www.umsyar.com/353），图像如下：
我们再用主功能15，在Hirshfeld划分下计算自旋密度在各个原子空间中的积分值（原子自旋布居）：
Atomic space Value
1(C ) 0.70928760
2(H ) 0.04488357
3(H ) 0.04488357
4(C ) -0.01371421
5(H ) 0.00849956
6(H ) 0.00849956
7(C ) 0.01371421
8(H ) -0.00849956
9(H ) -0.00849956
10(C ) -0.70928760
11(H ) -0.04488357
12(H ) -0.04488357
无论是从等值面图上，还是原子自旋布居上，都看到自旋密度分布特征基本等于主要描述Alpha单电子的SNO1和主要描述Beta单电子的SNO96特征的叠加。对于两个SNO基本没有重叠的体系两端的亚甲基的碳，其自旋布居和它对SNO的贡献量十分接近，而在C4、C7部分，由于两个SNO重叠厉害，导致显著的相互抵消，所以它们虽然对SNO贡献不很小，但是自旋布居却非常小。
可见，分析SNO的好处是可以分别考察未成对的Alpha和Beta电子原本是怎么分布的，且可以从轨道分析的角度研究；而考察自旋密度，则便于了解在Alpha和Beta单电子分布发生一定程度抵消后的单电子“净”分布情况，分析也更为省事，不用讨论多个轨道。两种分析是互补的。